Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
480,138 |
T→C |
62.0% |
C214C (TGT→TGC) |
cydB → |
cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 480,138 | 0 | T | C | 62.0%
| 20.2
/ 23.6
| 42 | C214C (TGT→TGC) | cydB | cytochrome d terminal oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/8); new base C (9/17); total (17/25) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.53e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACC > minE/480074‑480205
|
tGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCg < 1:496590/69‑1 (MQ=255)
tGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCg < 1:2938339/69‑1 (MQ=255)
tGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCg < 1:1765749/69‑1 (MQ=255)
cGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCAct > 1:1463887/1‑69 (MQ=255)
cGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCAct > 1:2099105/1‑69 (MQ=255)
gCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCActggctg > 1:2214117/1‑68 (MQ=255)
ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGa > 1:1270895/1‑63 (MQ=255)
ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:2714177/1‑67 (MQ=255)
ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:2104750/1‑67 (MQ=255)
ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:586559/1‑67 (MQ=255)
ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:2786850/1‑67 (MQ=255)
ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:751183/1‑67 (MQ=255)
ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:1336913/1‑67 (MQ=255)
ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:2850887/1‑67 (MQ=255)
ggcggcACTGGTGACGCTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGt > 1:2861967/1‑67 (MQ=255)
ggTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaa < 1:505011/69‑1 (MQ=255)
ggTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaa < 1:3273474/69‑1 (MQ=255)
ggTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaa < 1:390564/69‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:990793/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:542967/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:3161706/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:64950/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:750428/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:3016122/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:797719/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:81307/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:846155/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:2822173/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:2694117/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:1458908/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:1592671/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:2444707/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:1635399/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:2182808/63‑1 (MQ=255)
gcTGGTCTGCTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGaaa < 1:1876969/63‑1 (MQ=255)
ggTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACaa > 1:1160726/1‑68 (MQ=255)
ggTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACaa > 1:1728942/1‑68 (MQ=255)
tCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATgg > 1:1949701/1‑69 (MQ=255)
tCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATgg > 1:451713/1‑69 (MQ=255)
tCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATgg > 1:1225933/1‑69 (MQ=255)
tGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGAc < 1:2819443/69‑1 (MQ=255)
tGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGGCGTGAAATCGACAATGGAc < 1:1308226/69‑1 (MQ=255)
tttCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGAcc > 1:1737847/1‑68 (MQ=255)
tttCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGAcc > 1:2490469/1‑68 (MQ=255)
tttCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGAcc > 1:3176827/1‑68 (MQ=255)
|
TGGGCGAACTGCACCTGCGTACCCGTGCAACGGCTCAGGTGGCTGCGCTGGTGACACTGGTCTGTTTCGCACTGGCTGGCGTATGGGTGATGTACGGTATCGATGGTTATGTCGTGAAATCGACAATGGACC > minE/480074‑480205
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
