Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A1 F28 I3 R2 68 0.0 1607493 93.4% 1501398 66.6

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,003,048 G→A A14A (GCG→GCA)  yhiN → predicted oxidoreductase, FAD/NAD(P)‑binding domain

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,003,0480GA100.0% 1289.4 / NA 348A14A (GCG→GCA) yhiNpredicted oxidoreductase, FAD/NAD(P)‑binding domain
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (348/0);  total (348/0)

Only 100 of 348 total aligned reads displayed.

ATTATAGGCGCTGGTGCGGCGGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTCTG  >  W3110S.gb/4003028‑4003096
                    |                                                
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAgg                        >  1:1588757/1‑47 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAg                         >  1:938043/1‑46 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAg                         >  1:1211626/1‑46 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTcaggcag                >  1:1060093/1‑55 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGCCGCCGGGTTctg  >  1:627053/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGc           >  1:1113722/1‑60 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:359421/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:565941/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:561612/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:527687/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:513016/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:460903/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:440790/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:416013/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:400910/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:382868/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:379625/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:372276/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:617792/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:349168/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:336670/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:327738/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:318282/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:298364/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:279672/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:270623/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1001396/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:765581/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:985867/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:982175/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:970084/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:945621/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:934081/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:888987/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:881113/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:834917/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:795767/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:778161/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:592626/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:726307/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:718232/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:701697/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:666635/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:660942/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:64374/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:637991/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:260137/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:611373/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:598329/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1260205/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1385226/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:137886/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1356784/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1348281/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1334736/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1316313/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1306351/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1302601/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1291215/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1269042/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:141460/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1233575/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1227521/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1222441/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1065089/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:120028/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1195079/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1168808/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1097313/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1146075/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1123198/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:155267/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:231019/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:199551/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:189655/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:183214/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:174951/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:164495/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1606897/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1024120/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:158175/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:156525/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:152935/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1523974/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1508348/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1490681/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1479227/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1461649/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1044527/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:1436007/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTct   >  1:1008036/1‑68 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTct   >  1:1034596/1‑68 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTct   >  1:811447/1‑68 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTct   >  1:482755/1‑68 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTct   >  1:343396/1‑68 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTct   >  1:211293/1‑68 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTc    >  1:757924/1‑67 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACCCCGGGTTctg  >  1:910976/1‑69 (MQ=255)
attatAGGCGCTGGTGCGGAAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCg         >  1:1084167/1‑62 (MQ=255)
ataataGGCGCTGGTGCGGCAGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTctg  >  1:465754/4‑69 (MQ=255)
                    |                                                
ATTATAGGCGCTGGTGCGGCGGGTATGTTCTGTTCTGCGCTGGCAGGTCAGGCAGGACGCCGGGTTCTG  >  W3110S.gb/4003028‑4003096

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A