Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F178 I1 R1
|
28 |
89.4 |
2015306 |
95.8% |
1930663 |
139.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,761,889 |
C→A |
D388Y (GAT→TAT) |
fpgS ← |
Folylpolyglutamate synthase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,761,889 | 0 | C | A | 96.9%
| 181.5
/ NA
| 64 | D388Y (GAT→TAT) | fpgS | Folylpolyglutamate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (33/29); minor base T (1/1); total (34/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCTTCATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGG > USA300TCH1516_ALE/1761753‑1762021
|
tcttcATGGCTAATTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATatac < 2:1002746/140‑1 (MQ=255)
cttcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATACTGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATatact < 1:976670/140‑1 (MQ=255)
ttcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTACTTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTAATatacta > 2:971158/1‑140 (MQ=255)
tcATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTTTAAATTCAACATAGTCATATACTaa > 2:656004/1‑140 (MQ=255)
tcATGGCTAGTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTaa < 2:69649/140‑1 (MQ=255)
cATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAAt > 1:432399/1‑140 (MQ=255)
cATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATAACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAAt > 1:774444/1‑140 (MQ=255)
aTGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATTTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTAAACGTAGTCATATACTAAtt > 1:430237/1‑140 (MQ=255)
ggCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAAAGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGt > 2:9095/1‑140 (MQ=255)
tttagttttagtTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATTAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtca < 2:353875/140‑1 (MQ=255)
tagttttagtttTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTtcatc < 1:322892/140‑1 (MQ=255)
agttttaTAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTTATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATCCTAATTGTATTTTATCAtttttt > 2:104967/1‑138 (MQ=255)
agttttaTAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCa > 2:613746/1‑140 (MQ=255)
tataATGCTTCAAAGACTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAAtact > 1:743943/1‑140 (MQ=255)
aaTGCTTCAAAGTCTAATTTTTATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacc < 2:237834/140‑1 (MQ=255)
aaTGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacc < 1:579634/140‑1 (MQ=255)
aaTGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATActacc < 2:795032/140‑1 (MQ=255)
ttCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATATTCAATACTAACTACaa > 1:822958/1‑140 (MQ=255)
ttCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAAAGTAGTCATAAACTGATTGTATTTGATCATTTTCAATACTACCTACaa > 1:936033/1‑140 (MQ=255)
gtcgtaTTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTATCGGTAATTACTAATGTTTCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATttctt < 2:982289/135‑1 (MQ=255)
tAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCATAATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTCCGTTCAATTTcttctt > 2:153664/1‑140 (MQ=255)
ttttGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGc < 2:491045/140‑1 (MQ=255)
tttGATTTAACTTTACTTGTGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATAAACTTTATAATTTTTTATACATGCAACTTAGTGATTTACTAATATTCTTTAATCATTTTTAAACTTTCCTACACTTTCTTCttttgg > 2:634234/1‑137 (MQ=255)
tttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGttaag > 2:850275/1‑136 (MQ=255)
tttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACg > 1:397790/1‑140 (MQ=255)
ttAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGc < 1:943742/140‑1 (MQ=255)
ttATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTTCGTAACGCTTTCGGaaaa > 2:304464/1‑140 (MQ=255)
tGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATCATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAGTTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCa < 2:992117/140‑1 (MQ=255)
gAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCA‑TTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCaaa < 2:891815/140‑1 (MQ=255)
aaaTACAGACTACCGGTAATTACTCATTGATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCaaa < 2:406818/140‑1 (MQ=255)
aaTACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTAAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTACGTGACGCTTTCGGAAAATCAAAt > 1:1005112/1‑140 (MQ=255)
aTACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAAtt < 1:613746/140‑1 (MQ=255)
aTACAGAATACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGAAAATTTTTTATAAATTCAACGTAGACATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAAtt < 1:104967/140‑1 (MQ=255)
tACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTc < 1:766857/140‑1 (MQ=255)
gcctcccGGTAATTACTCATGTATCACCTTGATAATTTTTTCTAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGtt < 1:454449/135‑1 (MQ=255)
gaatACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGtt < 2:162949/137‑1 (MQ=255)
gACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGtt < 2:121806/140‑1 (MQ=255)
cccaCCCGTAATTACTAATTTATCACCTTTATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTg < 2:783503/137‑1 (MQ=255)
aCTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAGAATCAAATTCAGTTg < 2:506329/140‑1 (MQ=255)
aCTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCGAATTCAGTTg < 2:305884/140‑1 (MQ=255)
aCTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTAGAAACCTCATATTCAGTTg < 2:506392/140‑1 (MQ=255)
cTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTTAGTTGc > 2:185160/1‑140 (MQ=255)
cTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGc > 1:434311/1‑140 (MQ=255)
aaTTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATACAACTTAGTCATATCCTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGCAAGTCAAATTAAATTGCAAACAACg > 1:889315/1‑140 (MQ=255)
tCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTCTGGGCAATTaa > 1:555309/1‑140 (MQ=255)
cACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATCCTAATTGTATTTCATCATTTTTAATACTTCCTCCAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTaaa < 2:387117/140‑1 (MQ=255)
ccTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAGCt > 1:899947/1‑140 (MQ=255)
ccTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACt > 1:899830/1‑140 (MQ=255)
ccTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACt < 1:459659/140‑1 (MQ=255)
ccTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACt < 1:588786/140‑1 (MQ=255)
cTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACtt > 1:851617/1‑140 (MQ=255)
cTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACtt > 1:29952/1‑140 (MQ=255)
cTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGGCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAACCtt > 2:865904/1‑140 (MQ=255)
gATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTaaa > 2:320372/1‑140 (MQ=255)
gATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGCATGCGCCATTAAACTTaaa > 2:27182/1‑140 (MQ=255)
gATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTATTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTTAACTTaaa > 1:105945/1‑140 (MQ=255)
aaTTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATCCGCACTTAAACTTAAATGt > 2:140420/1‑140 (MQ=255)
aTTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTCAATGtt > 1:690218/1‑140 (MQ=255)
ttttATAAATTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGa < 2:902078/140‑1 (MQ=255)
tgttATAAATTCAATGTATTCATATACTAATTGTATTTCATCATTGTCTATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTACCGCTTGCGGAAAATCAAATTCAGTTCCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGa < 2:655081/138‑1 (MQ=255)
aTTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCg > 2:231775/1‑140 (MQ=255)
aTTCAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCg > 2:933143/1‑140 (MQ=255)
cAACGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTa < 1:354935/140‑1 (MQ=255)
aCGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAAt > 1:905187/1‑140 (MQ=255)
aCGTAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAAt > 2:981045/1‑140 (MQ=255)
gTAGTCATTCTCTAATTGTATTTCATCATTTTAAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCg < 2:122663/140‑1 (MQ=255)
tAGTCATATACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTTCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAACACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCgg < 2:445684/140‑1 (MQ=255)
|
TCTTCATGGCTATTTTAGTTTTAGTTTTATAATGCTTCAAAGTCTAATTTTGATTTAACTTCACTTATGAAATACAGACTACCGGTAATTACTAATGTATCACCTTGATAATTTTTTATAAATTCAACGTAGTCATCTACTAATTGTATTTCATCATTTTCAATACTACCTACAATTTCTTCTTTGCGTAACGCTTTCGGAAAATCAAATTCAGTTGCATAAAACGTATGCGCAATTAAACTTAAATGTTTGACCATCTCGTTAATCGG > USA300TCH1516_ALE/1761753‑1762021
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
