Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
A3 F50 I1 R1
|
300 |
54.7 |
1718999 |
98.4% |
1691495 |
149.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
RA |
NC_000913 |
1,313,733 |
A→G |
intergenic (‑70/‑287) |
yciC ← / → ompW |
UPF0259 family inner membrane protein/outer membrane protein W |
|
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
* | NC_000913 | 1,313,733 | 0 | A | G | 100.0%
| 183.7
/ NA
| 53 | intergenic (‑70/‑287) | yciC/ompW | UPF0259 family inner membrane protein/outer membrane protein W |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (24/29); total (24/29) |
ATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACC > NC_000913/1313585‑1313878
|
aTACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTggcggc > 1:26957/1‑151 (MQ=255)
tACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTggcggc > 1:131988/1‑150 (MQ=255)
aCCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCAt > 1:827666/1‑151 (MQ=255)
cAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCa < 1:182391/151‑1 (MQ=255)
aTGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTg > 2:7855/1‑151 (MQ=255)
aTAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGa < 1:335326/151‑1 (MQ=255)
aaaTTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGaa > 2:825828/1‑150 (MQ=255)
gATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCat > 1:99508/1‑151 (MQ=255)
tACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATc > 1:353032/1‑151 (MQ=255)
cGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCtt > 2:810160/1‑151 (MQ=255)
gaaATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTaa < 2:152700/151‑1 (MQ=255)
aaaTTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTaa > 2:612946/1‑150 (MQ=255)
aaTTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAg < 1:496259/151‑1 (MQ=255)
ccGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCgg > 1:714960/1‑149 (MQ=255)
ggTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGt > 2:644868/1‑151 (MQ=255)
gtCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAAt < 2:580568/151‑1 (MQ=255)
cACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTg < 1:589728/151‑1 (MQ=255)
cACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTg > 1:163285/1‑151 (MQ=255)
aCGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGc > 2:660270/1‑151 (MQ=255)
cGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCt < 2:265106/151‑1 (MQ=255)
aCGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCtt > 1:372869/1‑151 (MQ=255)
aCGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCtt > 1:820473/1‑151 (MQ=255)
ggACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCa < 2:846739/151‑1 (MQ=255)
tGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGc > 2:800726/1‑150 (MQ=255)
cGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGc > 1:530081/1‑151 (MQ=255)
aGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATcg > 2:593376/1‑151 (MQ=255)
aCATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATcgcg < 1:591455/151‑1 (MQ=255)
tGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGc > 1:504673/1‑150 (MQ=255)
cACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAg < 1:358214/151‑1 (MQ=255)
ctctCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGt < 2:116162/150‑1 (MQ=255)
ctcCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGc > 1:487586/1‑151 (MQ=255)
ccTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCg < 1:309300/150‑1 (MQ=255)
aGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAg < 2:338438/151‑1 (MQ=255)
ttttATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCTAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGtt > 1:517056/1‑151 (MQ=255)
tttATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGTCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGtt < 1:827630/150‑1 (MQ=255)
acgCAGGTGTTAATTGGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGTCACGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTaa > 1:127259/3‑149 (MQ=255)
aTGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAat > 1:348352/1‑150 (MQ=255)
gCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATAtt < 2:109987/151‑1 (MQ=255)
gCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATAtt < 1:393439/151‑1 (MQ=255)
gtgtTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCg < 2:637724/151‑1 (MQ=255)
tAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAg < 2:921/150‑1 (MQ=255)
tAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGc > 2:697274/1‑151 (MQ=255)
aaTTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCg < 2:139030/151‑1 (MQ=255)
tAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGaa < 2:76818/150‑1 (MQ=255)
gCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAat < 2:722335/151‑1 (MQ=255)
aTTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTaaa < 1:385390/151‑1 (MQ=255)
gTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTaaaaa < 2:592582/150‑1 (MQ=255)
aCCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAAtt < 2:287254/150‑1 (MQ=255)
ggTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGAttt < 1:554120/150‑1 (MQ=255)
ggTTAAGCCTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTa < 2:84895/151‑1 (MQ=255)
ccTCGGGTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATcaca < 2:90749/151‑1 (MQ=255)
gggTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTaa < 2:759048/151‑1 (MQ=255)
gggTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTaa < 2:659565/151‑1 (MQ=255)
gggTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTa > 2:261525/1‑150 (MQ=255)
gTGGCGGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGGGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAAcc > 2:827050/1‑151 (MQ=255)
|
ATACCAACAGAATGGTCATAAATTGATTACGGAAGAAATTTCCGGTGTCACGGTATACGGACTGCGCCGTGATAGACATGCACTCTCCTTGAGTTTTATGCAGGTGTTAATTAGCGGGCAATTGTACCCTGGTTAAGCCTCGGGTGGCAGCATCAGGTCTTGTATGGAAAAGCATATCTTTGTAAAGCGGAGGTAATTGCTGGCCTTCAGGCATGGGCAAATCGCGGCAAGTGGCGACCGAGTTAATATTTGCGTAGCGAAAATATTTAAAAATTGATTTAAATCACATTAACC > NC_000913/1313585‑1313878
|
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A