Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I3 R2 489 0.0 1652083 58.3% 963164 55.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,167,349 Δ1 bp coding (24/333 nt) yegP → hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,167,3490T.100.0% 320.8 / NA 75coding (24/333 nt)yegPhypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base . (75/0);  total (75/0)

CTGGTTGGTTTGAACTCAGTAAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGC  >  W3110S.gb/2167330‑2167391
                   |                                          
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCGGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1177886/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCgg                    >  1:1254376/1‑43 (MQ=39)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCt            >  1:1214274/1‑51 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTaaa         >  1:1099142/1‑54 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCgg    >  1:698224/1‑59 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:513698/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:655901/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:65504/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:629599/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:624351/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:597810/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:585373/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:565081/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:703932/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:486460/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:45942/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:419945/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:418552/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:417988/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:390382/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:389317/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:363487/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:778195/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:9950/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:982627/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:976275/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:887555/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:85238/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:816291/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:80327/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:781114/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:656590/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:768207/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:764784/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:750983/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:739390/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:710010/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:307041/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:691521/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:118053/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:322177/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1318600/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1291534/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1264453/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1255744/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1248105/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1231626/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1224134/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1344720/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1178891/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1157751/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:11552/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1115966/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1086391/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1079873/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1047431/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1040969/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1600301/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1014460/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:269533/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:255075/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:200396/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1629364/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1625679/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1348731/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1596656/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1569258/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1557748/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1502159/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1446121/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:138934/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:136855/1‑61 (MQ=255)
cTGGTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTGCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGc  >  1:1565301/1‑61 (MQ=255)
cTGCTTGGTTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATCAGTTcc                      >  1:794279/1‑41 (MQ=38)
atggttggtTTGAACTCAG‑AAGAGCAGTGATAATc                            >  1:484783/2‑35 (MQ=255)
                   |                                          
CTGGTTGGTTTGAACTCAGTAAGAGCAGTGATAATCAGTTCCGGTTTGTGCTAAAAGCGGGC  >  W3110S.gb/2167330‑2167391

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A