Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F178 I1 R1
|
28 |
89.4 |
2015306 |
95.8% |
1930663 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,233,504 |
T→A |
V470D (GTT→GAT) |
prkC → |
Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,233,504 | 0 | T | A | 98.9%
| 281.5
/ NA
| 94 | V470D (GTT→GAT) | prkC | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); major base A (45/47); minor base G (1/0); total (46/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGT > USA300TCH1516_ALE/1233367‑1233636
|
tGGTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATa > 1:468170/1‑140 (MQ=255)
gTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACg < 1:712922/140‑1 (MQ=255)
gTGAACGTGGTGAACGGTGTGACAGTGTTGATGTTGGTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAGTGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTGGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACg < 2:749681/140‑1 (MQ=255)
tGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGa > 1:357941/1‑140 (MQ=255)
tGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATCGCGTTACATCCGAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGa < 1:775532/140‑1 (MQ=255)
cGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGGTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGa > 1:677523/1‑140 (MQ=255)
gtgtTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGaa > 2:374203/1‑140 (MQ=255)
gtgtTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCGTAAAGATAATACGCTTgct > 2:493026/1‑138 (MQ=255)
tgtTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGaaa < 1:933517/140‑1 (MQ=255)
tgtTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGaaa > 1:168273/1‑140 (MQ=255)
tGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATAAGATTGAAAAAg > 1:842441/1‑140 (MQ=255)
tggtgACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGtatata < 1:439841/140‑1 (MQ=255)
gtgACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATataat > 1:871320/1‑140 (MQ=255)
gACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATACCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATAGAAAAAGTATAtaataa > 2:650478/1‑140 (MQ=255)
aGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCa < 1:661765/140‑1 (MQ=255)
gtgtTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCaa > 2:113560/1‑140 (MQ=255)
gtTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAgc > 1:183494/1‑140 (MQ=255)
tttaTGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAgcg < 2:935611/137‑1 (MQ=255)
atatCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATa > 1:51646/1‑140 (MQ=255)
tatCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATAc < 1:155433/140‑1 (MQ=255)
tagcAAAGGGGCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGCTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATAc < 1:51700/137‑1 (MQ=255)
acaaaaaGGCCATCAAAAAGTGAAACGGCCGAATGTCATTCGTTTACCCAAGGAGGAAGCCTTGCACAAATTAAACTCGTTAGGTCTTAAAGATGACACGATTGAAAAAGTTTATAATCATCAAGCGCCAAAAGGCTACa < 2:440396/137‑1 (MQ=255)
ggCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCaaa > 1:534796/1‑140 (MQ=255)
ggCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGACATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCGTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCaaa > 1:647742/1‑140 (MQ=255)
ccTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCa > 1:502132/1‑140 (MQ=255)
cTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCaa > 2:549391/1‑140 (MQ=255)
cTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCaa > 2:914581/1‑140 (MQ=255)
taaaaGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGATGCCTTGCATAAATTAAAATCGTTAGGTCTTACTGATGATACGATTGAATAAGGATATAATACTCAAGCGCCAAATGGATACATTGCAAATCAAAg < 2:139804/139‑1 (MQ=255)
aaaaGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAgt > 2:589141/1‑140 (MQ=255)
gagggTTAAAATGCAAAATGTCGTTGGTTTACCTGAGGAGGCGGCCTTGCGGGGCGGTATATCTGTAGGTCTTAAAGATGTTGGGATTGGAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAgtg < 2:210365/137‑1 (MQ=255)
aaGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAgtgt > 2:353825/1‑140 (MQ=255)
aGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATAGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCGAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTa < 1:650478/140‑1 (MQ=255)
ggTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTaa > 2:111497/1‑140 (MQ=255)
tAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCg > 2:489097/1‑140 (MQ=255)
aaTGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCaa > 2:133774/1‑140 (MQ=255)
gcAAATGTCATTCGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATAc < 2:151668/139‑1 (MQ=255)
ccAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATACTCAACCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATAc < 2:755081/140‑1 (MQ=255)
ccAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATAc < 2:754977/140‑1 (MQ=255)
aTGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGaa > 1:411960/1‑140 (MQ=255)
tCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATc > 2:989938/1‑140 (MQ=255)
cATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCg > 1:535169/1‑140 (MQ=255)
aTTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGAAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAAGAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGc < 2:528013/140‑1 (MQ=255)
aTTGGTCTACCTAAGGACGAAACCTTGCAGAAATCAAAATCGTGCGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTAAACAACAACCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGAATGTCCCTAAATACTGAAATCGc < 2:462715/140‑1 (MQ=255)
ggTTTACCTAAGGAGGAAGCCGTGCAGAAATTAAGAGCGTTAGGGCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACAGTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAAGCGCTAt < 1:911731/140‑1 (MQ=255)
gTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTAtt < 2:132570/140‑1 (MQ=255)
gTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTAtt < 2:412502/140‑1 (MQ=255)
tttACCTAAGGAGGAATCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGACATCGCTATTc < 2:734944/140‑1 (MQ=255)
ttACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGACATTAATATCGCTAGGTCTTAAAGATAGTACGACTGAAAAAGTAGATAATAATCAAACGCCAAAACGAGACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAAACGCAATTCa > 2:201753/1‑140 (MQ=255)
ttACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCCAAGTCTAACCGCACATACTGAAATCGCTATTCa < 2:486113/140‑1 (MQ=255)
ttACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCa < 2:486117/140‑1 (MQ=255)
ttACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCa > 2:255160/1‑140 (MQ=255)
cTAAGGCGGAAGCCTTGCAGCAATTAATATTGTTAGTTCTTAAAGATGATACGTTTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGAt < 2:946734/140‑1 (MQ=255)
tAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCTTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGAtt < 2:845912/140‑1 (MQ=255)
tAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGAtt < 2:677523/140‑1 (MQ=255)
tAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGAtt < 1:805239/140‑1 (MQ=255)
aaGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTc < 2:734986/140‑1 (MQ=255)
aggaggAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCt > 2:441830/1‑140 (MQ=255)
aggaggAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCt > 1:633486/1‑140 (MQ=255)
aggaggAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCt < 1:133774/140‑1 (MQ=255)
gagggAGCCTTGAAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATAGGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCTAAATGCAACCGCAAATACTGAAATCGCGATTCATGATTCTaa > 1:709147/1‑140 (MQ=255)
gaggaAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGAGACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAACTCGCGAATCATGATTCTac > 2:155753/1‑139 (MQ=255)
aggaAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATAGTTCTCCAAAAAGGGATGGGGTAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACCGAAATCGCTATTCAGGATTCTAat < 1:734707/140‑1 (MQ=255)
ggaAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAata > 1:443854/1‑140 (MQ=255)
aaGCCTTGCAGAAACTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGCATATAATAATCAAACGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGAAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATAtt < 2:918406/140‑1 (MQ=255)
aGCCTTGCAGAAATTAAAAGCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATCATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTa > 1:603106/1‑140 (MQ=255)
gCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaa > 2:700048/1‑140 (MQ=255)
ccTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATGATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaaa > 2:560239/1‑140 (MQ=255)
ccTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTaaa > 2:184672/1‑140 (MQ=255)
cTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGAGTGAAAAGGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAAc > 1:529633/1‑140 (MQ=255)
ttGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACt > 2:467647/1‑140 (MQ=255)
gCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACtat < 1:664163/140‑1 (MQ=255)
aGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAACCAAGAACCAGAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTatat < 1:731698/140‑1 (MQ=255)
aGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAAGAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACGGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTatat < 1:202963/140‑1 (MQ=255)
gAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATg < 1:149340/140‑1 (MQ=255)
aaaTTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGa < 1:914581/140‑1 (MQ=255)
aTTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATAATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCACAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAAt < 1:614256/140‑1 (MQ=255)
ttAAAATCGTTAGGTCTTACAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATc > 1:549879/1‑140 (MQ=255)
ttAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATc < 1:73955/140‑1 (MQ=255)
aaTCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAACAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTACCCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTa < 2:809131/140‑1 (MQ=255)
aaTCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTa < 2:612969/140‑1 (MQ=255)
agcGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAg < 1:703878/138‑1 (MQ=255)
aTCGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACCATATGAATCTTTAg < 1:552100/140‑1 (MQ=255)
cGTTAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAAGCGCAAATACTGAAATCGCTATTGATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAgga > 2:652234/1‑139 (MQ=255)
ttAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTTTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCAt > 1:963265/1‑140 (MQ=255)
tAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATATTAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAATCTATATGAATCTTTAGGCAtt > 1:696815/1‑140 (MQ=255)
tAGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCAtt > 1:531337/1‑140 (MQ=255)
aGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTa < 1:777108/140‑1 (MQ=255)
aGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTa < 2:537541/140‑1 (MQ=255)
aGGTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTa < 1:443851/140‑1 (MQ=255)
ggTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTaa > 2:902085/1‑140 (MQ=255)
ggTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAAGAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTaa > 2:90623/1‑140 (MQ=255)
gTCTTAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAg < 1:549391/140‑1 (MQ=255)
tAAAGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAg < 1:221901/140‑1 (MQ=255)
aaaGATGATACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCTTGATTTTAATGTTTAATTTTATGATTCTTTAGGAATTTAGTAAGt > 1:247773/1‑140 (MQ=255)
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TGGTGAACGTGTTGAACGTGGTGACAGTGTTGATGTTGTTATATCAAAGGGCCCTGAAAAGGTTAAAATGCCAAATGTCATTGGTTTACCTAAGGAGGAAGCCTTGCAGAAATTAAAATCGTTAGGTCTTAAAGATGTTACGATTGAAAAAGTATATAATAATCAAGCGCCAAAAGGATACATTGCAAATCAAAGTGTAACCGCAAATACTGAAATCGCTATTCATGATTCTAATATTAAACTATATGAATCTTTAGGCATTAAGCAAGT > USA300TCH1516_ALE/1233367‑1233636
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
