Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F109 I1 R1
|
31 |
90.0 |
1985866 |
95.2% |
1890544 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
973,213 |
C→A |
E175* (GAG→TAG) |
yitU_1 ← |
5‑amino‑6‑(5‑phospho‑D‑ribitylamino)uracil phosphatase YitU |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 973,213 | 0 | C | A | 97.3%
| 228.3
/ ‑3.7
| 75 | E175* (GAG→TAG) | yitU_1 | 5‑amino‑6‑(5‑phospho‑D‑ribitylamino)uracil phosphatase YitU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (41/31); total (42/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01 |
TATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCC > USA300TCH1516_ALE/973075‑973349
|
tATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTaaa < 1:648939/141‑1 (MQ=255)
cTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCCATAACTAAAAGTTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAatat < 2:102518/141‑1 (MQ=255)
tcaCCGAACGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCg < 1:257610/141‑1 (MQ=255)
caCCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCgg < 2:171720/141‑1 (MQ=255)
ccGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTACATATAAGCGGCa > 1:160677/1‑141 (MQ=255)
ccGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCa > 2:633428/1‑141 (MQ=255)
aTGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGGTAAATATGGTCGGCATaaa > 2:122520/1‑141 (MQ=255)
tGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATaaaa < 1:902159/141‑1 (MQ=255)
ataataTTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGa > 2:941296/1‑141 (MQ=255)
attattTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAg > 2:94808/1‑141 (MQ=255)
attTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCat > 1:59968/1‑141 (MQ=255)
tCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAtt < 2:929451/141‑1 (MQ=255)
tCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAtt < 1:607884/141‑1 (MQ=255)
tCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTATTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAtt < 2:505056/141‑1 (MQ=255)
cGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAttt < 2:966832/141‑1 (MQ=255)
gTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTGTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATAttttt < 2:225679/141‑1 (MQ=255)
cAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGa > 1:576674/1‑141 (MQ=255)
aaTATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGAt < 1:141627/141‑1 (MQ=255)
aaTATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTGACTAATACCAGCTTTCGCAATGGGAATGACAGAGAATGGTGCACTCTACCGTCGATGCTAAATAGGAGCGGCATAAAAGTTAGGAAGCatatgtgttgt < 2:260701/141‑8 (MQ=255)
aaTAGTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCGTCTAGATTTATGAATACCAAGTTTGACAATTTCAATGAAAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTAGATGCTAAATATGAGCAGCATAAAAATGAGTAAGCAGAttttgtgt < 2:260714/141‑5 (MQ=255)
tAAAAATTGTCTAGCTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCGGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGAATATTGTTTATTTCAgg > 2:479421/1‑141 (MQ=255)
tAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAgg > 2:734296/1‑141 (MQ=255)
tAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAgg > 1:35084/1‑141 (MQ=255)
ttGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGTATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTAtttt < 2:713570/141‑1 (MQ=255)
ttGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTAtttt < 2:635570/141‑1 (MQ=255)
ttGTCTAACTGGCCCAATTCCTCTTGCTGTATTACTACCAAGTTTTACATGTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCTATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGCGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTAtttt < 2:456390/141‑1 (MQ=255)
ggttAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCCAGTTTTACAACTGCAATGACAGAGAATGGTGCGCCCCAGCGGCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGGGTAAGCCTATTTTTGATTTCAGGTAtttagc < 2:120560/138‑4 (MQ=255)
tAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACttt < 2:948866/141‑1 (MQ=255)
cTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTttctt > 2:958144/1‑141 (MQ=255)
cTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTttctt > 2:571960/1‑141 (MQ=255)
cgtcTCATTGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTttcttc < 2:484830/138‑1 (MQ=255)
cTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGc > 1:769065/1‑141 (MQ=255)
aTGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCa > 2:91677/1‑141 (MQ=255)
gCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTCCTTTCTTCGGCTTCAAt > 1:369037/1‑141 (MQ=255)
cctactGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAAtt < 2:665814/136‑1 (MQ=255)
ctctTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGAAGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCGTATTTTTGATTTCAGGTATTTTGCTTTCTTCGGCTTCAATTa > 1:276297/1‑141 (MQ=255)
tctTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTaa > 1:827277/1‑141 (MQ=255)
tctTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTaa > 1:827515/1‑141 (MQ=255)
tttATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTCTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGa > 1:686978/1‑141 (MQ=255)
ttattaATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCACCCCAGCGTCGATGCTAAATGTGATCGGCGTAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTAATTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAg > 1:450240/1‑141 (MQ=255)
ttaATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGTGAATGGTGCGCCCCAGCGTGGATGCTGAATATGATCGGCATAAACATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTAGTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTa < 2:328842/141‑1 (MQ=255)
accagtttttACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGGCCCAGCGTGGATGCTAATTATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGa < 2:379503/135‑1 (MQ=255)
aCCTAGTCTTACAATTTCAATGAAGGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTGTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGa > 2:446539/1‑141 (MQ=255)
ccAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGAt > 1:573961/1‑141 (MQ=255)
cAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGGGGTAGGGGAtt > 1:119908/1‑141 (MQ=255)
aaGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTc > 1:391608/1‑141 (MQ=255)
aGTTTTACAATTTCAATTACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCt < 1:747280/141‑1 (MQ=255)
ttACAATTTCAATTACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTTAGGTAGGGGATTCTTTCa < 1:984337/141‑1 (MQ=255)
ttACAATTCCAATGACAGGGACTGGTGCGCCCCAGCCTCGATGCCAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCa < 1:40337/141‑1 (MQ=255)
aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAg < 2:103313/141‑1 (MQ=255)
aCAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGACTCTTTCAAg > 1:798809/1‑141 (MQ=255)
cAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGt > 1:616524/1‑141 (MQ=255)
actttCAATGACAGGGAATGCGTCGCTCCAGCGTCGTTGCTAAATTTGATCCGCATAAAGATGAGGAAGCATATTCTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAAGCAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTg < 2:536998/139‑1 (MQ=255)
aagttCAATAACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTGCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTg < 2:392903/138‑1 (MQ=255)
aaTTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCCGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTg < 2:358804/141‑1 (MQ=255)
aaTTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTg > 2:922816/1‑141 (MQ=255)
aaTGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAg > 1:213894/1‑141 (MQ=255)
gACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTaa > 2:56348/1‑141 (MQ=255)
gTGCGCCCCAGAGTCTATGCTAAATATGATCGGCCTAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCTGCTTCTATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTAGACAAGTAAATTACCAGttt < 1:600745/141‑1 (MQ=255)
tGCGCCCCAGCGTCGGTGCTAAATAAGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGCCAAGTAAATTACCAGTTTg > 1:496204/1‑141 (MQ=255)
tGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGGTTCTTTCACGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTg > 1:312574/1‑141 (MQ=255)
tGCGCCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTg > 1:64780/1‑141 (MQ=255)
cgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGCGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGaa > 2:39031/1‑141 (MQ=255)
cgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGaa < 1:741291/141‑1 (MQ=255)
cgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGaa > 2:694834/1‑141 (MQ=255)
cgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGaa > 2:194268/1‑141 (MQ=255)
cgcCCCAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCCTCTCCTACAATTAAAATTGAGGTAGGCGATTATTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGaa > 1:470947/1‑141 (MQ=255)
cAGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCtt < 1:94808/141‑1 (MQ=255)
aGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTg > 1:104398/1‑141 (MQ=255)
aGCGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGACTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTg > 1:325031/1‑141 (MQ=255)
aGCGTCGATGCTAAATATGATCGACATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTg > 2:535772/1‑141 (MQ=255)
gCGTCGATGCGAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGTATATTGTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAAGTGAGTTATGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATGACCAGTGTGAATTCtttg < 2:276297/141‑3 (MQ=255)
cGTCGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGa > 1:370775/1‑141 (MQ=255)
cGATGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGCTTTCAGGTATTTTACTTTATTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTAAATTCTTGGATTa > 1:240671/1‑141 (MQ=255)
tGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTAccc < 2:391608/141‑1 (MQ=255)
tGCTAAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGGTTGAATTCTTGGTGTAccc > 1:320500/1‑141 (MQ=255)
|
TATCTTCATCACCGAATGCAATAATATTATTTCGGTCAATATTTAAAAATTGTCTAACTTGCTCAATGCCTCTTGCTTTATTAATACCAAGTTTTACAATTTCAATGACAGGGAATGGTGCGCCCCAGCGTCGATGCTCAATATGATCGGCATAAAAATGAGTAAGCATATTTTTGATTTCAGGTATTTTACTTTCTTCGGCTTCAATTAAAATTGAGGTAGGGGATTCTTTCAAGTGGACAAGTAAATTACCAGTTTGAATTCTTGGATTACCC > USA300TCH1516_ALE/973075‑973349
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
