Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I1 R2 57 53.4 717274 8.4% 60251 54.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,822,090 G→A I112I (ATC→ATT)  recA ← DNA strand exchange and recombination protein with protease and nuclease activity

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,822,0900GA100.0% 873.3 / NA 346I112I (ATC→ATT) recADNA strand exchange and recombination protein with protease and nuclease activity
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/346);  total (0/346)

Only 100 of 346 total aligned reads displayed.

AGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACG  >  W3110S.gb/2822038‑2822099
                                                    |         
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGCCg  <  1:204403/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:509561/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:570369/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:567595/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:560507/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:557502/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:551997/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:546058/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:541291/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:536729/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:527856/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:522599/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:51421/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:589352/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:504167/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:497250/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:494128/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:484247/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:478965/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:47219/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:468171/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:448203/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:442793/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:430396/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:10330/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:671802/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:97193/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:94389/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:91285/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:81723/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:79571/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:712532/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:701213/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:695748/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:688817/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:685816/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:675367/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:578142/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:66600/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:661179/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:651723/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:644996/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:635622/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:632819/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:627642/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:621578/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:611976/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:594650/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:42606/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:178399/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:263774/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:420213/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:255160/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:251941/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:248361/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:241192/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:238071/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:219130/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:213382/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:19613/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:190005/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:259316/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:176545/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:167283/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:165629/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:158788/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:156315/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:153743/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:149867/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:142978/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:13642/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:125221/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:120113/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:339117/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:413722/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:408287/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:403937/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:396307/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:39170/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:372560/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:363770/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:35609/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:34705/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:343675/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:270246/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:333507/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:321130/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:306639/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:297258/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:291794/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:284642/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:275072/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCAAAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:328724/62‑1 (MQ=255)
aGATTTCCAGTGCCTGCTCCCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:600313/62‑1 (MQ=255)
 gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:208962/61‑1 (MQ=255)
 gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:182202/61‑1 (MQ=255)
 gATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:452816/61‑1 (MQ=255)
  aTTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:314263/60‑1 (MQ=255)
  aTTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:616333/60‑1 (MQ=255)
  aTTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTATCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCAATATCGACg  <  1:384658/60‑1 (MQ=255)
                                                    |         
AGATTTCCAGTGCCTGCTCGCCGGTGTCCGGCTGGGAGCACAGCAGGTTGTCGATATCGACG  >  W3110S.gb/2822038‑2822099

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A