Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R2
|
328 |
63.0 |
4687567 |
98.0% |
4593815 |
65.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,615,718 |
C→T |
intergenic (+33/‑360) |
prfC → / → osmY |
peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,615,718 | 0 | C | T | 100.0%
| 125.9
/ NA
| 44 | intergenic (+33/‑360) | prfC/osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (28/16); total (28/16) |
ACGTTCAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGT > W3110S.gb/4615654‑4615784
|
aCGTTCAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCa < 1:556310/71‑1 (MQ=255)
gTTCAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCaa < 1:1045781/70‑1 (MQ=255)
cAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTTCGCTCTGTCAATTTc > 1:3701062/1‑71 (MQ=255)
cAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTc > 1:4331590/1‑71 (MQ=255)
aGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTc < 1:3515938/70‑1 (MQ=255)
ccaccaGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCccttc > 1:2149544/1‑71 (MQ=255)
ccaccaGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCccttc > 1:1614161/1‑71 (MQ=255)
gCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTccc > 1:2257165/1‑53 (MQ=255)
gCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTccc > 1:471737/1‑53 (MQ=255)
ttAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGcc < 1:1343582/63‑1 (MQ=255)
ttAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACgg < 1:1963791/71‑1 (MQ=255)
ttAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACg > 1:1631731/1‑70 (MQ=255)
ttAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACg > 1:963645/1‑70 (MQ=255)
ttAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACg > 1:4380838/1‑70 (MQ=255)
ttAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCACTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCt < 1:1145203/66‑1 (MQ=255)
aaTTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCccttcct > 1:530414/1‑53 (MQ=255)
aaTTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa > 1:2479883/1‑71 (MQ=255)
aaTTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa > 1:434657/1‑71 (MQ=255)
aaTTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa > 1:3015307/1‑71 (MQ=255)
aaTTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa > 1:2636397/1‑71 (MQ=255)
aaTTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa > 1:4565468/1‑71 (MQ=255)
aaTTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa > 1:2483040/1‑71 (MQ=255)
aaTTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa > 1:1988423/1‑71 (MQ=255)
aTTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa < 1:1878548/70‑1 (MQ=255)
aTTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTACCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa < 1:1143936/70‑1 (MQ=255)
tCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGt > 1:481474/1‑71 (MQ=255)
cTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGtt > 1:4335050/1‑71 (MQ=255)
cTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGt > 1:3512693/1‑70 (MQ=255)
cTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCATTATTAGc > 1:3355906/1‑56 (MQ=255)
cTTGCCTCCAGGGCGCGCTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGt < 1:3157757/70‑1 (MQ=255)
cTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCccttcct < 1:3564317/44‑1 (MQ=255)
cTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCccttcct < 1:710037/44‑1 (MQ=255)
ccAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCtta > 1:4333593/1‑44 (MQ=255)
cAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaaaa > 1:950687/1‑70 (MQ=255)
cAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaaaa > 1:1996582/1‑70 (MQ=255)
aGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACa < 1:3499670/71‑1 (MQ=255)
gggCGCGTTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa > 1:1532486/1‑66 (MQ=255)
gcgGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCAc > 1:2603350/1‑71 (MQ=255)
gcgGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCAc < 1:2469861/71‑1 (MQ=255)
tAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTc < 1:3547818/65‑1 (MQ=255)
cGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCt > 1:2674635/1‑70 (MQ=255)
cGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCt < 1:4297819/70‑1 (MQ=255)
gCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTACTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTa < 1:2193097/71‑1 (MQ=255)
gcgcTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGt > 1:723224/1‑71 (MQ=255)
|
ACGTTCAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGT > W3110S.gb/4615654‑4615784
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
