Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F17 I0 R2
|
276 |
45.3 |
3729697 |
93.0% |
3468618 |
60.6 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,615,718 |
C→T |
22.9% |
intergenic (+33/‑360) |
prfC → / → osmY |
peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,615,718 | 0 | C | T | 22.9%
| 93.7
/ 24.2
| 48 | intergenic (+33/‑360) | prfC/osmY | peptide chain release factor RF‑3/periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/23); new base T (9/2); total (23/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.57e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.09e-01 |
CGTTCAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTT > W3110S.gb/4615655‑4615786
|
cGTTCAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCTCTGTc > 1:1297027/1‑69 (MQ=255)
gTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAAttt < 1:1476507/68‑1 (MQ=255)
ccaccaGACCCGCGAGCATTAATTATTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCcct > 1:690065/1‑69 (MQ=255)
caGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAAttt > 1:1163428/1‑61 (MQ=255)
cgcgAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAg > 1:396238/1‑69 (MQ=255)
gcgAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGc < 1:2461910/69‑1 (MQ=255)
gCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCt < 1:2613297/69‑1 (MQ=255)
gCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCt < 1:1754718/69‑1 (MQ=255)
tCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGaa < 1:1337895/68‑1 (MQ=255)
cTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAAt > 1:2926576/1‑68 (MQ=255)
tGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGt < 1:256246/68‑1 (MQ=255)
tGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGt < 1:2261379/68‑1 (MQ=255)
ccTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTc > 1:112082/1‑68 (MQ=255)
ccTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTc > 1:2466619/1‑68 (MQ=255)
cTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCt < 1:50215/68‑1 (MQ=255)
ccAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa < 1:630819/69‑1 (MQ=255)
ccAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa < 1:2295126/69‑1 (MQ=255)
cAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa > 1:152203/1‑68 (MQ=255)
gggCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAAc > 1:1263474/1‑69 (MQ=255)
cgcgGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCtta > 1:2808877/1‑38 (MQ=255)
cgcgGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCtta > 1:2619591/1‑38 (MQ=255)
cgcgGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCtta > 1:1216832/1‑38 (MQ=255)
cgcgGTAGCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACAtt > 1:3722075/1‑69 (MQ=255)
cgcgGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCccttcc > 1:1304727/1‑35 (MQ=255)
cgcgGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCGTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACAtt > 1:820989/1‑69 (MQ=255)
cgcgGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACAtt < 1:3684139/69‑1 (MQ=255)
cgcgGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACAtt > 1:737437/1‑69 (MQ=255)
ggTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCAc < 1:466172/69‑1 (MQ=255)
gTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACt < 1:666327/69‑1 (MQ=255)
gTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACt < 1:3383850/69‑1 (MQ=255)
gTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACt > 1:1722293/1‑69 (MQ=255)
aGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGa < 1:74217/47‑1 (MQ=255)
aGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGa < 1:628929/47‑1 (MQ=255)
aGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACttt < 1:1698598/69‑1 (MQ=255)
aGCCGCTGCGCCCTGTCAAATTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACttt < 1:3616765/69‑1 (MQ=255)
gCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa < 1:3546872/56‑1 (MQ=255)
gCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTACCTTATTAGCCGCTTACGGAATGtt > 1:2313939/1‑51 (MQ=255)
gCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTACCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa > 1:1656881/1‑56 (MQ=255)
gCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTACCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa > 1:3667858/1‑56 (MQ=255)
gCCGCTGCGCTCTGTCAATTTCCCTACCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa > 1:1004189/1‑56 (MQ=255)
gCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACtttt < 1:207821/69‑1 (MQ=255)
gCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCt < 1:3296753/69‑1 (MQ=255)
gCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCt < 1:1170486/69‑1 (MQ=255)
tGCGCTCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCtt < 1:913057/68‑1 (MQ=255)
gcgcCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTaa < 1:1238273/50‑1 (MQ=255)
gcgcCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCt < 1:2242646/66‑1 (MQ=255)
gcgcCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTAt > 1:662684/1‑69 (MQ=255)
gcgcCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTAt > 1:2953147/1‑69 (MQ=255)
ccTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGttt > 1:3436674/1‑69 (MQ=255)
ccTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGtt > 1:3040574/1‑68 (MQ=255)
|
CGTTCAGTTCCACCAGACCCGCGAGCATTAATTCTTGCCTCCAGGGCGCGGTAGCCGCTGCGCCCTGTCAATTTCCCTTCCTTATTAGCCGCTTACGGAATGTTCTTAAAACATTCACTTTTGCTTATGTTT > W3110S.gb/4615655‑4615786
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
