Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A3 F28 I2 R2 38 6089.5 1044078 7.4% 77261 54.8

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,517,361 G→A S264S (TCC→TCT)  mntH ← manganese/divalent cation transporter

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,517,3610GA99.0% 480.6 / ‑5.6 203S264S (TCC→TCT) mntHmanganese/divalent cation transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/2);  new base A (0/200);  total (0/203)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01

Only 100 of 203 total aligned reads displayed.

ACACCAGTATGACCGGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAG  >  W3110S.gb/2517347‑2517383
              |                      
acacCAGTATGACCAGAAAGGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:1019941/37‑1 (MQ=38)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:590747/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:699007/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:695954/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:687438/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:679465/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:660459/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:65639/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:642683/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:629155/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:625426/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:619634/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:607757/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:603583/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:709715/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:582376/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:577032/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:566522/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:56249/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:558880/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:553544/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:544479/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:540030/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:1002781/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:510834/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:816661/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:991044/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:976996/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:966680/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:947175/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:945192/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:932199/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:909603/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:891052/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:886606/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:85484/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:846751/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:522121/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:806358/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:797675/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:780639/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:772346/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:760256/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:750810/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:748790/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:743845/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:729835/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:714240/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:218502/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:312450/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:306052/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:505879/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:298738/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:292728/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:284484/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:272274/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:254592/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:241209/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:230768/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:227886/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:300304/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:203528/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:190759/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:184263/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:178271/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:129014/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:119478/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:1037605/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:1033112/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:1025123/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:1011205/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:1006208/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:329567/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:485958/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:479842/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:468251/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:467120/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:461256/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:4498/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:44898/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:444709/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:441012/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:434201/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:42968/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:425977/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:42286/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:412033/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:404216/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:381224/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:362095/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:350806/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:333814/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:319124/37‑1 (MQ=255)
acacCAGTATGACCAGAAAAGGGGAACGCCGCCGCAg  <  1:526901/37‑1 (MQ=38)
acacCAGTATGAACAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:807752/37‑1 (MQ=38)
 cacCAGTATGACCGGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:728304/36‑1 (MQ=255)
 cacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:767142/36‑1 (MQ=255)
 cacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:387616/36‑1 (MQ=255)
 cacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:164675/36‑1 (MQ=255)
 cacCAGTATGACCAGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAg  <  1:940154/36‑1 (MQ=255)
              |                      
ACACCAGTATGACCGGAAAAGTGGAACGCCGCCGCAG  >  W3110S.gb/2517347‑2517383

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A