Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R2
|
230 |
93.6 |
4701257 |
96.3% |
4527310 |
61.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
757,550 |
G→A |
44.4% |
A326T (GCA→ACA) |
lolE → |
outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 757,550 | 0 | G | A | 44.4%
| 23.0
/ 76.9
| 63 | A326T (GCA→ACA) | lolE | outer membrane‑specific lipoprotein transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/8); new base A (14/14); total (41/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.00e-01 |
CAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGAT > minE/757482‑757617
|
cAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTgg > 1:3178631/1‑69 (MQ=255)
ttAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGAGTGCTGGCAGGGCt > 1:654545/1‑71 (MQ=255)
aaGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGt > 1:4622322/1‑71 (MQ=255)
aaGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGt > 1:1898573/1‑71 (MQ=255)
aaGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGt > 1:1376163/1‑71 (MQ=255)
aaCTCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCg > 1:2836556/1‑71 (MQ=255)
aaCGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCg < 1:3579240/71‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACa > 1:3362785/1‑61 (MQ=255)
cGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCg < 1:832104/69‑1 (MQ=255)
gCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCa < 1:2997634/71‑1 (MQ=255)
gCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCa < 1:54403/71‑1 (MQ=255)
gggggCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGcc > 1:3509443/1‑71 (MQ=255)
ggggCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCt > 1:2437354/1‑71 (MQ=255)
gggCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGc > 1:2871607/1‑68 (MQ=255)
gggCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCtg < 1:145320/71‑1 (MQ=255)
gggCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCtg < 1:2908935/71‑1 (MQ=255)
cGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCtgtgt > 1:1083128/1‑71 (MQ=255)
aaaGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGc < 1:2726259/47‑1 (MQ=255)
aaGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggt > 1:4615035/1‑71 (MQ=255)
aaGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggt > 1:3338709/1‑71 (MQ=255)
aGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggtg > 1:4454235/1‑71 (MQ=255)
aGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggtg < 1:2333839/71‑1 (MQ=255)
aGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggt > 1:4024977/1‑70 (MQ=255)
gATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggtgt > 1:726368/1‑71 (MQ=255)
aTGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggt < 1:1949132/68‑1 (MQ=255)
tGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGa > 1:702748/1‑71 (MQ=255)
ggTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGAt > 1:250695/1‑71 (MQ=255)
ggTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGcc > 1:579108/1‑58 (MQ=255)
tttAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCtgtgt < 1:2593679/61‑1 (MQ=255)
ttAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTAt > 1:1077736/1‑71 (MQ=255)
tAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCtgtg > 1:1053336/1‑58 (MQ=255)
ttCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGc > 1:1222972/1‑71 (MQ=255)
ttCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGc > 1:2812192/1‑71 (MQ=255)
cgcgCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTAt > 1:2313847/1‑65 (MQ=255)
cgcgCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCg > 1:1047004/1‑70 (MQ=255)
ccATCTTTGTGTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTg < 1:3154812/71‑1 (MQ=255)
aTCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGt > 1:468950/1‑71 (MQ=255)
cTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGt > 1:3154273/1‑69 (MQ=255)
cTTTGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGCCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt > 1:1598276/1‑71 (MQ=255)
tttGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTgg > 1:938075/1‑67 (MQ=255)
tttGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGAt > 1:666742/1‑53 (MQ=255)
tttGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt > 1:1152826/1‑70 (MQ=255)
tGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCa < 1:3125651/70‑1 (MQ=255)
tGTCTGGTATGGATTGCTGGAAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt < 1:3890309/68‑1 (MQ=255)
tGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt < 1:4638640/68‑1 (MQ=255)
tGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt < 1:960853/68‑1 (MQ=255)
tGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGttt < 1:3906145/68‑1 (MQ=255)
tGTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTc > 1:4177873/1‑69 (MQ=255)
gTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTc > 1:4187290/1‑68 (MQ=255)
gTCTGGTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGa > 1:57368/1‑49 (MQ=255)
gTCTGGCATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTc > 1:2420596/1‑68 (MQ=255)
tCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTg < 1:4388742/71‑1 (MQ=255)
gTATGGTTTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGc < 1:4238977/68‑1 (MQ=255)
gTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggtgt < 1:4360777/42‑1 (MQ=255)
gTATGGATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACt > 1:3504140/1‑66 (MQ=255)
aTGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACt > 1:523950/1‑70 (MQ=255)
aTGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACt > 1:3218331/1‑70 (MQ=255)
tGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATc > 1:1875321/1‑46 (MQ=255)
tGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACtt < 1:1836406/70‑1 (MQ=255)
gATTGCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtggt > 1:234383/1‑35 (MQ=255)
gCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGa > 1:3667055/1‑35 (MQ=255)
gCTGACAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCg < 1:19021/70‑1 (MQ=255)
cTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACt > 1:32005/1‑56 (MQ=255)
cTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGat < 1:4260199/71‑1 (MQ=255)
|
CAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTATCGGCGTAGTGGTTTCACTGCAACTTACCCCGAT > minE/757482‑757617
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
