Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F28 I1 R2
|
328 |
63.0 |
4687567 |
98.0% |
4593815 |
65.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
W3110S.gb |
4,007,539 |
G→A |
pseudogene (367/393 nt) |
yhiK → |
ECK3474:JW5674:b3489; hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | W3110S.gb | 4,007,539 | 0 | G | A | 100.0%
| 143.9
/ NA
| 48 | pseudogene (367/393 nt) | yhiK | ECK3474:JW5674:b3489; hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (17/31); total (17/31) |
GGTATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAAT > W3110S.gb/4007473‑4007598
|
ggTATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCt > 1:542096/1‑71 (MQ=255)
gTATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCtt < 1:1503931/71‑1 (MQ=255)
gTATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCtt < 1:2969009/71‑1 (MQ=255)
gTATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCt > 1:3584575/1‑70 (MQ=255)
gTATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCt > 1:3681258/1‑70 (MQ=255)
attatGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAg > 1:2992609/1‑71 (MQ=255)
atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAgttg > 1:314548/1‑71 (MQ=255)
atGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAgttg > 1:1563225/1‑71 (MQ=255)
atGGGGATAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAgttg > 1:8626/1‑71 (MQ=255)
tGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAgttg < 1:4054197/70‑1 (MQ=255)
aaTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAAc < 1:2595433/70‑1 (MQ=255)
aaTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAAc > 1:424885/1‑70 (MQ=255)
aTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTa < 1:4228335/71‑1 (MQ=255)
aTTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTAGTTTTCAACTa < 1:3050242/71‑1 (MQ=255)
cccTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACAt > 1:249031/1‑71 (MQ=255)
cccTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACAt > 1:3898756/1‑71 (MQ=255)
aaggaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaa < 1:2680705/69‑1 (MQ=255)
aaggaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaa < 1:3771264/69‑1 (MQ=255)
aaggaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaa < 1:146556/69‑1 (MQ=255)
aaggaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaa < 1:3225461/69‑1 (MQ=255)
gaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTc < 1:3362887/71‑1 (MQ=255)
gaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTc < 1:3359186/71‑1 (MQ=255)
gaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTc < 1:855499/71‑1 (MQ=255)
gaagCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTc < 1:1180946/71‑1 (MQ=255)
agCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCa > 1:3596063/1‑71 (MQ=255)
agCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCa > 1:872544/1‑71 (MQ=255)
agCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCa > 1:977635/1‑71 (MQ=255)
agCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCa > 1:1183229/1‑71 (MQ=255)
agCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCa > 1:1221209/1‑71 (MQ=255)
agCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCa > 1:2365823/1‑71 (MQ=255)
tGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAgttgt < 1:452808/43‑1 (MQ=255)
tGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTa < 1:4258397/52‑1 (MQ=255)
aTAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGttt < 1:3026384/43‑1 (MQ=255)
aaaataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTc < 1:3304982/42‑1 (MQ=255)
aaataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtgg < 1:966079/71‑1 (MQ=255)
aaataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtgg < 1:1277323/71‑1 (MQ=255)
aaataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtgg < 1:432020/71‑1 (MQ=255)
aataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCaa > 1:3805530/1‑42 (MQ=255)
aataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACggtgg < 1:1127165/70‑1 (MQ=255)
ataataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTa < 1:1710350/71‑1 (MQ=255)
taataaaataatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTaa < 1:2656924/49‑1 (MQ=255)
taatTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCttttt < 1:3911389/71‑1 (MQ=255)
atTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTaa < 1:2083038/71‑1 (MQ=255)
atTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTaa < 1:396999/71‑1 (MQ=255)
atTTATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTa < 1:4318464/70‑1 (MQ=255)
tttATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATg < 1:2796440/47‑1 (MQ=255)
tttATTCCTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAAt < 1:327373/71‑1 (MQ=255)
cTCAAGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAAt < 1:1186890/64‑1 (MQ=255)
|
GGTATTATGGGGCTAAATTCCCTGAAGGAAGCACGTGATAAAAATAATAAAATAATTTATTCCTCAGGGCTTAGTTGTTTTCAACTACATTAAAACTCCATGAATACGGTGGTATGTCTTTTTAAT > W3110S.gb/4007473‑4007598
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
