Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I1 R1
|
35 |
102.1 |
2392160 |
96.4% |
2306042 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,233,504 |
T→A |
V470D (GTT→GAT) |
prkC → |
Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,233,504 | 0 | T | A | 98.8%
| 268.5
/ NA
| 81 | V470D (GTT→GAT) | prkC | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (32/47); minor base C (1/0); total (33/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTTTATG > USA300TCH1516_ALE/1233369‑1233641
|
gTGAAGGGGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGAGGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGa < 2:345577/141‑1 (MQ=255)
gAAGGTGTTGAACGGGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCACTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGAtt < 2:501649/141‑1 (MQ=255)
gAACGTGTGGACCGTGGTGACAGTGGTGATGTTGTTATATACACGGACCCTGAACAGGCTAAAATGCCAAATTTCATTTGTTTACCTAAGGATGAAGCCTTGCAGAAATTATAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGAtt < 2:344496/141‑1 (MQ=255)
aaCGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTg > 1:987951/1‑141 (MQ=255)
aaCGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTg > 2:404605/1‑141 (MQ=255)
atgtgtTCAACGGGGGAACAGTGTTGATGTGGATAAAACAAAGGTACCTGAAAAGGTTATAAGGCCAAATTTCATTGGTTTACCTAAGGAGTAAGCCTTGCATAAATTAAAATCGTTCTGTCTTAAAGATGATACGATTGa < 2:420797/139‑1 (MQ=255)
aCGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGa < 1:900354/141‑1 (MQ=255)
aCGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGa < 1:83064/141‑1 (MQ=255)
aCGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGa < 1:695947/141‑1 (MQ=255)
aCGGGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGa < 1:186893/141‑1 (MQ=255)
cGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGaa > 1:588651/1‑141 (MQ=255)
cGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGtatat > 2:1058763/1‑141 (MQ=255)
gtggtgACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGtatata < 1:368685/141‑1 (MQ=255)
tggtgACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATataa < 1:772274/141‑1 (MQ=255)
gtgACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATataata < 2:774490/141‑1 (MQ=255)
gACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGATGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATaataat > 1:344070/1‑141 (MQ=255)
gACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAACTATATaataat > 2:802287/1‑141 (MQ=255)
aCAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAAGTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATc > 1:455503/1‑141 (MQ=255)
gtTGATGTTTTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTCAGTAGGAAGCCTTGCATAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAATGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATATTCAAgcg < 2:325272/141‑1 (MQ=255)
gtTGATGTTGTTATATTAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAgcg < 2:991321/141‑1 (MQ=255)
gtTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAgcg < 2:1050766/141‑1 (MQ=255)
gATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAGGCGCCa > 1:6822/1‑141 (MQ=255)
ggtgatataTCAAAGGGCCCCGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATGATCAAGCGCCaaaa < 2:811282/136‑1 (MQ=255)
tgttATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGACGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTGTATAATAATCAAGCGCCAAAAgg < 2:854316/141‑1 (MQ=255)
aaGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCa < 2:635172/141‑1 (MQ=255)
aGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCaa < 1:372038/141‑1 (MQ=255)
aGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCaa < 1:729756/141‑1 (MQ=255)
aGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCaa < 1:729773/141‑1 (MQ=255)
aGGGCCCAGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTCGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATAGAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCaa < 2:320263/141‑1 (MQ=255)
cccTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAAtaa > 2:415226/1‑139 (MQ=255)
cTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCaaa > 1:1152898/1‑141 (MQ=255)
aaaGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAgtga > 2:468948/1‑140 (MQ=255)
gTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAAcc < 1:694423/141‑1 (MQ=255)
aaagCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTGGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGAAACCGCgaa < 2:1031784/138‑1 (MQ=255)
aaTGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCaaa < 2:788180/141‑1 (MQ=255)
aTGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAAt > 1:432237/1‑141 (MQ=255)
gCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATAc < 1:204027/141‑1 (MQ=255)
aaaTGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGa > 2:702828/1‑141 (MQ=255)
tGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAAt < 1:360388/141‑1 (MQ=255)
tCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCg < 2:689867/141‑1 (MQ=255)
ttGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTa > 1:112185/1‑141 (MQ=255)
ggTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTAtt < 1:1118700/141‑1 (MQ=255)
gTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCCAATACTGAAATCGCTATTc < 2:602809/141‑1 (MQ=255)
ttACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATCCATTGCACATCATAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCAt > 1:327191/1‑141 (MQ=255)
ttACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCAt > 1:850788/1‑141 (MQ=255)
ttACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCAt > 1:37372/1‑141 (MQ=255)
tACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATTGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAAGCGCTATTCATg < 2:590062/141‑1 (MQ=255)
tACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACAGCAAATACTGAAATCGCTATTCATg < 1:243689/141‑1 (MQ=255)
tAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTc < 2:466832/141‑1 (MQ=255)
caaGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTc < 2:673179/140‑1 (MQ=255)
aaGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTCAAATCGCTATTCATGATTCt < 2:1152898/141‑1 (MQ=255)
agaggaAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTaa < 2:1126566/140‑1 (MQ=255)
ggaAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAatat > 1:973812/1‑141 (MQ=255)
aGCCTTGCAGAAATTAAACTCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaa < 2:36321/141‑1 (MQ=255)
aGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAATATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATAACAAAAAAAGCAAATTGCATGCGCATACACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaa < 1:574259/141‑1 (MQ=255)
aGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGACTATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCAGGATTCTAATATTaa < 1:662561/141‑1 (MQ=255)
ccTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGCTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACACAGCAAATCAAAGTGTAACCGCCAATAATGAACAAGTAAACGATCATTCTAATATTAAAc > 2:833364/1‑141 (MQ=255)
ttGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACta > 2:1132385/1‑141 (MQ=255)
aGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATg < 1:802287/141‑1 (MQ=255)
aTTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATc < 2:987951/141‑1 (MQ=255)
aTTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATc > 1:119754/1‑141 (MQ=255)
aTTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAAAGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTATAACCGCAAATACTGAAATCACTATTCATGATTTTAATATTAAACTATATAAAta > 2:574616/1‑140 (MQ=255)
tCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCACCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGc > 2:69150/1‑141 (MQ=255)
cGTTAAGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCa < 2:99361/141‑1 (MQ=255)
gTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATCCATTGCAAATCAAAGTGAAACCGCAAATACGGAAATCGCTCTTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCtttggtaaa > 2:180700/1‑135 (MQ=255)
gTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTCGGAAt > 2:588057/1‑141 (MQ=255)
gTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCAt > 1:1110238/1‑141 (MQ=255)
ttAGGTCTTAAAGATGGTACGATTGAAAAAGTATATAATAGTCAAGCGCCAAAAGGATACAATGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCAtt < 2:235698/141‑1 (MQ=255)
ttAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCAtt > 1:694343/1‑141 (MQ=255)
ggTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAg < 2:100785/141‑1 (MQ=255)
ggTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAg < 1:117748/141‑1 (MQ=255)
tCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATGCATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCGTTAAGCa > 2:331189/1‑141 (MQ=255)
tCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCa > 1:1118229/1‑141 (MQ=255)
tCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAAACCAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCAATTCCTGATTCTAATATTAAACTGTATTACTGTTTAGGCATTAAgga > 1:1140051/1‑139 (MQ=255)
aaaGATGATACGATTGCAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGtt > 1:592520/1‑141 (MQ=255)
aaaGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGtt > 2:1017829/1‑141 (MQ=255)
aaaGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGtt > 1:823621/1‑141 (MQ=255)
aGATGATACCATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTTTa < 1:743326/141‑1 (MQ=255)
gatgatACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTTTAt > 1:576208/1‑141 (MQ=255)
aTGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTTTATg < 2:330045/141‑1 (MQ=255)
aTGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTTTATg < 2:965259/141‑1 (MQ=255)
aTGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTTTATg < 1:200085/141‑1 (MQ=255)
|
GTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGTTTATG > USA300TCH1516_ALE/1233369‑1233641
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
