Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
732,551 |
C→T |
45.3% |
intergenic (+116/‑4) |
fabF → / → pabC |
3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase II/4‑amino‑4‑deoxychorismate lyase component of para‑aminobenzoate synthase multienzyme complex |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 732,551 | 0 | C | T | 45.3%
| 13.7
/ 59.3
| 75 | intergenic (+116/‑4) | fabF/pabC | 3‑oxoacyl‑[acyl‑carrier‑protein] synthase II/4‑amino‑4‑deoxychorismate lyase component of para‑aminobenzoate synthase multienzyme complex |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (9/32); new base T (14/20); total (23/52) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.41e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGTTT > minE/732499‑732617
|
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTgg > 1:3351714/1‑55 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:1399267/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:1755872/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:423250/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:1573881/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:1526940/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:2544805/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:545832/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:3143764/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:718921/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:727274/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:75043/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:3120776/1‑69 (MQ=255)
aCTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCttaatta > 1:1021299/1‑69 (MQ=255)
tCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACgg < 1:1657444/67‑1 (MQ=255)
tCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGt < 1:379020/68‑1 (MQ=255)
gTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCAt < 1:2763433/68‑1 (MQ=255)
aaCATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAgg < 1:703266/69‑1 (MQ=255)
aaCATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAgg < 1:1106339/69‑1 (MQ=255)
tgctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATc > 1:1801387/1‑69 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:880556/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:2796253/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:205322/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:2069296/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:387836/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:3432653/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:2786199/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:2432664/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:1330442/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:436206/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:3394125/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:524480/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:321221/69‑1 (MQ=255)
gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:631532/69‑1 (MQ=255)
ctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:181886/68‑1 (MQ=255)
ctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:2470933/68‑1 (MQ=255)
ctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:3395719/68‑1 (MQ=255)
ctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:2046988/68‑1 (MQ=255)
ctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAAAGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:3084170/68‑1 (MQ=255)
tgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCTGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCg < 1:2821514/67‑1 (MQ=255)
acacTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGc > 1:2114472/1‑68 (MQ=255)
acacTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGc > 1:2751879/1‑68 (MQ=255)
cTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACgg > 1:3410574/1‑44 (MQ=255)
cTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGt > 1:992450/1‑45 (MQ=255)
cTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGt > 1:2071251/1‑45 (MQ=255)
cTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGt > 1:2173899/1‑45 (MQ=255)
cTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGt > 1:2556593/1‑45 (MQ=255)
aaCAATTCTCTGATAAGTAGACTTTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATc > 1:132465/1‑57 (MQ=255)
aCAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGt < 1:2652084/42‑1 (MQ=255)
aCAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGt < 1:989639/42‑1 (MQ=255)
aCAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGt < 1:1345888/42‑1 (MQ=255)
aCAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGt < 1:1421365/42‑1 (MQ=255)
aaTTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCg < 1:926729/68‑1 (MQ=255)
aTTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGt < 1:2777420/62‑1 (MQ=255)
aTTCTCTGATAAGGACCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGt < 1:538532/62‑1 (MQ=255)
ctctGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCg < 1:1177997/64‑1 (MQ=255)
ctctGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCg < 1:63176/64‑1 (MQ=255)
ctctGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCg < 1:590571/64‑1 (MQ=255)
ctctGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCg < 1:2927660/64‑1 (MQ=255)
ctctGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCg < 1:1733426/64‑1 (MQ=255)
ctctGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCg < 1:358700/64‑1 (MQ=255)
ctctGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCg < 1:3433613/64‑1 (MQ=255)
ctctGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGCTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCg < 1:3329555/64‑1 (MQ=255)
gAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAg < 1:1699683/68‑1 (MQ=255)
gAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAg < 1:10172/68‑1 (MQ=255)
gAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAg < 1:650687/68‑1 (MQ=255)
gAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAg < 1:3312723/68‑1 (MQ=255)
gCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGttt < 1:302295/69‑1 (MQ=255)
gCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGttt < 1:1476666/69‑1 (MQ=255)
gCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGttt < 1:1068707/69‑1 (MQ=255)
gCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGttt < 1:1077525/69‑1 (MQ=255)
gCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGttt < 1:1161271/69‑1 (MQ=255)
gCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGttt < 1:655146/69‑1 (MQ=255)
gCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGttt < 1:361856/69‑1 (MQ=255)
gCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGttt < 1:1402218/69‑1 (MQ=255)
cccGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGttt < 1:3128913/68‑1 (MQ=255)
|
ACTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGTTT > minE/732499‑732617
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
