Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A5 F109 I1 R1	31	90.0	1985866	95.2%	1890544	140.9

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	USA300TCH1516_ALE	1,539,250	C→G	intergenic (‑349/+37)	aroC ← / ← USA300HOU_RS07505	Chorismate synthase/hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	USA300TCH1516_ALE	1,539,250	0	C	G	97.4%	242.8 / NA	80	intergenic (‑349/+37)	aroC/USA300HOU_RS07505	Chorismate synthase/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); major base G (29/46); minor base A (0/2); total (30/50)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.24e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGT  >  USA300TCH1516_ALE/1539112‑1539385

aaGTGGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTGAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTATTACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCg                                                                                                                                       <  2:795818/140‑1 (MQ=255)

       atcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaa                                                                                                                                <  1:174845/141‑1 (MQ=255)

       atcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaa                                                                                                                                <  1:744939/141‑1 (MQ=255)

       atcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaa                                                                                                                                <  1:571469/141‑1 (MQ=255)

       atcatATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaa                                                                                                                                <  1:415716/141‑1 (MQ=255)

         catATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaa                                                                                                                              <  1:19646/141‑1 (MQ=255)

         catATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaa                                                                                                                              <  1:903925/141‑1 (MQ=255)

         catATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaa                                                                                                                              <  1:903782/141‑1 (MQ=255)

         catATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaa                                                                                                                              <  1:892102/141‑1 (MQ=255)

         catATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGAAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTCCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTaaaaaa                                                                                                                              <  2:364998/141‑1 (MQ=255)

            ataATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAAtt                                                                                                                           <  2:806494/141‑1 (MQ=255)

              aaTCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTAt                                                                                                                         >  1:781616/1‑141 (MQ=255)

               aacATTAATTAAAAAAGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATg                                                                                                                        <  2:49944/139‑1 (MQ=255)

               aTCATTAATTAAAAAAGAATAGACGTTTTAATATAATAGTATCGCAACTTTAGCATATAATATAATGACTACATTTCATAATACAAAAGAACGAACTGTTAACTATTAATAAAGTTAATCAGTGAGTTTAAAAAAATTATg                                                                                                                        <  2:248806/141‑1 (MQ=255)

                tCATTAATAAAAAATGATTAGCCATTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGa                                                                                                                       <  2:897877/141‑1 (MQ=255)

                  attaattaAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGata                                                                                                                     <  1:271227/141‑1 (MQ=255)

                      attaaAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTaa                                                                                                                 >  2:944700/1‑141 (MQ=255)

                          aaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAata                                                                                                             <  1:252107/141‑1 (MQ=255)

                          aaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAata                                                                                                             <  1:628375/141‑1 (MQ=255)

                          aaaaTGATTAGCCGTTTTAATATAACCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAata                                                                                                             <  1:653643/141‑1 (MQ=255)

                            aaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATGAAAAtata                                                                                                           >  1:757761/1‑141 (MQ=255)

                            aaTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCAGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAAtata                                                                                                           >  2:32368/1‑141 (MQ=255)

                             aTGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAc                                                                                                          <  1:822174/141‑1 (MQ=255)

                                aTTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACata                                                                                                       <  1:780853/141‑1 (MQ=255)

                                aTTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATGAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACaaa                                                                                                       >  2:655542/1‑139 (MQ=255)

                                           tAATATCATCGTATCGCAACTTTAGCCAATAATTTACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCt                                                                                            <  2:582562/141‑1 (MQ=255)

                                             atatAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAc                                                                                                          <  1:388371/125‑1 (MQ=255)

                                             atatAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATAc                                                                                                          >  2:388371/1‑125 (MQ=255)

                                             atatAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACAAATGTTAAGCGCttt                                                                                          >  2:280958/1‑141 (MQ=255)

                                             atatAATCGTATCGCAACGTTAGCAAATAATATACTGACAACATTTCATAATACACAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGCTATTAAATTATAAATATGTTAAGCGtttt                                                                                          >  2:522520/1‑141 (MQ=255)

                                                 aaTCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGtt                                                                                      <  1:520410/141‑1 (MQ=255)

                                                    cGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTtata                                                                                   >  1:165710/1‑141 (MQ=255)

                                                     gTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAc                                                                                  >  2:609128/1‑141 (MQ=255)

                                                     gTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATAc                                                                                  <  1:221343/141‑1 (MQ=255)

                                                      tATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACt                                                                                 >  1:378158/1‑141 (MQ=255)

                                                         cGCCACTTTAGCAAACAGTATACTGACTACATTTCTTAATACAAATGAACGAACAGAAAAAAAATAATAAAGTTAATCAGTTCGCTTATAAAAATTATGATATTAAAAGATACATATGTTAAGCGCTTTTGTtataaaaaa                                                                              <  2:663125/141‑6 (MQ=255)

                                                             aCTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGGACTGTTAATTATTAATATAGTTAATCAGTACGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACtt                                                                          <  2:711507/141‑1 (MQ=255)

                                                              cTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTc                                                                         <  1:311987/141‑1 (MQ=255)

                                                                ttAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCaa                                                                       <  2:845927/141‑1 (MQ=255)

                                                                 tAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCaaa                                                                      >  2:769760/1‑141 (MQ=255)

                                                                   gCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTCTACTTTGACTTCaaaaa                                                                    >  2:822569/1‑141 (MQ=255)

                                                                        aactataCTGACGAAATTTATTAATACAAAAGAATGAACTGTTCATAAGTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAACATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATaa                                                               <  2:35668/138‑1 (MQ=255)

                                                                           tataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCa                                                            <  1:273632/141‑1 (MQ=255)

                                                                            ataCTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCaa                                                           <  1:514553/141‑1 (MQ=255)

                                                                                tGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCt                                                       >  1:907245/1‑141 (MQ=255)

                                                                                 taCTACATGTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCtt                                                      <  2:795382/140‑1 (MQ=255)

                                                                                  aCTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCttt                                                     >  1:290928/1‑141 (MQ=255)

                                                                                  aCTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCttt                                                     >  1:583934/1‑141 (MQ=255)

                                                                                   cTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCtttt                                                    >  2:322120/1‑141 (MQ=255)

                                                                                      cATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACt                                                 >  2:602681/1‑141 (MQ=255)

                                                                                      cATTACTGAATACAAAAGAACGAACTGTAAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACt                                                 <  2:781616/141‑1 (MQ=255)

                                                                                       aTTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTa                                                <  1:97519/141‑1 (MQ=255)

                                                                                          tCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATa                                             >  2:964183/1‑141 (MQ=255)

                                                                                          tCTTAATAAAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATAAGTGAGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGAACTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTAataata                                             >  2:513831/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                tACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaa                                       >  1:902420/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                tACAAAAGAACGAACTGTTAATTAGTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAAGTCTTTTACTAATACATaaa                                       >  1:630925/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                 aaaaaaGAACCAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTATGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaa                                      <  2:23340/139‑1 (MQ=255)

                                                                                                 aCAAAAGAACTAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATAGATaaaa                                      <  2:546450/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                 aCAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaa                                      <  1:690073/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                 aCAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaa                                      <  1:496148/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                 aCAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATaaaa                                      <  1:793657/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                    aaaGAACGAACTGTTAAGTATTAATAAAGTTAATCAGGGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAat                                   <  1:211295/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                     aaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAata                                  >  1:215604/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                     aaGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTAGACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAata                                  <  1:822569/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                         acgaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATaaa                              <  1:609128/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                         aagaacTGTTAATTAATAATAAAGATAATAAGTGCGTTTAAAAAAATGATGATATTAAAATATACATATGTTATGCACTGTTTTTATACTTTGACTTCATAAATAGAATTAATTCTTTTAAAAAAAAAAAAAAAATATaaa                              <  2:401503/139‑1 (MQ=255)

                                                                                                          tgaacTGTTAATTAATAATAAAGTTAATCAGGGCGTTTAAAAAAAGTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAAt                             <  1:629206/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                           gaacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATg                            <  2:452478/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                            aacTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATga                           >  1:521705/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                            aacTATTAATTATTAATAAAGTTAATAAAAAAAAAAAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATga                           <  2:713732/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                             acTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATgag                          <  2:521705/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                gTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTGCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGt                       >  2:899198/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                   aaTTATTAATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAg                    >  2:947187/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                        ttaATAAAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTACaa               >  1:706183/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                         taataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAACTATAAATGAGAGTCAGTATaaa              >  1:685674/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                          aataaAGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATaaaa             >  1:983239/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                            aaaaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAaat           <  1:859921/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                             aaaGTTAATCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAaata          <  1:947187/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                             aaaGTTAAACAATGAGATTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTATTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTAAAAAAAAAAAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAaata          <  2:834851/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                     tCAGTGCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGt  >  1:925795/1‑141 (MQ=255)

CAGTTGCATCATATAATCATTAATTAAAAATGATTAGCCGTTTTAATATAATCGTATCGCAACTTTAGCAAATAATATACTGACTACATTTCTTAATACAAAAGAACGAACTGTTAATTATTAATAAAGTTAATCAGTCCGTTTAAAAAAATTATGATATTAAAATATACATATGTTAAGCGCTTTTGTTATACTTTGACTTCAAAAATATAATCAATTCTTTTACTAATACATAAAAAATATAAATGAGAGTCAGTATAAAAATAATTTTTGT  >  USA300TCH1516_ALE/1539112‑1539385

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 13 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A