Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R1 178 99.0 1887089 95.3% 1798395 63.2

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,014,480 G→A L289L (CTG→CTA)  yhhJ → predicted transporter subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,014,4800GA100.0% 282.9 / NA 76L289L (CTG→CTA) yhhJpredicted transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (76/0);  total (76/0)

GCCGCAACTGGGGCTGCTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCA  >  W3110S.gb/4014465‑4014529
               |                                                 
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCt                         >  1:1012375/1‑42 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAGATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:897192/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:1820582/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:994925/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:951684/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:780549/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:466781/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:1858989/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:1765550/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:1622179/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:1414092/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:1413462/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:1118001/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTcc   >  1:1097642/1‑64 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:692289/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:204518/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:212870/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:297931/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:360889/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:374508/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:497651/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:51910/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:52440/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:598493/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:611007/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:639687/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:643060/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:69047/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:20125/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:71202/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:717834/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:73447/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1080655/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:825410/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:825845/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:83664/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:881401/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1070323/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:898243/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:928178/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:941803/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:953089/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:98153/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:101079/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1524768/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1279107/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1311447/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1334158/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1366412/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1384120/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1397251/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1404430/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1214487/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1210472/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1432054/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1435279/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1452928/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1502014/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1252023/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1583671/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1846579/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1832260/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1008360/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1784979/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1159905/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:175371/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1716154/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1692390/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1676552/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1184820/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1562872/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTACGGTGGTTc    >  1:1655507/1‑63 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGAAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:199160/1‑65 (MQ=39)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCAGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1036684/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTCTGGTGCTACTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:1344623/1‑65 (MQ=255)
gCCGCAACTGGGGCTACTGGTGATTATGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCa  >  1:188000/1‑65 (MQ=255)
               |                                                 
GCCGCAACTGGGGCTGCTGGTGATTCTGGTGCTGCTGCCGCTGCAAATGCTTTCCGGTGGTTCCA  >  W3110S.gb/4014465‑4014529

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A