Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A23 F58 I0 R1
|
19 |
25.6 |
590480 |
94.5% |
558003 |
140.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
USA300TCH1516_ALE |
1,646,189 |
G→C |
100% |
A155G (GCA→GGA) |
ypdF ← |
Aminopeptidase YpdF |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,646,189 | 0 | G | C | 100.0%
| 58.9
/ ‑6.5
| 23 | A155G (GCA→GGA) | ypdF | Aminopeptidase YpdF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (9/13); minor base A (0/1); total (9/14) |
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. |
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646052‑1646325
|
ttttATTACTTGCAACATCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCtt < 1:114603/141‑1 (MQ=255)
tcgCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAg < 1:119379/139‑1 (MQ=255)
tGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGt < 1:242331/141‑1 (MQ=255)
gCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGtt > 1:127044/1‑141 (MQ=255)
gCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGtt > 1:75064/1‑141 (MQ=255)
aaCACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTCTAGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTaa < 2:132918/141‑1 (MQ=255)
tgtgGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTACACCTATTACAATCATTTTGCAAT‑TAATGATATCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATTCCCCCTTTTTCAACAGTTAAAatatat > 2:209855/1‑141 (MQ=255)
ctATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTtcatca < 2:90593/141‑1 (MQ=255)
aGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATAAATTCATATGTTTCATCAACAATAtt > 2:236699/1‑141 (MQ=255)
aTGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCCACAATATTAg > 1:150421/1‑141 (MQ=255)
cTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAgctg < 1:288473/141‑1 (MQ=255)
aaTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGATCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATACCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTATATGCttt > 2:44437/1‑141 (MQ=255)
aaTAGTATCGAGTGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCATTTAAAATTTTTTCTATCATTGTTAAATATGTTACACTTAAAATATATTCATATGTTTCAGCAACAATATTAGCTGCttt < 2:210220/141‑1 (MQ=255)
aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTGCTAATTCTACCAAATAGAATTACCTG‑TTTTCCTTTAATTCTTTTACACTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:137601/141‑1 (MQ=255)
aTCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCtttt < 1:168796/141‑1 (MQ=255)
atgatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACACTTAAAATATATTCATATGTTTCCTCAACAATCTTAGATCCTTTTTGAATTcaat > 2:55789/1‑140 (MQ=255)
gatgGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCa < 2:187137/141‑1 (MQ=255)
gTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAAttt > 2:39594/1‑141 (MQ=255)
gCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc < 1:18515/141‑1 (MQ=255)
gCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGtctc < 1:162817/141‑1 (MQ=255)
gCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTa > 1:69910/1‑141 (MQ=255)
aaTTCTTTTTCAGTCATGCCTCCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATg < 1:280701/141‑1 (MQ=255)
gCCTCCTTTTACAACAGGTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACg < 2:206835/141‑1 (MQ=255)
|
TTTTATCACTTGCAACACCATGTGGTAATGCACCTCTATGACCAGATGCTACAATCGTATCGAATGATGGTCCATCTGCTCCTAATTCTAGCATTTTGCTTTCTAAT‑ATTGCCTTTAATTCTTTTTCAGTCATGCCTGCTTTTACAACAGTTAAAATATATTCATATGTTTCATCAACAATATTAGCTGCTTTTTGAATTAAAGCAATTTCGTCAGCATCTTTGACGTCTCTAATTTTATCTACAGTATTAGAAATGCTTATTAATGATATACG > USA300TCH1516_ALE/1646052‑1646325
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
