Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F58 I1 R1
|
20 |
133.9 |
3041128 |
64.0% |
1946321 |
150.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,105,994 |
T→C |
T12T (ACT→ACC) |
pdhD → |
Dihydrolipoyl dehydrogenase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,105,994 | 0 | T | C | 99.2%
| 477.6
/ NA
| 130 | T12T (ACT→ACC) | pdhD | Dihydrolipoyl dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (57/72); minor base A (1/0); total (58/72) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.46e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
TATCATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACATGCT > USA300TCH1516_ALE/1105846‑1106141
|
aTCATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGTAAAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCAAATTGAAACAGATACcat > 2:508956/1‑151 (MQ=255)
tCATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAg < 3:393228/151‑1 (MQ=255)
tCATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAg < 2:712814/151‑1 (MQ=255)
cATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGt > 2:706558/1‑151 (MQ=255)
aTTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACAATAGTa > 1:671065/1‑151 (MQ=255)
aaGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCCATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATGATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGA‑AAAACATGGTAGTTGGGGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATc < 2:223462/151‑1 (MQ=255)
aaGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATc > 2:228975/1‑151 (MQ=255)
tttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAg < 2:704805/151‑1 (MQ=255)
ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGc < 1:569993/151‑1 (MQ=255)
ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGc < 2:748492/151‑1 (MQ=255)
ttGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGc < 3:189606/151‑1 (MQ=255)
gACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAg < 2:510172/151‑1 (MQ=255)
gACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAg > 4:48351/1‑151 (MQ=255)
ccACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGt < 4:114058/151‑1 (MQ=255)
cAAATTGAAGATGCATCTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtggtg < 4:224018/151‑1 (MQ=255)
aaaTTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCtggtgg < 1:742168/151‑1 (MQ=255)
gCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTgcag < 4:187443/151‑1 (MQ=255)
gCAACTGGCCAAAATGAAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTgcag < 3:432233/151‑1 (MQ=255)
tGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAAtt < 3:299906/151‑1 (MQ=255)
cAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTg < 2:483770/151‑1 (MQ=255)
cAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTg > 1:192512/1‑151 (MQ=255)
aaaaTGCAATGAATCACATTAAACGTGTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGc < 2:616754/151‑1 (MQ=255)
aTGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGc < 2:997469/151‑1 (MQ=255)
aTGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGc < 2:102807/151‑1 (MQ=255)
cAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCa > 2:858824/1‑151 (MQ=255)
aTGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAAt > 3:281208/1‑151 (MQ=255)
gAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTa < 1:34140/151‑1 (MQ=255)
aaTCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAg < 3:300127/151‑1 (MQ=255)
aTCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAgg > 2:979799/1‑151 (MQ=255)
tAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAAGTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGGCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑aaaaa < 1:1050216/151‑1 (MQ=255)
aCGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAGCAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTa < 1:892772/151‑1 (MQ=255)
aCGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTa < 3:369271/151‑1 (MQ=255)
aCGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTa < 1:441034/151‑1 (MQ=255)
aCGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTa < 3:284900/151‑1 (MQ=255)
gTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAAc < 1:210332/151‑1 (MQ=255)
ttattaAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACaa < 3:219360/151‑1 (MQ=255)
ttattaAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACaa > 3:107936/1‑151 (MQ=255)
gactactCCAGACTTATGATTAATGGGGGGGT‑AGAACGTGGTCGCTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGGGCAGGGCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGtt > 2:567784/7‑151 (MQ=255)
aaaaatCCAGTATTATTATTAATGGAGAGAA‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCACAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGATCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGAAAAAAAAAAAA‑AAAAAGTAACAATCGTTg < 2:262756/148‑1 (MQ=255)
ttaatCAAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCGGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTga < 4:432731/150‑1 (MQ=255)
ataatCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTga < 3:359338/151‑1 (MQ=255)
tCCAGAATTATTATTAATGGAGAGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTACAAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTAAAAAAAAAA‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGaaa < 2:390300/151‑1 (MQ=255)
ccAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAg > 1:173774/1‑151 (MQ=255)
cAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAATTAACAATCGTTGAGAAAgg < 1:935967/151‑1 (MQ=255)
cAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAgg > 2:522569/1‑151 (MQ=255)
cAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAgg < 2:266693/151‑1 (MQ=255)
gAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTa < 1:453020/151‑1 (MQ=255)
gAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTa < 1:74567/151‑1 (MQ=255)
tattattaATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCt < 2:358597/151‑1 (MQ=255)
ttattaATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtg > 1:209782/1‑151 (MQ=255)
attaATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggt > 2:429142/1‑151 (MQ=255)
attaATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggt < 1:523871/151‑1 (MQ=255)
attaATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggt < 1:660052/151‑1 (MQ=255)
ttaATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTtggtg > 1:390874/1‑151 (MQ=255)
aTGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGGGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGgtggtg < 1:678856/151‑1 (MQ=255)
aTGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGgtggtg < 1:734216/151‑1 (MQ=255)
tGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt > 1:769341/1‑151 (MQ=255)
tGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt > 1:316701/1‑151 (MQ=255)
tGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGgtgt > 1:1000798/1‑151 (MQ=255)
gAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGttt > 2:788480/1‑151 (MQ=255)
gAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGttt < 1:1013660/151‑1 (MQ=255)
gAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGttt < 1:835133/151‑1 (MQ=255)
aGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGCGCAGGTCCTGGTGGATCCGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTg < 1:898616/151‑1 (MQ=255)
aGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTg > 1:167174/1‑151 (MQ=255)
aGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTAAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTg < 1:775278/151‑1 (MQ=255)
ggggT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGc < 2:1059982/151‑1 (MQ=255)
gggT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTa > 3:256879/1‑102 (MQ=255)
gggT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTa < 4:256879/102‑1 (MQ=255)
ggT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt < 4:50062/151‑1 (MQ=255)
ggT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt < 1:816478/151‑1 (MQ=255)
ggT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt < 2:374067/151‑1 (MQ=255)
ggT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt > 2:418033/1‑151 (MQ=255)
ggT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGCGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCtt > 2:564362/1‑151 (MQ=255)
gT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTa < 1:432888/151‑1 (MQ=255)
gT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTa > 2:79943/1‑151 (MQ=255)
aaaaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTaaa > 1:124306/1‑151 (MQ=255)
aaaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAAc > 1:216256/1‑151 (MQ=255)
aaCATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACg < 3:196999/151‑1 (MQ=255)
gTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGAt < 1:858824/151‑1 (MQ=255)
gTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGAt > 1:923274/1‑151 (MQ=255)
tAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATg < 3:48351/151‑1 (MQ=255)
gTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTa > 3:414946/1‑151 (MQ=255)
agaTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCt < 2:1060770/151‑1 (MQ=255)
gaTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCtt > 2:653698/1‑151 (MQ=255)
gaTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCtt > 1:611214/1‑151 (MQ=255)
gaTTTCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCtt > 1:611456/1‑151 (MQ=255)
tCCCAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaa > 2:285814/1‑151 (MQ=255)
cccAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaaa > 3:172912/1‑151 (MQ=255)
cccAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaaa > 3:285233/1‑151 (MQ=255)
cccAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaaa < 3:249314/151‑1 (MQ=255)
cccAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaaa > 3:90116/1‑151 (MQ=255)
cccAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCaaaa > 4:113428/1‑151 (MQ=255)
ccAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAg > 2:270114/1‑151 (MQ=255)
ccAATTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCNTCAAAAg > 2:797855/1‑151 (MQ=255)
aTTGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAt > 3:306831/1‑151 (MQ=255)
ttGAAACAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGACAAAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCAt < 2:829352/151‑1 (MQ=255)
cAGATACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACa > 1:47880/1‑151 (MQ=255)
aTACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACATGc < 1:684741/151‑1 (MQ=255)
tACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCTATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACATGCt > 2:590080/1‑151 (MQ=255)
tACCATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACATGCt > 2:653686/1‑151 (MQ=255)
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TATCATTAAGCTTTGACCACAGACAAATTGATGGTGCAACTGGCCAAAATGCAATGAATCACATTAAACGTTTATTAAATAATCCAGAATTATTATTAATGGAGGGGT‑AAAACATGGTAGTTGGAGATTTCCCAATTGAAACAGATACTATAGTAATCGGAGCAGGTCCTGGTGGATACGTTGCAGCAATTCGTGCAGCTCAATTAGGAC‑AAAAAGTAACAATCGTTGAGAAAGGTAATCTTGGTGGTGTTTGCTTAAACGTAGGATGTATTCCTTCAAAAGCATTACTACATGCT > USA300TCH1516_ALE/1105846‑1106141
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
