Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F178 I1 R1
|
28 |
89.4 |
2015306 |
95.8% |
1930663 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC |
USA300TCH1516_ALE |
1,747,382 |
(TAC)3→2 |
coding (2065‑2067/2280 nt) |
USA300HOU_RS08710 ← |
Heme uptake protein MmpL11 |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
USA300TCH1516_ALE |
1747377 = | 6 (0.070) | 78 (0.930) |
54/262 |
0.2 |
93.6% |
coding (2072/2280 nt) |
USA300HOU_RS08710 |
Heme uptake protein MmpL11 |
| ? | USA300TCH1516_ALE |
= 1747373 |
5 (0.060) | coding (2076/2280 nt) |
USA300HOU_RS08710 |
Heme uptake protein MmpL11 |
ATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1747522‑1747377
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagtagtTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGTTGAAAAAA < USA300TCH1516_ALE/1747373‑1747235
ATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCATTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGT < 1:546617/140‑1
CGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAG < 1:170925/140‑1
GTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGT < 1:314314/140‑1
gAACGCTTGACCGTCTACAGGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTA < 2:566655/139‑1
TAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTA < 2:243682/140‑1
TAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATGACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGCCCGACAATGACACGTTCAGTTAATACAGTATGAACAGTTGTTGTAGTA > 2:602137/1‑140
GTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTTTCGTAGTTG > 1:508983/1‑140
GTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTGGTTG > 2:189092/1‑140
GTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTG > 1:330412/1‑140
GTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTG > 2:179073/1‑140
TTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGCCAGATTATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGC < 1:528762/140‑1
ccaTGTACGTAATAACTTACAAAAGCGTAGAGTAACTACGAAAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAAAACAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATAAACACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATAC < 1:142638/137‑1
CGTGTAAGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACT < 1:200241/140‑1
ACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCT < 2:814798/140‑1
ACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCT < 2:31896/140‑1
ACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGAATACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCT < 1:822839/140‑1
CGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGCACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTT < 1:24415/140‑1
CGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATATATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTT < 1:731237/140‑1
GTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTC > 1:692255/1‑140
GTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTC < 1:107966/140‑1
GAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGCTGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGG < 2:73197/140‑1
TTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGTCAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGGAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCC > 1:697904/1‑140
ACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGTTATACTATTTTTCGGTTCTCCTA > 1:269799/1‑140
ACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTACTCCTA > 1:211887/1‑140
AAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACG < 1:764886/140‑1
AGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATTATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATAACACGTTCAATTAATACAGTATTCCCAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATA < 2:500826/140‑1
TAAAGTTATCACGAAAAAAGAACAAATTGATGATATCGTTAAAAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTCGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCA < 1:287649/140‑1
AAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAgc > 1:586397/1‑138
AAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGAAATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCCGTGCTCCTACGATATTCAAC > 2:967342/1‑140
AGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTGATTGTAATAGTTGCTATACCATTCTTCGGTCCTCCTACGATATTCAACT > 2:765772/1‑140
GATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTA > 2:137765/1‑140
GATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATCCAACTTTA > 1:100138/1‑140
ATTACGACAACAGAACAAATTCATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTAC < 2:159321/140‑1
TTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACT < 2:846987/140‑1
cCGACAACAGAACAAATTTATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTT < 2:368130/139‑1
ACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTT > 2:379998/1‑140
ACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGATGCTATACTATTCTTCGGAGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTT > 2:321491/1‑140
ACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGC > 1:39682/1‑140
AACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTT > 1:944655/1‑140
CAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGAAAATCCACCAGGAGTCAACTTTCCATTAGCATTATTTAT > 1:679424/1‑140
TTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGA < 1:179202/140‑1
TTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATAGGA > 1:366484/1‑140
GATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATa > 1:656789/1‑139
GATGATATCGTTAACAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTAGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATT < 2:254242/140‑1
GATGATATCGTGAAGAGATAAATTACACAGACGATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATT < 2:95964/140‑1
ATGATAGCGTTATTAGTTCAATTAGTCTGTCAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTG < 1:445139/140‑1
TGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTCTTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGA < 1:782490/140‑1
GATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGAT < 2:330412/140‑1
GATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGAT < 1:179073/140‑1
GATAACGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTACCCCGGTTTTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGAT < 1:189092/140‑1
ATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTC < 2:115721/140‑1
TTAATAGAGCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGT < 1:475096/140‑1
AATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGCTATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGT < 2:412365/140‑1
AATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCCCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGT < 1:141848/140‑1
AGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCAGGTGTATT > 1:212111/1‑140
ATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATCGTAGTCGCTGCTATACTATTCTGCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTGTAGCATTATTTATCGTATTGATTTCGGGTGTATTCTCTTC > 2:655344/1‑140
TTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATCCTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGCTTGATTTCTGTTGTATTCACTTCA > 1:502434/1‑140
TAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAA > 2:1004943/1‑140
TAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAA > 2:703780/1‑140
AGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTATCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAAT > 2:604356/1‑140
GACAATGACCCGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCA < 1:343894/140‑1
ATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGC > 2:643651/1‑140
ATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGAGTATTCTCTTCAATCTTCATTac > 1:894720/1‑138
ATGACACGTTAAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGC > 2:685878/1‑140
TGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCC < 2:589995/140‑1
TGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAAACTTCATagac > 1:195661/1‑136
ACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGT > 2:919111/1‑140
ACGTTCAATTAATACAGTATTAACGGCAGGTGTAGTTTTTTCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTTTTCAATCTTCATTGCCGCTC > 2:215544/1‑140
ACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTCCGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATGTTCATTGCCGTTC > 1:319518/1‑140
ACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTC > 2:100629/1‑140
TTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGC < 1:242474/140‑1
TTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGC < 1:263165/140‑1
TCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCT < 1:242321/140‑1
TCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCT < 1:832628/140‑1
AATTAATTCAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTAT < 2:715138/140‑1
AATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTTTAATGTGCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTAT < 1:936856/140‑1
AATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTAT < 1:978051/140‑1
gagACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTTCTATACTATCCTTCGGTTCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGG < 2:910644/137‑1
AATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGG < 1:88985/140‑1
cacgATTAACAGTTATTGTAGTAGTCGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATA < 1:616816/136‑1
CAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATA > 1:314756/1‑140
ACAGTTATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAA < 1:953057/140‑1
TATTGTAGTAGTTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTTCCACTCCGCAATGGGGAATAAAGAAAAAACGac > 1:351880/1‑138
TGTATTAGTTGCTATACTATTCTTCGTTGCTCCTATGATATTCAACTTTACTTTAGTATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGT < 2:508989/140‑1
TTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGTTGAAAAAA > 2:481526/1‑140
TTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGTTGAAAAAA < 2:932783/140‑1
TTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGTTGAAAAAA < 1:813047/140‑1
ATCGTAACGTTTGACCGTGTACGTGAAAACTTACAAAAGGTTAAAGTGATTACGACAACAGAACAAATTGATGATATCGTTAATAGATCAATTAGACAGACAATGACACGTTCAATTAATACAGTATTAACAGTTATTGTAGTAGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/1747522‑1747377
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtagtagtTGCTATACTATTCTTCGGTGCTCCTACGATATTCAACTTTACTTTAGCATTATTTATCGGATTGATTTCTGGTGTATTCTCTTCAATCTTCATTGCCGTTCCGCTATGGGGAATAATGAAAAAACGTCAGTTGAAAAAA < USA300TCH1516_ALE/1747373‑1747235
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
