Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F17 I0 R1
|
56 |
60.7 |
4808188 |
97.1% |
4668750 |
60.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
2,058,034 |
C→T |
25.3% |
G279G (GGC→GGT) |
amn → |
AMP nucleosidase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 2,058,034 | 0 | C | T | 25.3%
| 134.9
/ 46.0
| 71 | G279G (GGC→GGT) | amn | AMP nucleosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base T (12/6); total (38/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 |
AAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGA > W3110S.gb/2057964‑2058104
|
aaaaaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGc < 1:1443783/71‑1 (MQ=255)
aaaaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACAGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGATTATTGGCg > 1:3318928/1‑71 (MQ=255)
aaaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGt < 1:3063030/71‑1 (MQ=255)
aaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGGCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGtgtg > 1:1479677/1‑71 (MQ=255)
aaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGtgtg > 1:483108/1‑71 (MQ=255)
aaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTg > 1:2318592/1‑71 (MQ=255)
aaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTg > 1:2457610/1‑71 (MQ=255)
aTCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGa < 1:4083266/71‑1 (MQ=255)
tGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:3015253/71‑1 (MQ=255)
tGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:966811/71‑1 (MQ=255)
tGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:2438761/71‑1 (MQ=255)
gCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa > 1:1116789/1‑70 (MQ=255)
ccAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCaa < 1:1185249/70‑1 (MQ=255)
cATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGc > 1:4261054/1‑70 (MQ=255)
aTGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATg > 1:134861/1‑68 (MQ=255)
aTGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTa < 1:3909651/71‑1 (MQ=255)
aTGGCAATTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATg > 1:1469/1‑68 (MQ=255)
aTTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAAcc < 1:3348787/71‑1 (MQ=255)
tttAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:3412218/58‑1 (MQ=255)
tttAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAAcc < 1:2135779/70‑1 (MQ=255)
tttAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAAcc < 1:1200807/70‑1 (MQ=255)
tttAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAAcc < 1:4477504/70‑1 (MQ=255)
ttAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCAt > 1:4014228/1‑71 (MQ=255)
tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCAt > 1:3193735/1‑70 (MQ=255)
tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc > 1:935461/1‑71 (MQ=255)
aaTTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGa > 1:2829666/1‑49 (MQ=255)
ttACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGgtgt < 1:2598135/43‑1 (MQ=255)
aCCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGAcc > 1:853794/1‑47 (MQ=255)
aCCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGAcc > 1:513991/1‑47 (MQ=255)
ccgccgATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCaa > 1:612801/1‑51 (MQ=255)
cgccgATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:1126525/49‑1 (MQ=255)
tccgATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGt < 1:1402436/37‑1 (MQ=255)
gccgATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc > 1:4197616/1‑63 (MQ=255)
ccgATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:3506426/47‑1 (MQ=255)
ccgATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGatcat > 1:1279470/1‑71 (MQ=255)
ccgATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTCGCGTGGGACCGTCa < 1:4354843/47‑1 (MQ=255)
aTGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTg > 1:4292369/1‑71 (MQ=255)
tGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTc > 1:4539443/1‑42 (MQ=255)
tGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTgg < 1:1521439/71‑1 (MQ=255)
tGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTgg < 1:4432920/71‑1 (MQ=255)
ggTCTGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTgg > 1:816491/1‑70 (MQ=255)
ggTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTgg > 1:4477531/1‑70 (MQ=255)
aGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGa > 1:3804945/1‑58 (MQ=255)
aGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAg > 1:2952967/1‑69 (MQ=255)
aGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTg > 1:3552910/1‑71 (MQ=255)
aGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTg > 1:1547278/1‑71 (MQ=255)
gTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCa < 1:4461521/35‑1 (MQ=255)
aTTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCt < 1:768599/68‑1 (MQ=255)
aTTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTAc > 1:1783065/1‑70 (MQ=255)
ttACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCt < 1:3825521/67‑1 (MQ=255)
aCTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCa > 1:469781/1‑60 (MQ=255)
aCTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCa > 1:4592455/1‑60 (MQ=255)
aCTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGccc > 1:2291553/1‑71 (MQ=255)
aCTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGccc > 1:1073464/1‑71 (MQ=255)
tGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc < 1:3442248/41‑1 (MQ=255)
tGGTGAATATTGGCGTGCGACCGTCAAATGCTAAAAcc < 1:2274093/38‑1 (MQ=255)
gTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTa < 1:2864481/60‑1 (MQ=255)
gTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGAt < 1:2620619/69‑1 (MQ=255)
tGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGt < 1:645639/70‑1 (MQ=255)
gAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGatcatc > 1:4606207/1‑47 (MQ=255)
gAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGat > 1:3389217/1‑43 (MQ=255)
gAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCt > 1:2188762/1‑71 (MQ=255)
aaTATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCt > 1:580537/1‑70 (MQ=255)
aaTATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc > 1:53269/1‑36 (MQ=255)
atatTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTgg < 1:3294394/71‑1 (MQ=255)
tatTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTg > 1:3461358/1‑69 (MQ=255)
ttGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGtt > 1:2308588/1‑70 (MQ=255)
ttGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGtt > 1:2661612/1‑70 (MQ=255)
ttGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGc < 1:3453274/46‑1 (MQ=255)
ttGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGc < 1:1103859/46‑1 (MQ=255)
tGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGat > 1:4131540/1‑37 (MQ=255)
tGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTgg < 1:2985335/44‑1 (MQ=255)
tGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTgg < 1:2931449/44‑1 (MQ=255)
tGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTgg < 1:3804194/44‑1 (MQ=255)
gCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTtgat < 1:3310428/70‑1 (MQ=255)
cGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGTCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTtgatga < 1:1781907/71‑1 (MQ=255)
|
AAAAACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTTGATGA > W3110S.gb/2057964‑2058104
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
