Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F28 I3 R2
|
52 |
92.4 |
4932871 |
87.1% |
4296530 |
63.5 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,366,284 |
A→G |
I390T (ATC→ACC) |
pepQ ← |
proline dipeptidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,366,284 | 0 | A | G | 88.4%
| 275.6
/ 22.4
| 95 | I390T (ATC→ACC) | pepQ | proline dipeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/11); new base G (45/39); total (45/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
TCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCA > minE/2366218‑2366347
|
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCGCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:3280064/1‑69 (MQ=255)
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:2485104/1‑69 (MQ=255)
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:4916017/1‑69 (MQ=255)
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:3177124/1‑69 (MQ=255)
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:2910130/1‑69 (MQ=255)
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:3937769/1‑69 (MQ=255)
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:2566348/1‑69 (MQ=255)
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:403893/1‑69 (MQ=255)
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:1333115/1‑69 (MQ=255)
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:1246871/1‑69 (MQ=255)
tCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTg > 1:415126/1‑69 (MQ=255)
aaTTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGa < 1:4892894/68‑1 (MQ=255)
aTTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTa < 1:2585327/71‑1 (MQ=255)
aTTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTa < 1:2905715/71‑1 (MQ=255)
aTTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTa < 1:2307050/71‑1 (MQ=255)
aTTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTa < 1:2466684/71‑1 (MQ=255)
aTTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTa < 1:417173/71‑1 (MQ=255)
aTTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTa < 1:402001/71‑1 (MQ=255)
aTTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTa < 1:1372391/71‑1 (MQ=255)
aTTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTACTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTa < 1:3741900/71‑1 (MQ=255)
ttCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGa > 1:1511779/1‑70 (MQ=255)
cAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCgg > 1:4827383/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGt > 1:4826230/1‑60 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:3661861/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:4626643/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:3773317/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:3827440/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:4099724/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:2985545/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:2390205/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:906926/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:685017/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:1486622/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:2395788/1‑71 (MQ=255)
aGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGt > 1:4870988/1‑71 (MQ=255)
ttGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTc < 1:481067/71‑1 (MQ=255)
ttGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTc < 1:3354146/71‑1 (MQ=255)
ttGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTc < 1:4075671/71‑1 (MQ=255)
tGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGtt > 1:3078581/1‑69 (MQ=255)
tGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTc > 1:3753571/1‑70 (MQ=255)
tGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTc > 1:1947317/1‑70 (MQ=255)
tGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTc > 1:844617/1‑70 (MQ=255)
tGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTc > 1:2195454/1‑70 (MQ=255)
tGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTc > 1:3084351/1‑70 (MQ=255)
aaGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGAt < 1:3350485/71‑1 (MQ=255)
aaGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGAt < 1:3627876/71‑1 (MQ=255)
aaGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGAt < 1:3659786/71‑1 (MQ=255)
aaGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGAt < 1:3786111/71‑1 (MQ=255)
gcttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGt > 1:1644877/1‑70 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCAGGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:4174774/70‑1 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt > 1:1114684/1‑70 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:4111930/70‑1 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:4115064/70‑1 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:4286499/70‑1 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:3859707/70‑1 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:4589898/70‑1 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:2323679/70‑1 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt > 1:3503898/1‑70 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:1716406/70‑1 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:3240743/70‑1 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:461663/70‑1 (MQ=255)
cttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt > 1:3126059/1‑70 (MQ=255)
ttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGTAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:2694935/69‑1 (MQ=255)
ttgctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:443597/69‑1 (MQ=255)
gctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGtt > 1:151557/1‑59 (MQ=255)
gctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGtt > 1:2199224/1‑59 (MQ=255)
gctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGtt > 1:4015552/1‑59 (MQ=255)
gctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGtt > 1:4881219/1‑59 (MQ=255)
gctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTaa < 1:3450879/69‑1 (MQ=255)
gctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTaa < 1:1053222/69‑1 (MQ=255)
gctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTaa < 1:1794141/69‑1 (MQ=255)
gctGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTaa < 1:282246/69‑1 (MQ=255)
aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:985621/49‑1 (MQ=255)
aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:4509445/49‑1 (MQ=255)
aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:3853191/49‑1 (MQ=255)
aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:1049576/49‑1 (MQ=255)
aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:1340958/49‑1 (MQ=255)
aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:2936077/49‑1 (MQ=255)
aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:4127410/49‑1 (MQ=255)
aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:2479673/49‑1 (MQ=255)
aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:2180944/49‑1 (MQ=255)
aaCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:1854902/49‑1 (MQ=255)
aCTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATAc < 1:545577/48‑1 (MQ=255)
cTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACTCCATGc < 1:3722671/71‑1 (MQ=255)
cTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGc < 1:3973417/71‑1 (MQ=255)
cTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGc < 1:3143928/71‑1 (MQ=255)
cTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGc < 1:4790358/71‑1 (MQ=255)
gCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAac > 1:3840530/1‑62 (MQ=255)
gCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGccc > 1:2115653/1‑71 (MQ=255)
gCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGcc > 1:2492129/1‑70 (MQ=255)
cGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGgag < 1:4749096/71‑1 (MQ=255)
ggTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATg > 1:1393959/1‑54 (MQ=255)
ggTGCCAGTAGCGATTCGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACg > 1:1030945/1‑71 (MQ=255)
tAGCGATACGGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGtt < 1:3166353/37‑1 (MQ=37)
cGATTCTGTGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCa < 1:2351084/71‑1 (MQ=255)
|
TCAATTTTCTGCCAGTTGAAGTGCTTGCTGAACTGCCCTTCACGCCACGGTGCCAGTAGCGATTCGATGAAGTAGATACCCGGTTCGATGGTTAACACCATGCCCGGCTGGAGAATACGGGTGCAGCGCA > minE/2366218‑2366347
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
