Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
876,315 |
C→T |
60.9% |
L511L (CTG→TTG) |
acnA → |
aconitate hydratase 1 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 876,315 | 0 | C | T | 60.9%
| 42.9
/ 62.4
| 92 | L511L (CTG→TTG) | acnA | aconitate hydratase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (18/18); new base T (48/8); total (66/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.19e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGT > minE/876250‑876370
|
tcGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGc > 1:3154823/1‑69 (MQ=255)
tcGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGc > 1:216869/1‑69 (MQ=255)
tcGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGc > 1:3055483/1‑69 (MQ=255)
tcGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGc > 1:2153826/1‑69 (MQ=255)
tcGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGc > 1:2385924/1‑69 (MQ=255)
tcGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGc > 1:176844/1‑69 (MQ=255)
tgaACTGGGATTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGccc < 1:3160903/66‑1 (MQ=255)
tgaACTGGGATTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGccc < 1:1523588/66‑1 (MQ=255)
tgaACTGGGATTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGccc < 1:508288/66‑1 (MQ=255)
tgaACTGGGATTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGccc < 1:1390605/66‑1 (MQ=255)
tgaACTGGGATTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGccc < 1:2459569/66‑1 (MQ=255)
tgaACTGGGATTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGccc < 1:770327/66‑1 (MQ=255)
tgaACTGGGATTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTAATGGTAACTCTGGACCGTTGccc < 1:96470/66‑1 (MQ=255)
cTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCt < 1:89091/69‑1 (MQ=255)
cTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCt < 1:2589979/69‑1 (MQ=255)
cTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCt < 1:584074/69‑1 (MQ=255)
cTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCt < 1:2339486/69‑1 (MQ=255)
cTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCt < 1:1252034/69‑1 (MQ=255)
tGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCt < 1:1620482/68‑1 (MQ=255)
gTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGa < 1:492048/69‑1 (MQ=255)
gTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGa < 1:454357/69‑1 (MQ=255)
atttAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGccc < 1:2595299/57‑1 (MQ=255)
tACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaaaa > 1:310782/1‑69 (MQ=255)
tACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaaaa > 1:3418605/1‑69 (MQ=255)
tACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaaaa > 1:2063224/1‑69 (MQ=255)
tACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaaaa > 1:2008468/1‑69 (MQ=255)
tACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaaaa > 1:3299373/1‑69 (MQ=255)
tACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaaaa > 1:404876/1‑69 (MQ=255)
tACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaaaa > 1:2678828/1‑69 (MQ=255)
tACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaaaa > 1:654070/1‑69 (MQ=255)
tACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCaaaaa > 1:1241410/1‑68 (MQ=255)
tACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGAAATCaaaaa > 1:946320/1‑68 (MQ=255)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTg > 1:33901/1‑37 (MQ=38)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATc > 1:811965/1‑44 (MQ=38)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:3186975/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:3003853/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:2366439/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:2872510/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:2851663/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:2113067/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:724328/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:665941/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:660243/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1079950/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:113300/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1177817/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1246152/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1275133/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1436090/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:562030/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:540738/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:495975/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1730181/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:928558/1‑62 (MQ=39)
cGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:828037/1‑62 (MQ=39)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGCTCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1356942/1‑53 (MQ=255)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTAt > 1:1002736/1‑39 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1809379/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:751423/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:103253/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1046121/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1597839/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:561754/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1615779/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:53024/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1627793/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1678465/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:3167986/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:462284/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:944108/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:1897336/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:3431962/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:2110922/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:2242472/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:3386191/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:3327173/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:3003784/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:3294528/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:3041285/1‑53 (MQ=38)
caccTGTATTGGTAACTCTGGACCGTTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCa > 1:3231090/1‑53 (MQ=38)
ttGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtg > 1:1473666/1‑69 (MQ=255)
ttGGTAACTCTGGGCAGCTGCCCGATCATATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTa > 1:1567688/1‑59 (MQ=255)
ggTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgc < 1:967793/68‑1 (MQ=255)
ggTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgc < 1:3267904/68‑1 (MQ=255)
ggTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgc < 1:2328784/68‑1 (MQ=255)
ggTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgc < 1:1978440/68‑1 (MQ=255)
ggTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgc < 1:1410557/68‑1 (MQ=255)
ggTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgc < 1:1041502/68‑1 (MQ=255)
ggTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgc < 1:1015054/68‑1 (MQ=255)
ggTAACTCTGAGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgc < 1:2102750/68‑1 (MQ=255)
gTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgc < 1:2946690/67‑1 (MQ=255)
aaCTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTcggtgcggt < 1:1845137/68‑1 (MQ=255)
|
TCGACGAACTGGGGTTTAACCTTGTGGGATACGGTTGTACCACCTGTATTGGTAACTCTGGGCCGCTGCCCGATCCTATCGAAACGGCAATCAAAAAAGGCGATTTAACCGTCGGTGCGGT > minE/876250‑876370
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
