Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A5 F109 I0 R1	76	110.5	2404748	96.5%	2320581	141.0

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	1,539,250	C→G	64.8%	intergenic (‑349/+37)	aroC ← / ← USA300HOU_RS07505	Chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	1,539,250	0	C	G	64.8%	68.4 / 89.6	78	intergenic (‑349/+37)	aroC/USA300HOU_RS07505	Chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/16); new base G (26/24); total (37/41)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.26e-01

TGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTA  >  USA300TCH1516_ALE/1539116‑1539387

tgaatcttATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTa                                                                                                                                     <  2:107926/138‑1 (MQ=255)

   atcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaa                                                                                                                                  >  1:207177/1‑141 (MQ=255)

          aaTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAGAAGAACGAACTGTTAATTATTAATATAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTAt                                                                                                                           <  1:774206/141‑1 (MQ=255)

           aTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATg                                                                                                                          <  2:1178763/141‑1 (MQ=255)

            tCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGa                                                                                                                         <  1:51327/141‑1 (MQ=255)

            tCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGa                                                                                                                         >  2:853892/1‑141 (MQ=255)

             cATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGat                                                                                                                        <  1:946589/141‑1 (MQ=255)

              attaattaAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                                                                       <  1:5128/141‑1 (MQ=255)

               ttaattaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTGAGTTATTATTACAGTTAATCCGTGCGTTTAAAAAAATTATGatat                                                                                                                      >  1:812865/1‑141 (MQ=255)

               ttaaataaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGCCTACATTTCTTAATACAAAAGAACGATCTGTAAATTATTAATAGAATTAATCAGTGCGTTTAAAACAATTATGatat                                                                                                                      >  1:812866/1‑141 (MQ=255)

                       aaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCCCAACTTTAGCAAATACTATACTTACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAatat                                                                                                              >  1:758568/1‑141 (MQ=255)

                        aaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCCTTTAAAAAAATTATGATATTAAAAtata                                                                                                             <  1:759195/141‑1 (MQ=255)

                           gATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAACAAATAATGTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATAATATTAAAAAAAACaa                                                                                                          >  2:596560/1‑140 (MQ=255)

                            aTTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACata                                                                                                         >  2:762182/1‑141 (MQ=255)

                             ttAGCCGGTTTAATATAATCGTATCGCAACCTTAGCAAATAATATACTGACTACATTACCTAATACAAAAGAACGAACTGTAAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACatat                                                                                                        <  1:1149701/141‑1 (MQ=255)

                               aGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTACTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt                                                                                                      <  1:935823/141‑1 (MQ=255)

                               aGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt                                                                                                      <  1:316474/141‑1 (MQ=255)

                               aGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTGTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGt                                                                                                      <  1:356632/141‑1 (MQ=255)

                                accattttAATATAATCGTAACGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGtt                                                                                                     <  2:740620/137‑1 (MQ=255)

                                 ccGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTa                                                                                                    >  2:605393/1‑141 (MQ=255)

                                  cGTTTTCATTTGATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATTCAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTaa                                                                                                   <  1:694338/141‑1 (MQ=255)

                                  cGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTaa                                                                                                   >  2:226853/1‑141 (MQ=255)

                                   gTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATTAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAg                                                                                                  <  1:774453/141‑1 (MQ=255)

                                   gTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAg                                                                                                  <  1:203152/141‑1 (MQ=255)

                                   gTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAg                                                                                                  <  1:187446/141‑1 (MQ=255)

                                       tAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCt                                                                                              <  2:175483/141‑1 (MQ=255)

                                           ataATCGTATTGCAAATTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAAAAAAAAAAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                                          <  2:948522/141‑1 (MQ=255)

                                           ataATCGTATCGCAAGTTTAGCAAATCATATACTCACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGCTAATCTGTCCGTTCAAAAAAATTATGATATTAAAATAGACATATGTTAAGCGCtttcg                                                                                          <  1:728017/141‑3 (MQ=255)

                                           ataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                                          >  2:287199/1‑141 (MQ=255)

                                           ataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                                          >  1:1133203/1‑141 (MQ=255)

                                           ataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                                          <  1:450447/141‑1 (MQ=255)

                                           ataATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTg                                                                                          >  1:203629/1‑141 (MQ=255)

                                            taATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGt                                                                                         >  2:882545/1‑141 (MQ=255)

                                             aaTCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGtt                                                                                        <  1:168855/141‑1 (MQ=255)

                                              aTCGTATCGCAACTTTAGCAAACAATATACTGCCTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAGAAAAATTATCATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTta                                                                                       >  2:219604/1‑141 (MQ=255)

                                                     cGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATACGTTAAACGCTTTTGTTATACTTTg                                                                                >  1:969122/1‑141 (MQ=255)

                                                      gCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGa                                                                               <  1:1185349/141‑1 (MQ=255)

                                                        aaCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACt                                                                             <  2:571924/141‑1 (MQ=255)

                                                         aCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACtt                                                                            <  2:1121560/141‑1 (MQ=255)

                                                               gCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCaaaaa                                                                      <  1:1033112/141‑1 (MQ=255)

                                                               gCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCaaaaa                                                                      <  1:384288/141‑1 (MQ=255)

                                                                    taataTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa                                                                 <  1:347626/141‑1 (MQ=255)

                                                                      atatACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATc                                                               >  1:85256/1‑141 (MQ=255)

                                                                         taCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAt                                                            >  2:487807/1‑141 (MQ=255)

                                                                             gACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCtt                                                        <  1:473004/141‑1 (MQ=255)

                                                                                  cATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACt                                                   >  1:455440/1‑141 (MQ=255)

                                                                                    tttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTGATCAGTGCGTTTAACAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATGAATTCTTTTACTaa                                                 >  1:32279/1‑141 (MQ=255)

                                                                                    tttCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTGGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTaa                                                 >  2:619257/1‑141 (MQ=255)

                                                                                      tCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATCCATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATa                                               <  1:226853/141‑1 (MQ=255)

                                                                                         tAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACAt                                            >  2:1135119/1‑141 (MQ=255)

                                                                                          aaTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATa                                           >  2:796093/1‑141 (MQ=255)

                                                                                           aTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaa                                          >  1:1173338/1‑141 (MQ=255)

                                                                                            tACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaa                                         >  2:860872/1‑141 (MQ=255)

                                                                                               aaaaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaaaa                                      <  1:1099397/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                 aaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAata                                    >  1:1174417/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                 aaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAata                                    >  2:482038/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                     acgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATaaa                                >  1:1009411/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                     acgaacTGTTAATTATTAACTAAGTTACTGAGCGAGTTCAAAAAAAGTAGATTATCAACAAATGCATATCTGGTTCGTCTTCGTTATACGGTTTCTTCAAAAATATAATCAATGCTTTTACTAATACATAAAAAATATaaa                                <  2:103605/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                       gaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATg                              >  2:507194/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                         acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag                            >  2:1163004/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                         acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag                            >  2:787794/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                           tGTAAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGagag                          <  2:783250/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                            gTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTACTACATAAAAAATATAAATgagaat                         >  1:628174/1‑139 (MQ=255)

                                                                                                             ttAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTc                        <  1:1083694/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                               aaTTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAg                      >  1:157564/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                               aaTTATTAATAAAATAAATCAGTGCGTTTAAAAAAATAATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTAAAAAAAAATAAAAAATATAAATGAGAGTCAg                      <  2:377418/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      aataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa               <  1:287199/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      aataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa               <  2:1133203/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      aataaAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaacc               >  2:888438/1‑139 (MQ=255)

                                                                                                                      aataaAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa               >  2:993181/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                       ataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAACAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaaa              <  1:921896/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           aGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAaataat          <  1:262778/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                           aGTTAATAAGAGCGTTTAAAAAAATTAAAATATTAAAATATAAATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACAAAAAAAAAAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAaataat          <  2:793975/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                aTCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTg     >  1:433162/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                aTCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAAtttttt     >  1:379159/1‑140 (MQ=255)

                                                                                                                                aTCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTg     >  1:1101234/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                   cgTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAAGATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTta  <  1:704715/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   aGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTta  <  1:762182/141‑1 (MQ=255)

TGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGTTA  >  USA300TCH1516_ALE/1539116‑1539387

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A