Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I2 R1 60 60.8 348784 8.9% 31041 54.3

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 1,394,040 A→T A112A (GCA→GCT)  ycjZ → predicted DNA‑binding transcriptional regulator

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb1,394,0400AT100.0% 642.1 / NA 296A112A (GCA→GCT) ycjZpredicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/296);  total (0/296)

Only 100 of 296 total aligned reads displayed.

GAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCAATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTG  >  W3110S.gb/1394008‑1394068
                                |                            
gAACATGCAGCAAAAACGATGTTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:81045/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:296479/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:327785/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:324556/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:32289/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:318776/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:317480/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:315984/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:310731/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:309385/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:306501/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:302551/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:298613/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:297811/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:333900/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:292984/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:285114/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:279455/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:278571/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:274416/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:272209/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:267226/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:10035/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:263480/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:260604/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:67204/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:9873/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:9528/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:91843/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:88889/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:8672/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:78785/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:77158/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:74002/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:72715/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:70814/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:6899/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:266123/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:66319/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:610/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:54266/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:5003/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:46266/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:44651/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:42130/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:4167/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:36457/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:33755/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:133053/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:173807/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:170163/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:16791/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:253689/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:156754/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:148796/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:147972/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:146412/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:144321/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:138011/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:159339/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:126658/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:122512/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:120311/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:118825/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:115192/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:114829/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:110301/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:106403/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:102380/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:101510/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:213031/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:245354/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:240391/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:234768/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:230460/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:225855/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:221584/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:220236/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:21916/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:216207/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:174554/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:178706/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:184994/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:207813/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:203869/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:201544/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:196722/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:187028/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:190103/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:194167/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCCGAAATCGCATCCTg  <  1:62738/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCCGAAATCGCATCCTg  <  1:130841/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCCGAAATCGCATCCTg  <  1:153564/61‑1 (MQ=255)
gAACATGCAGCAAAAACGAAATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:142503/61‑1 (MQ=255)
 aaCATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:116054/60‑1 (MQ=255)
 aaCATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:210843/60‑1 (MQ=255)
 aaCATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:56863/60‑1 (MQ=255)
 aaCATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCCGAAATCGCATCCTg  <  1:75887/60‑1 (MQ=255)
              aaCGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:269205/47‑1 (MQ=255)
              aaCGATATTGTTACCAGCTATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTg  <  1:93135/47‑1 (MQ=255)
                                |                            
GAACATGCAGCAAAAACGATATTGTTACCAGCAATGCGCACATTCCTGAAATCGCATCCTG  >  W3110S.gb/1394008‑1394068

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A