Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R2
|
328 |
63.0 |
4687567 |
98.0% |
4593815 |
65.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,025,948 |
A→G |
I268T (ATC→ACC) |
nikA ← |
nickel transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,025,948 | 0 | A | G | 100.0%
| 148.1
/ NA
| 43 | I268T (ATC→ACC) | nikA | nickel transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (22/21); total (22/21) |
CTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAA > W3110S.gb/4025883‑4026015
|
cTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGc < 1:1066748/71‑1 (MQ=255)
cTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGc < 1:2242017/71‑1 (MQ=255)
cTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGc < 1:675061/71‑1 (MQ=255)
cACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCtgt > 1:4349196/1‑71 (MQ=255)
cACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCtgt > 1:1615401/1‑71 (MQ=255)
cACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCtg > 1:654470/1‑70 (MQ=255)
gTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGAc < 1:2029475/71‑1 (MQ=255)
tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACa < 1:942831/71‑1 (MQ=255)
tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACa < 1:420493/71‑1 (MQ=255)
tACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACa < 1:1905224/71‑1 (MQ=255)
cAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTggg < 1:3843269/71‑1 (MQ=255)
cAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTggg < 1:3659021/71‑1 (MQ=255)
aGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGgt > 1:4657681/1‑71 (MQ=255)
cTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGgtg > 1:3353777/1‑70 (MQ=255)
gTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt < 1:207580/71‑1 (MQ=255)
gTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGt < 1:2608426/71‑1 (MQ=255)
ttGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCtgt < 1:584227/54‑1 (MQ=255)
ggtggGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAg > 1:4545423/1‑71 (MQ=255)
tggGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCtgt < 1:1862647/50‑1 (MQ=255)
tGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCt < 1:4336653/69‑1 (MQ=255)
gTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTaaa < 1:348224/71‑1 (MQ=255)
aTTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGc > 1:2876008/1‑71 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCggg > 1:4167826/1‑71 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCggg > 1:783264/1‑71 (MQ=255)
gAGCGCCAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCgg > 1:1208286/1‑70 (MQ=255)
cAGCATCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAg < 1:2027423/70‑1 (MQ=255)
aTCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTa > 1:1063102/1‑69 (MQ=255)
tCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTaa < 1:869348/38‑1 (MQ=255)
tCACGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGAt < 1:917920/45‑1 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGAGAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:3039455/1‑71 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGc > 1:3661107/1‑38 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGc > 1:2697684/1‑38 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGc > 1:1711566/1‑38 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTAt > 1:3167294/1‑67 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:1748414/1‑71 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:1571695/1‑71 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:1600493/1‑71 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:1698006/1‑71 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:2552234/1‑71 (MQ=255)
aCGGTTTCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAg > 1:2899486/1‑71 (MQ=255)
tttCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCg < 1:1046903/56‑1 (MQ=255)
tttCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:4207066/71‑1 (MQ=255)
tttCGGTCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGt < 1:134339/71‑1 (MQ=255)
tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAgg > 1:3245538/1‑58 (MQ=255)
tcggtcggCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGtaa > 1:3819948/1‑71 (MQ=255)
|
CTTCACGTACTGCCAGCTCGTTGGTGGGGGCTTTGGCGGTATTGAGCGCCAGCATCACGGTTTCGATCGGCTGTGACAGTTGGGTGTGGTAAGCCGGATTCTGGCTAAAGCGGGCGAAGGTATCGAGCGGTAA > W3110S.gb/4025883‑4026015
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
