Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,105,324 |
C→T |
49.4% |
S7S (AGC→AGT) |
agaV → |
N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIB component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,105,324 | 0 | C | T | 49.4%
| ‑1.8
/ 83.4
| 91 | S7S (AGC→AGT) | agaV | N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/27); new base T (21/24); total (40/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.75e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 |
ACCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCA > minE/2105256‑2105387
|
aCCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGc > 1:902171/1‑69 (MQ=255)
aCCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGc > 1:2596152/1‑69 (MQ=255)
aCCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGc > 1:1662105/1‑69 (MQ=255)
aCCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGc > 1:11594/1‑69 (MQ=255)
acacaGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCg < 1:826467/68‑1 (MQ=255)
acacaGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCg < 1:324614/68‑1 (MQ=255)
acacaGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCg < 1:3322273/68‑1 (MQ=255)
acacaGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCg < 1:721826/68‑1 (MQ=255)
acacaGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCg < 1:2680045/68‑1 (MQ=255)
acacaGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCg < 1:2120290/68‑1 (MQ=255)
acacaGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCg < 1:303578/68‑1 (MQ=255)
caGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGAtt < 1:2328526/69‑1 (MQ=255)
caGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGAtt < 1:2707653/69‑1 (MQ=255)
gtgAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGaa > 1:2097934/1‑69 (MQ=255)
aaGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGc > 1:2741028/1‑69 (MQ=255)
aaGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGc > 1:2736960/1‑69 (MQ=255)
cAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGc > 1:239576/1‑49 (MQ=255)
cAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGa > 1:2347349/1‑68 (MQ=255)
cAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGa > 1:3225015/1‑68 (MQ=255)
cAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGa > 1:2480589/1‑68 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGGTTGATTc < 1:869742/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:3125114/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:2714425/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:3215157/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:2710576/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:2405453/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:2847702/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:285832/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:3084046/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:2941167/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:2567731/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:2807133/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:3285212/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:1405922/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:1488196/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:717899/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:1676098/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:666801/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:807948/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:444677/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:1171879/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:3356878/69‑1 (MQ=255)
aTAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:228639/69‑1 (MQ=255)
aGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATTCCAAATATTGTTTTAAGCCGGa > 1:1112492/1‑48 (MQ=255)
aGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCgg > 1:314403/1‑47 (MQ=255)
aGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGa > 1:3399687/1‑48 (MQ=255)
aGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGa > 1:2800586/1‑48 (MQ=255)
aGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGa > 1:1477550/1‑48 (MQ=255)
aaCAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAg < 1:1240976/69‑1 (MQ=255)
aCAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAg < 1:2297856/68‑1 (MQ=255)
gagGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGc < 1:404879/69‑1 (MQ=255)
aaCACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTc < 1:749440/51‑1 (MQ=255)
aaCACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTc < 1:1883990/69‑1 (MQ=255)
aaCACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTc < 1:2771551/69‑1 (MQ=255)
acacGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTc < 1:2276171/68‑1 (MQ=255)
cGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAg < 1:22616/55‑1 (MQ=255)
ccAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGa > 1:1097974/1‑69 (MQ=255)
ccAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGa > 1:2547136/1‑69 (MQ=255)
ccAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGa > 1:118949/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTGAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGATTTGc > 1:3182144/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGATTTGc > 1:222994/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGATTTGc > 1:1307059/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGATTTGc > 1:2183998/1‑69 (MQ=255)
tatTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGATCTGc > 1:220161/1‑69 (MQ=255)
tGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:319506/60‑1 (MQ=255)
tGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:3295272/60‑1 (MQ=255)
tGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:2348723/60‑1 (MQ=255)
tGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:1906119/60‑1 (MQ=255)
tGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:593583/60‑1 (MQ=255)
tGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:2375949/60‑1 (MQ=255)
tGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:2427110/60‑1 (MQ=255)
tGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:2492988/60‑1 (MQ=255)
tGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:921378/60‑1 (MQ=255)
tGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:265811/60‑1 (MQ=255)
gTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCgg < 1:962445/59‑1 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGATCGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCg > 1:451242/1‑63 (MQ=38)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCgg > 1:1864764/1‑56 (MQ=39)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTg > 1:2622270/1‑61 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGc > 1:2370033/1‑68 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:1502901/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:2670657/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:920787/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:1111257/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:1138115/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:303938/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:2386251/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:723973/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:1396256/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:3281794/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:2374043/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:3244894/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:2041352/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:3361896/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:3272342/1‑69 (MQ=255)
ttAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:3330932/1‑69 (MQ=255)
atAAGTCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAGTGGGTCGGATTTGCGGGGGCa > 1:1043629/2‑69 (MQ=255)
|
ACCACACAGCCTGTGAAGGCCAATAAGCAAAACAAAGAGGAACACGCTATGCCAAATATTGTTTTAAGCCGGATTGATGAACGCTTGATTCACGGTCAGGTCGGCGTTCAATGGGTCGGATTTGCGGGGGCA > minE/2105256‑2105387
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
