Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 814,463 T→C I172I (ATT→ATC)  uvrB → excinulease of nucleotide excision repair, DNA damage recognition component

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb814,4630TC100.0% 652.3 / NA 220I172I (ATT→ATC) uvrBexcinulease of nucleotide excision repair, DNA damage recognition component
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/220);  total (0/220)

Only 100 of 220 total aligned reads displayed.

TATCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATTCTGC  >  W3110S.gb/814407‑814467
                                                        |    
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCATGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:604164/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGTTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:207766/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:502076/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:609631/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:595809/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:579573/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:576587/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:571629/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:560743/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:553197/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:543704/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:534187/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:533326/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:521047/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:619201/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:471843/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:446638/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:426722/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:411523/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:39449/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:382322/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:366542/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:356986/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:350770/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1004373/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:775038/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:992749/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:972311/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:953960/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:929544/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:915326/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:896797/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:888324/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:877101/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:864386/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:837712/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:808734/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:784294/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:341448/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:768352/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:761947/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:731748/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:723907/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:707013/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:700896/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:696226/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:685428/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:669259/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:655607/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:625845/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1204489/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1452478/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1443337/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1412862/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1392214/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1348151/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1319618/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1291670/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1278657/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1243636/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1232432/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1209606/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:309039/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:119791/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1192525/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1152110/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1134240/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1116847/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1084533/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1051841/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1029917/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1023632/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1011181/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1593934/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:31896/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:275606/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:254701/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:251241/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:241177/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:235014/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:210422/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:171310/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1624956/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1605257/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1459034/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1583429/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1553018/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1532330/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1526491/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:150796/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1504374/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1485934/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1475693/61‑1 (MQ=255)
tatCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1470990/61‑1 (MQ=255)
 atCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1349981/60‑1 (MQ=255)
 atCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1036881/60‑1 (MQ=255)
 atCTCAAGATGACGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:1183732/60‑1 (MQ=255)
         atgatgCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCTATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:710360/52‑1 (MQ=255)
           gatgCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:649810/50‑1 (MQ=255)
                  cATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATCCTgc  <  1:191930/43‑1 (MQ=255)
                                                        |    
TATCTCAAGATGATGCTCCATCTCACGGTCGGTATGATTATCGATCAGCGCGCGATTCTGC  >  W3110S.gb/814407‑814467

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A