Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F8 I0 R1
|
311 |
50.1 |
4085234 |
95.9% |
3917739 |
60.7 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,007,539 |
G→A |
19.1% |
pseudogene (367/393 nt) |
yhiK → |
ECK3474:JW5674:b3489; hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,007,539 | 0 | G | A | 19.1%
| 106.1
/ 17.1
| 47 | pseudogene (367/393 nt) | yhiK | ECK3474:JW5674:b3489; hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/15); new base A (6/3); total (29/18) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 |
TATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAATCCT > W3110S.gb/4007475‑4007601
|
tattatGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTa < 1:1828886/71‑1 (MQ=255)
ttatGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAg > 1:472446/1‑63 (MQ=255)
ttatGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAg > 1:966001/1‑63 (MQ=255)
atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTa > 1:2517682/1‑67 (MQ=255)
atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAgttg > 1:2697734/1‑71 (MQ=255)
atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAgttg > 1:2033392/1‑71 (MQ=255)
atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAgttg > 1:1712432/1‑71 (MQ=255)
atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAgtt < 1:3265172/70‑1 (MQ=255)
gCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTa < 1:1606329/62‑1 (MQ=255)
cTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTc < 1:3819754/70‑1 (MQ=255)
aaaTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTa > 1:1388038/1‑59 (MQ=255)
aaTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAAc > 1:2644747/1‑70 (MQ=255)
aTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAAc < 1:3363664/69‑1 (MQ=255)
ttCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTa > 1:592961/1‑70 (MQ=255)
aaggaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaa < 1:2717883/69‑1 (MQ=255)
aagCACGTGATAAAAATAATAAAATGATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTc > 1:2468351/1‑70 (MQ=255)
cACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCAt > 1:3134464/1‑70 (MQ=255)
cGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa < 1:3597548/71‑1 (MQ=255)
gATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATAc > 1:1986845/1‑71 (MQ=255)
aTAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACg > 1:3060542/1‑71 (MQ=255)
aaaataataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtg > 1:1966738/1‑71 (MQ=255)
aaaataataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtg > 1:162972/1‑71 (MQ=255)
aaataataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtgg < 1:3965645/71‑1 (MQ=255)
ataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa > 1:3408112/1‑61 (MQ=255)
ataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa > 1:2751454/1‑61 (MQ=255)
taataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaaa > 1:1638458/1‑50 (MQ=255)
taataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAAt > 1:1234133/1‑61 (MQ=255)
taataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATa < 1:1219058/62‑1 (MQ=255)
aataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAAc < 1:1009702/40‑1 (MQ=255)
aataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACAtt < 1:3194257/46‑1 (MQ=255)
aataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACAtt < 1:3569616/46‑1 (MQ=255)
aataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCAt > 1:3995207/1‑56 (MQ=255)
ataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCaa > 1:1393203/1‑38 (MQ=255)
ataaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCaa > 1:378688/1‑38 (MQ=255)
taaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCaa < 1:3505218/37‑1 (MQ=255)
taaaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaa > 1:4014487/1‑46 (MQ=255)
aaataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa > 1:1408769/1‑55 (MQ=255)
aaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaaaa > 1:1259534/1‑46 (MQ=255)
aaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaaaa > 1:985229/1‑46 (MQ=255)
ataatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCtttt < 1:1112350/71‑1 (MQ=255)
taatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTa > 1:987652/1‑62 (MQ=255)
taatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATg < 1:4044201/50‑1 (MQ=255)
aatTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCttttt > 1:204083/1‑70 (MQ=255)
atTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATTAATACGGTGGTATGTCTTTTTaa < 1:3508453/71‑1 (MQ=255)
atTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTaa < 1:2236286/71‑1 (MQ=255)
tATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGaa > 1:2929747/1‑47 (MQ=255)
tATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTaa > 1:3443745/1‑68 (MQ=255)
tATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAATcc > 1:2962953/1‑71 (MQ=255)
ttCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAATCCt < 1:1851095/70‑1 (MQ=255)
|
TATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAATCCT > W3110S.gb/4007475‑4007601
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
