Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A5 F28 I1 R1 826 0.0 88706 74.7% 66263 57.1

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,219,259 A→G G184G (GGT→GGC)  yehW ← predicted transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,219,2590AG100.0% 158.7 / NA 85G184G (GGT→GGC) yehWpredicted transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (85/0);  total (85/0)

TGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTACCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCG  >  W3110S.gb/2219225‑2219285
                                  |                          
tgttGGCCCCTACCGTTGCGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:86811/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTc   >  1:6959/4‑60 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTc   >  1:5178/4‑60 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTc   >  1:14392/4‑60 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:55696/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:66377/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:66273/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:65368/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:64410/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:62808/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:60584/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:60328/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:59581/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:5946/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:57694/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:49550/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:55127/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:53315/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:53306/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:51963/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:51604/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:50396/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:48195/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:79872/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:9779/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:941/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:88098/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:87520/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:83064/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:83038/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:82775/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:82271/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:82154/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:67087/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:78740/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:77480/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:76621/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:75235/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:74747/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:73255/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:72963/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:70919/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:68197/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:21565/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:4938/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:31568/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:3122/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:30608/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:29506/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:29008/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:26031/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:24330/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:2312/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:22818/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:32021/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:20474/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:19844/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:19037/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:14465/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:13054/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:12544/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:12250/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:11839/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:11782/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:40443/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:11370/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:48096/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:480/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:47134/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:4679/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:46375/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:43908/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:42956/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:42296/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:41677/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:3205/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:40406/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:40169/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:38408/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:35873/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:35475/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:35089/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:33584/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCg  >  1:32432/4‑61 (MQ=255)
tgttGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTGCCAATGTTGATAATCACCGAAGCTCg  >  1:29822/4‑61 (MQ=255)
                                  |                          
TGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGATCGTCGCCGTACCAATGTTGATAATCACCGAAGTTCG  >  W3110S.gb/2219225‑2219285

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A