Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,847,409 (AC)3→4 coding (1266/1962 nt) topB ← DNA topoisomerase III

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,847,4031.A100.0% 218.6 / NA 77V424? (GTT→GTN) topBDNA topoisomerase III
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base A (0/77);  total (0/77)
*W3110S.gb1,847,4032.C100.0% 222.7 / NA 77V424V (GTT→GTG) topBDNA topoisomerase III
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base . (0/0);  new base C (0/77);  total (0/77)

GCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATA‑‑ACACACTTGCGGAACACCGCATC  >  W3110S.gb/1847368‑1847426
                                    ||                       
gCGACAAATTTGCCTTTTGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:974234/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACCCCGCATc  <  1:1537501/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:619440/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:686832/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:686493/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:681512/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:664/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:658286/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:640685/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:636093/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:632247/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:68885/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:596487/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:588634/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:577493/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:559620/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:46183/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:435726/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:435019/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1017852/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:830438/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:994837/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:976724/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:961297/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:958398/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:901468/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:889871/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:884007/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:836848/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:406982/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:808964/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:790154/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:768754/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:767625/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:76077/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:739521/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:69279/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:69276/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1284507/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:400285/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:145868/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1454779/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1452427/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1432320/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1418068/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1399752/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1370054/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1289935/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:146180/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1271375/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1268266/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1263945/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:116472/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1102003/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1094908/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1094350/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1027672/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1509130/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:364481/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:350901/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:333634/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:32347/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:311643/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:288781/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:286362/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:262715/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:256980/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:227141/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:220809/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1613590/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1611572/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1550591/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1550420/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:1470963/61‑1 (MQ=255)
gCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCACATc  <  1:879564/61‑1 (MQ=255)
 cGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:948169/60‑1 (MQ=255)
                          cAGTTCGATAACACACACTTGCGGAACACCGCATc  <  1:440760/35‑1 (MQ=21)
                                    ||                       
GCGACAAATTTGCCTTTGGCAATGTCCAGTTCGATA‑‑ACACACTTGCGGAACACCGCATC  >  W3110S.gb/1847368‑1847426

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A