Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F28 I3 R2
|
52 |
92.4 |
4932871 |
87.1% |
4296530 |
63.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,833,578 |
T→C |
L107L (CTT→CTC) |
ygbL → |
predicted class II aldolase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,833,578 | 0 | T | C | 100.0%
| 387.3
/ NA
| 102 | L107L (CTT→CTC) | ygbL | predicted class II aldolase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base C (47/55); total (47/55) |
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
CGCTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGA > minE/1833511‑1833645
|
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:95803/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:2843231/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:302802/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:3175627/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:253744/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:3746341/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:421747/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:234262/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:4419067/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:2237629/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:2223231/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:2134656/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:4566267/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:1300038/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:684066/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:4923900/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:896044/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:4768379/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGGGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcc < 1:4882155/71‑1 (MQ=255)
tATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcctgcct > 1:2559962/1‑71 (MQ=255)
tATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcctgcct > 1:1293452/1‑71 (MQ=255)
tATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcctgcct > 1:4694151/1‑71 (MQ=255)
tATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcctgcct > 1:4587064/1‑71 (MQ=255)
aTCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTcctgcctg > 1:4640100/1‑71 (MQ=255)
tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCctgcctgc < 1:2628625/71‑1 (MQ=255)
tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCctgcctgc < 1:4127756/71‑1 (MQ=255)
tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCctgcctgc < 1:3200682/71‑1 (MQ=255)
tCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCctgcctgc < 1:1663412/71‑1 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:2892444/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:3074085/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:821117/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:1162056/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:2725791/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:3312876/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:3917881/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:614369/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:4816768/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:4549937/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:456267/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:4643801/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:4649642/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:1399993/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:1558441/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:2532007/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:2565697/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:2581932/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:1643763/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:2594092/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:1381996/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:11711/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:2653794/1‑70 (MQ=255)
tCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTG‑ATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTg > 1:2781521/1‑69 (MQ=255)
cgcTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcag < 1:2131422/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcag < 1:2728862/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcag < 1:4063156/71‑1 (MQ=255)
cgcTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcag < 1:1501141/71‑1 (MQ=255)
gcTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcag < 1:804026/70‑1 (MQ=255)
tAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACagcagc > 1:1191678/1‑70 (MQ=255)
tggtgCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTAtt < 1:3218420/71‑1 (MQ=255)
gtgCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTc < 1:3222435/70‑1 (MQ=255)
gtgCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTc < 1:2528871/70‑1 (MQ=255)
gtgCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTc < 1:4553983/70‑1 (MQ=255)
gCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTc > 1:2988715/1‑71 (MQ=255)
cATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGAcag < 1:3318918/53‑1 (MQ=255)
cATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTc < 1:2216320/70‑1 (MQ=255)
cATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTc < 1:2593934/70‑1 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:14668/1‑70 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:589640/1‑70 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:1767081/1‑70 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:1015326/1‑70 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:4337006/1‑70 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:243195/1‑70 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:3124488/1‑70 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:3118938/1‑70 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGtt > 1:2370299/1‑70 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGt > 1:2634318/1‑69 (MQ=255)
tGCACAGCACATGGACGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGtt > 1:4410681/1‑59 (MQ=255)
cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:3277795/71‑1 (MQ=255)
cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:1621756/71‑1 (MQ=255)
cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:2374591/71‑1 (MQ=255)
cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:4639385/71‑1 (MQ=255)
cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:794852/71‑1 (MQ=255)
cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:4295069/71‑1 (MQ=255)
cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:2744492/71‑1 (MQ=255)
cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:4298061/71‑1 (MQ=255)
cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:2670718/71‑1 (MQ=255)
cagcacaTGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCacac < 1:914289/71‑1 (MQ=255)
tGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgt < 1:400337/71‑1 (MQ=255)
tGGTCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGAGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgt < 1:2635195/71‑1 (MQ=255)
tCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgtggt < 1:2308228/71‑1 (MQ=255)
tCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgtggt < 1:1678636/71‑1 (MQ=255)
tCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgtggt < 1:1822275/71‑1 (MQ=255)
tCGACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgtggt < 1:4557757/71‑1 (MQ=255)
gACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACgtggtg < 1:926475/70‑1 (MQ=255)
gACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGa < 1:1797017/71‑1 (MQ=255)
gACGGCGCTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGa < 1:4546274/71‑1 (MQ=255)
gcTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGa > 1:4853236/1‑71 (MQ=255)
gcTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGa > 1:1776894/1‑71 (MQ=255)
gcTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGa > 1:2805856/1‑71 (MQ=255)
gcTCTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGa > 1:271270/1‑71 (MQ=255)
|
CGCTGTATCGCAACAATCCGCGCTGTAAAGCGGTGGTGCATTTGCACAGCACATGGTCGACGGCGCTTTCCTGCCTGCAAGGGCTGGACAGCAGCAACGTTATTCGTCCGTTCACACCATACGTGGTGATGCGGA > minE/1833511‑1833645
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
