Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,105,863 |
C→T |
40.6% |
pseudogene (76/402 nt) |
agaW → |
ECK3122:JW3103:b3134; N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS, fragment |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,105,863 | 0 | C | T | 40.6%
| 37.4
/ 59.6
| 86 | pseudogene (76/402 nt) | agaW | ECK3122:JW3103:b3134; N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIC component of PTS, fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/18); new base T (20/15); total (53/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATA > minE/2105802‑2105929
|
gTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCa < 1:1265526/69‑1 (MQ=255)
gTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCa < 1:3034635/69‑1 (MQ=255)
gTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCa < 1:3340308/69‑1 (MQ=255)
gTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCa < 1:1996442/69‑1 (MQ=255)
gTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCa < 1:806520/69‑1 (MQ=255)
gTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCa < 1:936279/69‑1 (MQ=255)
ttGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCa < 1:1995815/68‑1 (MQ=255)
ggaGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:597943/67‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:2333051/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:2054367/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:3159810/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:2423725/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:2892987/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:2918789/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:2948478/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:1651449/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:2310934/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:1396806/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:1388993/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:1368903/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:587576/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCatat < 1:984911/69‑1 (MQ=255)
gCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCata > 1:3244912/1‑68 (MQ=255)
aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCg > 1:3041979/1‑69 (MQ=255)
aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCg > 1:3101134/1‑69 (MQ=255)
aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCg > 1:1583183/1‑69 (MQ=255)
aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCg > 1:2653704/1‑69 (MQ=255)
aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCg > 1:3354956/1‑69 (MQ=255)
aTTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCg > 1:657553/1‑69 (MQ=255)
tGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGccc > 1:48959/1‑69 (MQ=255)
tGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGcc > 1:2668958/1‑68 (MQ=255)
tGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGcc > 1:1314315/1‑68 (MQ=255)
ttATCGCCTTTATCGCTGGTCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCg > 1:575606/1‑69 (MQ=255)
ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCg > 1:2930562/1‑69 (MQ=255)
ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCg > 1:2876790/1‑69 (MQ=255)
ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCg > 1:3144633/1‑69 (MQ=255)
ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCg > 1:2564272/1‑69 (MQ=255)
ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCg > 1:896074/1‑69 (MQ=255)
ttATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCg > 1:2232004/1‑69 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAAccta > 1:69998/1‑43 (MQ=39)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:1160109/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:610591/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:1172187/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:460396/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:1058749/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:3343492/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:97646/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:1424802/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:3072251/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:1430465/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:154558/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:225080/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:2916953/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:2291030/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:1816558/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:1892648/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:217866/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:1050084/1‑45 (MQ=255)
tATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCTTAACCCa > 1:2745409/1‑45 (MQ=255)
aTCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCg > 1:1402330/1‑67 (MQ=255)
aTCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGc < 1:2498729/69‑1 (MQ=255)
aTCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGc < 1:1160421/69‑1 (MQ=255)
aTCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGc > 1:1246706/1‑69 (MQ=255)
aTCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGc > 1:278606/1‑69 (MQ=255)
aTCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGc > 1:1338871/1‑69 (MQ=255)
aTCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCAATATGCAACGCCCGGTGGTCCTCGGc > 1:856854/1‑69 (MQ=255)
gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCg > 1:323656/1‑69 (MQ=255)
gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCg > 1:1372064/1‑69 (MQ=255)
gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCg > 1:975447/1‑69 (MQ=255)
gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCg > 1:2868760/1‑69 (MQ=255)
gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCg > 1:3029708/1‑69 (MQ=255)
gCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCg > 1:1728305/1‑69 (MQ=255)
ttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTgg > 1:1054086/1‑69 (MQ=255)
ttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTgg > 1:1139384/1‑69 (MQ=255)
ttATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTgg > 1:2412613/1‑69 (MQ=255)
ttATCGCTGGCCTGGATATGATTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTgg > 1:257561/1‑69 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCg < 1:2524134/69‑1 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCg < 1:462770/69‑1 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCg < 1:1865755/69‑1 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCg < 1:2120018/69‑1 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCg < 1:313125/69‑1 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCg < 1:973744/69‑1 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCg < 1:2816970/69‑1 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCg < 1:3034739/69‑1 (MQ=255)
tGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCg < 1:1786051/69‑1 (MQ=255)
gCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATa > 1:650756/1‑69 (MQ=255)
|
GTTGCAGGCATTTGCGTTGGGCATTATCGCCTTTATCGCTGGCCTGGATATGTTTAACGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATA > minE/2105802‑2105929
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
