Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I3 R2 56 7.9 54550 14.3% 7800 51.3

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,681,224 C→A A60S (GCG→TCG)  yphG ← conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,681,2240CA100.0% 145.1 / NA 72A60S (GCG→TCG) yphGconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base A (0/72);  total (0/72)

AGCCACACCGCCTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGT  >  W3110S.gb/2681214‑2681274
          |                                                  
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:4104/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:42890/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:4279/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:42710/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:4269/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:42210/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:42161/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:41734/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:41388/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:43477/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:40753/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:39935/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:39704/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:3884/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:38510/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:37648/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:37415/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:10125/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:50625/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:9892/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:9396/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:9157/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:9082/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:8903/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:6104/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:53175/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:50994/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:36810/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:48446/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:47509/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:46795/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:46448/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:46361/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:44675/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:43613/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:43544/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:18771/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:3655/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:23871/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:22806/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:22223/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:2147/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:21200/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:20637/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:20432/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:24597/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:16611/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:16481/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:16101/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:1584/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:15566/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:13841/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:11854/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:11027/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:30601/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:36375/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:34375/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:34232/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:32835/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:32644/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:31711/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:31113/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:25159/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:29863/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:29784/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:2892/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:28355/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:27886/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:26076/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:25618/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGGCACGCCGt  <  1:30576/61‑1 (MQ=255)
aGCCACACCGACTGCCAGGATTTCAGGGGTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGt  <  1:7899/61‑1 (MQ=255)
          |                                                  
AGCCACACCGCCTGCCAGGATTTCAGGGTTTTCTGCTCGCTCAGCGTATCGGTCACGCCGT  >  W3110S.gb/2681214‑2681274

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A