Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,145,967 C→A R189R (CGG→AGG)  yegE → predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,145,9670CA100.0% 720.6 / NA 246R189R (CGG→AGG) yegEpredicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (0/246);  total (0/246)

Only 100 of 246 total aligned reads displayed.

ACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTT  >  W3110S.gb/2145962‑2146023
     |                                                        
aCCCAAGGTTTCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1613358/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTTACGTTAAGCTGGCtt  <  1:187527/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:47374/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:638771/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:63358/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:615321/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:586350/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:58034/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:548248/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:537471/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:523310/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:515478/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:489376/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:488012/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:643693/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:458918/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:417515/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:405913/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:911635/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:368957/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:351142/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:29412/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:280522/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:79591/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:862055/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:885361/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:854080/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:852033/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:830362/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:82495/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:821292/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:81894/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:812932/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:804591/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:274581/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:788443/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:773729/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:762263/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:887612/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:704914/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:893921/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:678662/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:67657/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:661633/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:647912/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1159714/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1375337/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1328834/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1309203/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1278706/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1265144/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1243642/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:123132/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1213735/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1198399/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1193354/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:983110/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:990851/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1115656/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1084852/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1077463/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:100218/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1028459/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1020591/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1013027/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1008410/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1552414/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:247625/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:925506/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:205597/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:201724/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1627865/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1625813/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1600271/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1579806/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1569614/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1563421/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1411865/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1531080/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:946045/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1491817/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:959743/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1455262/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1425128/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGAtt  <  1:622169/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGAAGTTAAGCTGGCtt  <  1:1354178/62‑1 (MQ=255)
aCCCAAGGTTGCTTTTTGAGTCGATGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1458553/62‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:915113/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:993759/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:858478/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:752147/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:687503/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:373257/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:303539/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:229914/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1509569/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1482006/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1409189/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1130164/61‑1 (MQ=255)
 cccAAGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACGCTGACGTTAAGCTGGCtt  <  1:1066161/61‑1 (MQ=255)
     |                                                        
ACCCACGGTTGCTTTTTGAGTCGCTGCTCACGTTAGCCATCACACTGACGTTAAGCTGGCTT  >  W3110S.gb/2145962‑2146023

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A