Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F104 I1 R1
|
35 |
102.1 |
2392160 |
96.4% |
2306042 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,744,362 |
G→A |
H104Y (CAC→TAC) |
apt ← |
Adenine phosphoribosyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,744,362 | 0 | G | A | 99.1%
| 349.6
/ ‑5.9
| 111 | H104Y (CAC→TAC) | apt | Adenine phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (63/47); minor base T (1/0); total (64/47) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
TCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAC > USA300TCH1516_ALE/1744226‑1744499
|
tcaattATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCCCCAGTCGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACCCGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACAtt > 2:68035/1‑141 (MQ=255)
caattATAAATGCAATACCTACTACGATGCCGCCTAATCTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTg > 1:769522/1‑141 (MQ=255)
tataAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTTTTTTTTTTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTTACCTGGTTTAATTTCATCTTTTTACATTGTTaa > 2:701063/1‑141 (MQ=255)
aacttcAATACCTCCTACGATACCGGCTAATTTCTCAACTAACTTTACTGCTTCTTCAATCGGTCCACCATAAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAAc < 2:739035/136‑1 (MQ=255)
aaaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAAc < 2:548244/141‑1 (MQ=255)
aaaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAAc < 1:627119/141‑1 (MQ=255)
aaaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAAc < 1:183824/141‑1 (MQ=255)
aaaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCAGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAAc < 2:729324/141‑1 (MQ=255)
aaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACa < 2:539440/141‑1 (MQ=255)
aaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACa < 1:397277/141‑1 (MQ=255)
aaTGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACa < 1:41773/141‑1 (MQ=255)
aaTGCAATACCTACCAAGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACa < 1:128178/141‑1 (MQ=255)
tGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACAtt > 1:337039/1‑141 (MQ=255)
aTACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTTCATTGTTAAAACTTTTTTa > 1:509537/1‑141 (MQ=255)
aCCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTAcc < 1:989095/141‑1 (MQ=255)
ccTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTATCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAAAATTTGTAcct > 2:120968/1‑140 (MQ=255)
ccTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTAccc > 1:484841/1‑140 (MQ=255)
ccTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCa > 2:645413/1‑141 (MQ=255)
ctactaCGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCat > 2:145618/1‑141 (MQ=255)
cctacGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCatat < 2:372211/140‑1 (MQ=255)
cGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTa > 1:902355/1‑141 (MQ=255)
gATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAACTCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTATCACATTTTTACCATAATCTAg > 2:1121992/1‑141 (MQ=255)
tACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGTTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACTTCGTTTATTTTCATCTTTGTACATTTTTTAAACATTTTTACCTTATTCttgtt > 2:943201/1‑137 (MQ=255)
tACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGt > 1:664658/1‑141 (MQ=255)
tACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTCTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGt > 2:913368/1‑141 (MQ=255)
ccGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTACAACATTTGTACCATATTCTAGGTCa > 2:516427/1‑141 (MQ=255)
ccGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCa < 1:701063/141‑1 (MQ=255)
tAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTc > 2:418228/1‑141 (MQ=255)
aaTTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCa > 2:1070834/1‑141 (MQ=255)
aaTTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCa > 2:387038/1‑141 (MQ=255)
aaTTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCa > 1:370414/1‑141 (MQ=255)
tCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGa > 2:790303/1‑141 (MQ=255)
aCTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCAACAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATg > 2:1160755/1‑141 (MQ=255)
tAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGAc < 2:766359/141‑1 (MQ=255)
aTTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACCTTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACtt > 1:1110843/1‑141 (MQ=255)
aTTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACtt < 2:542051/141‑1 (MQ=255)
ttATTGCTGCTTCAATCGTACCACCGGTAGCTAATAAATCATCTTTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCAc < 1:97631/141‑1 (MQ=255)
ttATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCAc > 1:828325/1‑141 (MQ=255)
tgctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTaa < 1:306897/141‑1 (MQ=255)
ctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAtt < 1:145521/141‑1 (MQ=255)
ctTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAtt < 1:942779/141‑1 (MQ=255)
ttCAATCGTACCCGCTGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTCACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAttt < 1:551423/141‑1 (MQ=255)
ttCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAAttt < 1:518740/141‑1 (MQ=255)
tCAATCTTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTc < 2:162518/141‑1 (MQ=255)
tCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTc > 2:764082/1‑141 (MQ=255)
cAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATATGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTcc < 1:800397/141‑1 (MQ=255)
aTCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCct > 1:430602/1‑141 (MQ=255)
accaccAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCttt > 1:960068/1‑141 (MQ=255)
accaccAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCttt < 1:72643/141‑1 (MQ=255)
ccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTa > 2:375289/1‑141 (MQ=255)
ccaGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTa > 1:720823/1‑141 (MQ=255)
caGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATACCGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTaa > 2:184312/1‑141 (MQ=255)
tAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGCCCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCCTAACGAATGACTCCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAg > 2:546451/1‑141 (MQ=255)
aGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAgg < 1:1138987/141‑1 (MQ=255)
gCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGt > 1:88289/1‑141 (MQ=255)
taataaATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGc > 1:1019559/1‑141 (MQ=255)
taataaATCATCTGTAATTAACACAAGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGc > 2:548484/1‑141 (MQ=255)
aaTCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGc < 1:1115582/141‑1 (MQ=255)
aaTCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTGTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGc < 1:1143849/141‑1 (MQ=255)
atcatcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTTCAAAGcc > 2:390674/1‑141 (MQ=255)
tccttAATTAACTCACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATGGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATc < 2:122128/137‑1 (MQ=255)
tcTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATCGTTAAAACATCTGTACCATACTCTAGGTCATACTCATAACAAATGACTTCACGAGGTAATTCCCCTTCCTTTCTAACAGGTACAAAGCCAATc > 2:135909/1‑141 (MQ=255)
tAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCa > 2:659767/1‑141 (MQ=255)
tAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGATGCAAAGCCAATCCCCa > 1:935437/1‑141 (MQ=255)
ttAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTg < 1:288662/141‑1 (MQ=255)
ttAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTg > 2:583974/1‑141 (MQ=255)
aaCACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGaa > 1:881984/1‑141 (MQ=255)
aaCACACGTTGACCTGGTTTAATTCCATGTGGTTACATTGTTCAATAATGATGACGATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGaa < 1:862809/141‑1 (MQ=255)
cacGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAACGCCAATCCCCATTGAATAAg > 2:916338/1‑141 (MQ=255)
acGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTCAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATTCTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCGATCCCCATTGAATAAGc > 1:237608/1‑141 (MQ=255)
acGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATCGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGc < 2:623393/141‑1 (MQ=255)
cGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCCAAGCCAATCCCCAATGAATAAGCt > 2:1154111/1‑141 (MQ=255)
cGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCt < 1:147543/141‑1 (MQ=255)
cGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAACCAATCCCCATTGAATAAGCt > 1:43713/1‑141 (MQ=255)
cGTTGACCTGGTTTAATTGCAGCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCt < 1:1096256/141‑1 (MQ=255)
ttGACCTTGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTAc < 2:973679/141‑1 (MQ=255)
ttGACCTGGTTTAATTGCATCTTTCTACATTGTTAAAAAATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTAc > 1:766751/1‑141 (MQ=255)
tGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTAcc > 1:1026769/1‑140 (MQ=255)
gaaCCTGGGTTAATTACATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTATACCATACACTAGATCATACTCATAACGAATGACTTCACGACGTAATATCCCTTCTTTTCTAACAAGTGCAAAGCCAAGACCCACTGAATACGCAACa > 2:403003/3‑141 (MQ=255)
gACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAg > 2:153577/1‑141 (MQ=255)
gACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAg > 2:627089/1‑141 (MQ=255)
gACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAg > 2:506438/1‑141 (MQ=255)
gACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACACTGCTAAAACATTTGTCCCATATTCTAGGTCATACTCCTAACAAATGACTTCGCGAGGTAATTTCCCTTGTTTTCCAACAGGTACCAAGCCCACCCCCATTGAATAAGCTACAg > 2:83821/1‑141 (MQ=255)
aCCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGCATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACCGGTGCAAATCCCATCCCCATTGAATAAACTACAgg > 1:130913/1‑141 (MQ=255)
aCCTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCGCCATTGACTAAGCTACAga > 1:1065073/1‑140 (MQ=255)
ccTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGa > 1:13281/1‑141 (MQ=255)
ccTGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGa > 1:144219/1‑141 (MQ=255)
tGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACa < 2:370414/141‑1 (MQ=255)
tGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACa < 1:1070834/141‑1 (MQ=255)
tGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACa < 1:387038/141‑1 (MQ=255)
tGGTTTAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCCAGGTGATCCTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGTATAAGCTACAGGACa < 1:881537/141‑1 (MQ=255)
ttAATTGCATCTTTGTACATTGTTAAGACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTCAATAAGCTACAGGACAGCCa < 1:726154/141‑1 (MQ=255)
aaTTGCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAAt > 1:792664/1‑141 (MQ=255)
aaTTGCATCTTTGTAAATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAAt > 1:600972/1‑141 (MQ=255)
gCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCCTCCCCATAACGAATAACTTCACGAGGTAAATACAACAAAGAGCGAATGGTTCCAAGGCCAATCCCCATTTAATAAGCTACAAGACAGCCAAGGaga > 2:1144467/1‑139 (MQ=255)
gCATCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATa > 1:590141/1‑141 (MQ=255)
aTCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCTCGTGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATaaa < 2:448697/141‑1 (MQ=255)
aTCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATaaa < 1:204533/141‑1 (MQ=255)
tCTTTGTACATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAg < 1:965611/141‑1 (MQ=255)
tgtcCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTGGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTCACCGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGGATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAc < 2:545928/141‑1 (MQ=255)
|
TCAATTATAAATGCAATACCTACTACGATACCGCCTAATTTTTCAACTAATTTTATTGCTGCTTCAATCGTACCACCAGTAGCTAATAAATCATCTGTAATTAACACACGTTGACCTGGTTTAATTGCATCTTTGTGCATTGTTAAAACATTTGTACCATATTCTAGGTCATACTCATAACGAATGACTTCACGAGGTAATTTCCCTTCTTTTCTAACAGGTGCAAAGCCAATCCCCATTGAATAAGCTACAGGACAGCCAATGATAAAGCCAC > USA300TCH1516_ALE/1744226‑1744499
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
