Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A3 F50 I1 R1
|
300 |
54.7 |
1718999 |
98.4% |
1691495 |
149.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
RA |
NC_000913 |
1,010,983 |
C→T |
A340A (GCC→GCT) |
uup → |
replication regulatory ABC‑F family DNA‑binding ATPase |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | NC_000913 | 1,010,983 | 0 | C | T | 97.8%
| 159.0
/ ‑3.7
| 46 | A340A (GCC→GCT) | uup | replication regulatory ABC‑F family DNA‑binding ATPase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (20/24); total (20/26) |
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.21e-01 |
CGTCGCGAACGTGGTGAACGTCGCGAAGTGATGGGTACCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCCCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCACCAAACTGGAAGTGGCTTATTTCG > NC_000913/1010837‑1011125
|
cGTCGCGAACGTGGTGAACGTCGCGAAGTGATGGGTACCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAgg > 1:521208/1‑151 (MQ=255)
gTCGCGAACGTGGTGAACGTCGCGAAGTGATGGGTACCGCAAAGATGCGGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGt < 2:68998/151‑1 (MQ=255)
gTCGCGAACGTGGTGAACGTCGCGAAGTGATGGGTACCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGt > 2:607774/1‑151 (MQ=255)
ggtgAACGTCGCGAAGTGATGGGTACCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCg < 1:191797/151‑1 (MQ=255)
ggtgAACGTCGCGAAGTGATGGGTACCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCACAAGTTCTACGTGGCg < 1:856790/151‑1 (MQ=255)
cgcgAAGTGATGGGTACCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAAtt < 2:21486/150‑1 (MQ=255)
gATGGGTACCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGAtt < 1:732633/151‑1 (MQ=255)
tGGGTACCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTgg > 2:117707/1‑151 (MQ=255)
gggTACCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGt > 1:319458/1‑151 (MQ=255)
aCCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCg < 1:739991/150‑1 (MQ=255)
cGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAAt < 2:17079/151‑1 (MQ=255)
aaaTGCAGGTGGAAGAGGCTAGCCGAGCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCATGTTAACGGTAAGCAACTTGTGAAAGATTTGTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTg < 1:229838/149‑1 (MQ=255)
aGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTg < 1:100716/151‑1 (MQ=255)
cAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGc > 1:828124/1‑150 (MQ=255)
aGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCa > 2:444639/1‑150 (MQ=255)
aGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCa > 2:483146/1‑150 (MQ=255)
ggAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAAcc > 1:793857/1‑151 (MQ=255)
ggAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAAc < 1:68986/150‑1 (MQ=255)
gCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACgctgc > 1:338117/1‑151 (MQ=255)
gCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACgctgc < 2:527139/151‑1 (MQ=255)
ccAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACgctgct < 1:484917/151‑1 (MQ=255)
gCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACt < 1:115581/151‑1 (MQ=255)
aaaTCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCgg > 2:14444/1‑151 (MQ=255)
aaTCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGt > 1:727927/1‑151 (MQ=255)
cGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAg < 2:403769/151‑1 (MQ=255)
tttCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCtt > 2:53476/1‑151 (MQ=255)
tttCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCt < 1:442911/150‑1 (MQ=255)
tCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTc < 1:119906/150‑1 (MQ=255)
cGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCa > 2:194477/1‑150 (MQ=255)
aaTGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCg < 1:525452/151‑1 (MQ=255)
gAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGAc > 1:334577/1‑150 (MQ=255)
tttGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCg > 2:717656/1‑151 (MQ=255)
ttGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCg > 1:267296/1‑150 (MQ=255)
gCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTAt < 2:695513/151‑1 (MQ=255)
cTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTAtt > 2:250356/1‑151 (MQ=255)
ccAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCAc < 2:724357/151‑1 (MQ=255)
tAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGc > 1:632220/1‑151 (MQ=255)
aaCGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCa < 2:599958/151‑1 (MQ=255)
aCGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCCCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCAc < 2:385415/151‑1 (MQ=255)
cGGTAAGCAACTGGGGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAACTGCCCTTATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCAcc > 1:119002/1‑151 (MQ=255)
aaGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCACCaaa < 1:835916/150‑1 (MQ=255)
aaGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCACCAAAc < 2:632025/151‑1 (MQ=255)
ggTGAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCACCAAACTGGAAGTg > 2:398490/1‑151 (MQ=255)
gAAAGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCACCAAACTGGAAGTGGc < 1:761200/150‑1 (MQ=255)
aaaGATTTTTCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCACCAAACTGGAAGTGGCtt < 2:763537/151‑1 (MQ=255)
tttCTGCTCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCACCAAACTGGAAGTGGCTTATTTCg < 2:625673/150‑1 (MQ=255)
|
CGTCGCGAACGTGGTGAACGTCGCGAAGTGATGGGTACCGCAAAGATGCAGGTGGAAGAGGCCAGCCGCTCCGGTAAAATCGTTTTCGAAATGGAAGACGTTTGCTACCAGGTTAACGGTAAGCAACTGGTGAAAGATTTTTCTGCCCAGGTTCTACGTGGCGACAAAATTGCCCTGATTGGTCCGAATGGGTGCGGCAAAACCACGCTGCTAAAACTGATGCTCGGTCAGCTTCAAGCGGACAGCGGGCGTATTCACGTTGGCACCAAACTGGAAGTGGCTTATTTCG > NC_000913/1010837‑1011125
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A