Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F17 I0 R2
|
276 |
45.3 |
3729697 |
93.0% |
3468618 |
60.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,025,948 |
A→G |
26.8% |
I268T (ATC→ACC) |
nikA ← |
nickel transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,025,948 | 0 | A | G | 26.8%
| 62.5
/ 27.4
| 41 | I268T (ATC→ACC) | nikA | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (10/20); new base G (7/4); total (17/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.51e-01 |
GCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGT > W3110S.gb/4025894‑4026013
|
gCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGt > 1:3100713/1‑69 (MQ=255)
aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg > 1:1961464/1‑65 (MQ=255)
aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg > 1:1466433/1‑65 (MQ=255)
aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg > 1:3662880/1‑65 (MQ=255)
aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAg > 1:1585854/1‑65 (MQ=255)
aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTgg < 1:402949/69‑1 (MQ=255)
ggCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCgg < 1:2889334/69‑1 (MQ=255)
ggCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCgg < 1:3158412/69‑1 (MQ=255)
ggCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCgg < 1:3210587/69‑1 (MQ=255)
gCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGa < 1:1826627/69‑1 (MQ=255)
cTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGAt < 1:2770791/69‑1 (MQ=255)
ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt > 1:3238643/1‑56 (MQ=255)
ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt < 1:263911/56‑1 (MQ=255)
ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt < 1:1675695/56‑1 (MQ=255)
ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt < 1:2447845/56‑1 (MQ=255)
ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt > 1:3709817/1‑56 (MQ=255)
ggCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt < 1:2236021/56‑1 (MQ=255)
aTTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGtgtg < 1:496792/48‑1 (MQ=255)
aTTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGtgtg < 1:3389905/48‑1 (MQ=255)
ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa > 1:1686390/1‑67 (MQ=255)
ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa > 1:1664727/1‑67 (MQ=255)
ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa > 1:3368844/1‑67 (MQ=255)
ttGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaa > 1:2931303/1‑67 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg > 1:2281321/1‑69 (MQ=255)
cATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGt < 1:1758035/69‑1 (MQ=255)
cATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGt < 1:2968890/69‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTTGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:2052568/56‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:3101513/56‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:877705/56‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:2576770/56‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:1440941/56‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:1615585/56‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCg < 1:1546782/56‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg < 1:624707/69‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg < 1:3122709/69‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg > 1:1392540/1‑69 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg < 1:1473341/69‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAACCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCg > 1:1652607/1‑69 (MQ=255)
tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:1113313/69‑1 (MQ=255)
tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:2796320/69‑1 (MQ=255)
tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:541530/69‑1 (MQ=255)
tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:3489120/69‑1 (MQ=255)
tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt > 1:2251413/1‑69 (MQ=255)
tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt > 1:3094042/1‑69 (MQ=255)
tcggtcggCTGTGACAGTCGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt > 1:1737426/1‑69 (MQ=255)
tCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCgg > 1:1694460/1‑68 (MQ=255)
tCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt > 1:1469220/1‑69 (MQ=255)
cGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCgg > 1:3285627/1‑67 (MQ=255)
|
GCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGT > W3110S.gb/4025894‑4026013
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
