Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A7 F50 I1 R1
|
121 |
119.5 |
3777739 |
97.6% |
3687073 |
150.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,439,982 |
A→G |
S6S (AGT→AGC) |
rplQ ← |
50S ribosomal subunit protein L17 |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,439,982 | 0 | A | G | 99.1%
| 411.6
/ NA
| 108 | S6S (AGT→AGC) | rplQ | 50S ribosomal subunit protein L17 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (50/57); minor base T (1/0); total (51/57) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.72e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
GCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCT > NC_000913/3439836‑3440125
|
gCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCAGGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGctct < 2:655900/151‑1 (MQ=255)
cAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCtt < 2:647315/151‑1 (MQ=255)
aaTCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATgg < 4:137958/151‑1 (MQ=255)
aaTCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATgg > 2:1350533/1‑151 (MQ=255)
aaTCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCCCTTTAGGCAGAGTCCTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATg < 3:270954/150‑1 (MQ=255)
aTCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGgc > 2:945090/1‑151 (MQ=255)
tCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGgc < 1:188150/150‑1 (MQ=255)
gCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCa < 3:780641/150‑1 (MQ=255)
ggCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATg < 2:686478/150‑1 (MQ=255)
ggCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGa < 3:348026/151‑1 (MQ=255)
cTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGAcc > 3:833759/1‑151 (MQ=255)
aaCTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCCTGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGCTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCtt > 3:325200/1‑150 (MQ=255)
aCGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATcc < 2:45760/150‑1 (MQ=255)
aCGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCt > 2:844431/1‑151 (MQ=255)
aCGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCt > 2:511593/1‑151 (MQ=255)
cgcgGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCtt > 3:1289272/1‑151 (MQ=255)
gcgcAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGACCCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCa < 3:1089571/151‑1 (MQ=255)
cgcAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTtctc > 4:444375/1‑149 (MQ=255)
cgcAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAg < 3:135678/151‑1 (MQ=255)
gcAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGt < 2:743408/151‑1 (MQ=255)
gcAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGt < 2:514089/151‑1 (MQ=255)
gCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTaa < 3:1360453/150‑1 (MQ=255)
gCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTaa > 2:976701/1‑150 (MQ=255)
ctctTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTaaa < 4:420641/150‑1 (MQ=255)
tctTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAAc > 2:1013107/1‑151 (MQ=255)
tttCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCt > 3:537403/1‑151 (MQ=255)
tCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCtt > 2:75810/1‑150 (MQ=255)
cGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCtt < 2:178366/149‑1 (MQ=255)
gCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTaa < 3:1329633/150‑1 (MQ=255)
ttAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAAcc < 3:294229/149‑1 (MQ=255)
ttAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCtg > 3:12612/1‑151 (MQ=255)
ttAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCt < 3:193064/150‑1 (MQ=255)
tAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCtg < 4:210245/150‑1 (MQ=255)
aGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCtgtg < 2:119187/151‑1 (MQ=255)
cAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATc > 2:1369166/1‑151 (MQ=255)
cAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATc > 3:637075/1‑151 (MQ=255)
agagTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATc < 2:880588/150‑1 (MQ=255)
agTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCgg > 3:821166/1‑151 (MQ=255)
gtcgtcTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAGCCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGt < 2:179743/151‑1 (MQ=255)
gtcgtcTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCgg < 3:831889/150‑1 (MQ=255)
tcgtcTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCgg < 2:796028/149‑1 (MQ=255)
cTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTc > 4:142516/1‑151 (MQ=255)
cTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTc > 4:226028/1‑151 (MQ=255)
cTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTc > 1:305884/1‑151 (MQ=255)
tgatgaTTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTc < 2:1388008/149‑1 (MQ=255)
gatTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGc > 1:19887/1‑151 (MQ=255)
atTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGc < 3:1350605/150‑1 (MQ=255)
tttCATGGCGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCg < 2:460234/150‑1 (MQ=255)
ttCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAt > 2:606440/1‑151 (MQ=255)
tCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGAt < 3:1379660/150‑1 (MQ=255)
tCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATg > 2:175776/1‑151 (MQ=255)
tGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCtt > 2:1350004/1‑151 (MQ=255)
gACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCtt < 3:414889/150‑1 (MQ=255)
aCGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCCGTTGCGGTTCAGTTTACGACCTCACTTACGAAGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGTTCCGGTTACTCGTCAGCGATTCTTGc > 4:380409/1‑151 (MQ=255)
cGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGc < 3:290368/150‑1 (MQ=255)
gAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCg > 3:1188529/1‑151 (MQ=255)
ccAGTAAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTg < 3:902630/151‑1 (MQ=255)
cAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTgg > 2:1291523/1‑151 (MQ=255)
gTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGcc > 2:908852/1‑151 (MQ=255)
gAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGcc > 3:1092472/1‑149 (MQ=255)
gAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCa < 3:51425/150‑1 (MQ=255)
aaCCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGt > 2:614075/1‑151 (MQ=255)
gCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGtttt < 3:638360/149‑1 (MQ=255)
gCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGtttt < 2:413917/149‑1 (MQ=255)
cATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAg < 1:27678/151‑1 (MQ=255)
atTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGgcg < 2:1259572/151‑1 (MQ=255)
atTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGgc < 3:577229/150‑1 (MQ=255)
ttGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGgcgc > 3:414246/1‑151 (MQ=255)
gCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCAt > 2:332514/1‑151 (MQ=255)
gCGGAACATAGCCTCGCGATGGCTGCTGTTGCGGCTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCCGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCAt < 2:325170/151‑1 (MQ=255)
cGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATg > 2:1071982/1‑151 (MQ=255)
ggAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGc > 3:735223/1‑151 (MQ=255)
ggAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGc > 3:312948/1‑151 (MQ=255)
ggAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGc > 2:429269/1‑151 (MQ=255)
cATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCag < 1:132972/151‑1 (MQ=255)
tAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCag > 2:107233/1‑149 (MQ=255)
ccTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACa < 4:321363/151‑1 (MQ=255)
ggCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAg < 3:1291592/149‑1 (MQ=255)
cGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTcc > 2:516720/1‑150 (MQ=255)
cGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCa < 2:665073/151‑1 (MQ=255)
ggCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACggg > 2:169598/1‑151 (MQ=255)
ggCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACgg < 2:821131/150‑1 (MQ=255)
tgctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGa > 3:394874/1‑149 (MQ=255)
gctgTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGaa < 3:1316662/149‑1 (MQ=255)
gTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGcc < 1:48407/149‑1 (MQ=255)
gTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCa < 3:844468/150‑1 (MQ=255)
gTTGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCa < 4:167285/150‑1 (MQ=255)
ttGCGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGc > 2:135982/1‑151 (MQ=255)
cGGTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACg < 3:28307/151‑1 (MQ=255)
ggTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGt < 2:64593/151‑1 (MQ=255)
gTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTc > 3:1117952/1‑151 (MQ=255)
gTTCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTc > 3:843048/1‑151 (MQ=255)
ttCAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGt > 3:608467/1‑149 (MQ=255)
cAGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCtt < 2:30964/150‑1 (MQ=255)
aGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGTCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTa < 3:339911/151‑1 (MQ=255)
aGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCttt > 4:145410/1‑150 (MQ=255)
aGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCttt > 2:1199623/1‑150 (MQ=255)
aGTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCttt > 2:818535/1‑150 (MQ=255)
gTTGACGACCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTaa < 4:366480/151‑1 (MQ=255)
gacgacCGCTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAAtct > 2:489995/1‑151 (MQ=255)
|
GCAAGAGTAATCAGCGGCTCAACTACGCGGCGCAGCTCTTTCGCTTTAGGCAGAGTCGTCTTGATGATTTCATGACGAACCAGTGAACCTGCCATATTGCGGAACATAGCCTGGCGATGGCTGCTGTTGCGGTTCAGTTGACGACCACTCTTACGATGGCGCATGACCTTATCCTTCTCAGTAAAACCTTAACCTGTGATCCGGTTACTCGTCAGCGATGCTTGCCGGTGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCT > NC_000913/3439836‑3440125
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
