Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F50 I1 R1
|
144 |
141.8 |
4677362 |
93.6% |
4378010 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
1,129,249 |
T→C |
L471L (TTG→CTG) |
murJ → |
putative lipid II flippase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 1,129,249 | 0 | T | C | 98.9%
| 346.9
/ NA
| 94 | L471L (TTG→CTG) | murJ | putative lipid II flippase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (32/61); minor base A (1/0); total (33/61) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
GCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCATTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAACAATGCATTCCGGCCTGCAGT > NC_000913/1129102‑1129395
|
gCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTgg > 2:554382/1‑151 (MQ=255)
ttCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTggg > 1:1588612/1‑150 (MQ=255)
tCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTggg < 4:525705/149‑1 (MQ=255)
cGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTa < 1:394360/150‑1 (MQ=255)
cGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTAc > 4:201408/1‑151 (MQ=255)
cGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTAc > 2:704880/1‑151 (MQ=255)
gctTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCa < 2:1713838/149‑1 (MQ=255)
gctTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATg < 3:363959/151‑1 (MQ=255)
aCTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGccc > 2:1655669/1‑149 (MQ=255)
aCTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCt < 4:371317/150‑1 (MQ=255)
tGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGc > 2:1565393/1‑151 (MQ=255)
tGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGGACCATGCCCTGGc > 2:359896/1‑151 (MQ=255)
gCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGt < 2:1483599/151‑1 (MQ=255)
gCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGt > 2:392705/1‑151 (MQ=255)
aGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGttt > 2:1192790/1‑151 (MQ=255)
aGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGttt > 2:1718283/1‑151 (MQ=255)
aGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGttt > 2:43915/1‑151 (MQ=255)
aGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGttt < 2:539974/151‑1 (MQ=255)
aGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGttt < 1:1476235/151‑1 (MQ=255)
ttGCGTAAGTAGAAAATCTCTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGTTCGCGGCCATCGCGATGTCTTGCGAGCTTTTTGGTGTATTACATTCCATGCTGGCCGGATCACTGGGTACCATGCCCTggacctt > 1:132074/1‑144 (MQ=255)
tGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGGTGTTTGGCGTGCTTTTATGTATTTTACATATCCTTCCGGAGTGGTCGCTGGGGACCATGCCCTGGCGGTTACt > 1:1008974/1‑151 (MQ=255)
gCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACt < 2:1033837/150‑1 (MQ=255)
gCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACt > 2:523664/1‑150 (MQ=255)
gCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTg < 3:395329/151‑1 (MQ=255)
tAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGt > 3:445020/1‑151 (MQ=255)
aaGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGtt < 1:1389776/151‑1 (MQ=255)
gCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGttt > 1:1504815/1‑150 (MQ=255)
cAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGGATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGGTTa > 1:142580/1‑150 (MQ=255)
aGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAAt > 1:1635198/1‑151 (MQ=255)
gAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAAt > 2:1493690/1‑150 (MQ=255)
gAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATg < 1:1443236/151‑1 (MQ=255)
gAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATg < 1:62114/151‑1 (MQ=255)
gAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATg < 1:1524922/151‑1 (MQ=255)
aaaaTCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATgg < 2:1625873/151‑1 (MQ=255)
aaaaTCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATg < 1:1167617/150‑1 (MQ=255)
aaaaTCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATg < 1:601445/150‑1 (MQ=255)
aaTCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑g < 1:913223/151‑1 (MQ=255)
cTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGt > 2:1611771/1‑150 (MQ=255)
ttACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTc < 2:872174/149‑1 (MQ=255)
aCCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTg < 1:811533/150‑1 (MQ=255)
ccccGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTg < 1:997207/149‑1 (MQ=255)
cccGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑gg > 1:155457/1‑143 (MQ=255)
cccGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTg < 1:1373807/151‑1 (MQ=255)
ccGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑g < 1:159994/145‑1 (MQ=255)
cGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGTGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGc < 1:1346913/151‑1 (MQ=255)
aaCCCGGCTGGATGGCGTTTCCGATGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGTTGGCTGGCGTGCTTTTCGGTACGTTACCTATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTACTGGC‑ggcggcgcccgcg > 1:1678596/1‑138 (MQ=255)
aCCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACCGGGGGTGTCTGGCGTGCTTTTAGGGATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGGCCTGGTGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGGA‑GTG‑GTGGAgggg > 1:334935/1‑151 (MQ=255)
cccGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGCGGGTC‑GGG‑Cgggggggg > 1:1233528/1‑151 (MQ=255)
ccGGCTGGATGGCTTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGGTTACTGCGTTTAATCGC‑GGTC‑ATG‑CTCTCGCGGAt < 1:265848/151‑1 (MQ=255)
ccGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑gggtgtgtgggggggg > 4:111276/1‑135 (MQ=255)
tGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATAATGCCGGAGTTGTCCCTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTTATGGC‑GGTC‑GTGACGGGCggggg > 1:566856/1‑145 (MQ=255)
ggATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCcgc < 2:50089/151‑1 (MQ=255)
ggATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCcgc < 2:1072523/151‑1 (MQ=255)
ggATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCcg < 2:204408/150‑1 (MQ=255)
aTGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGt < 1:1655505/151‑1 (MQ=255)
gTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTG‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACtt < 1:393560/150‑1 (MQ=255)
gTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTCGGGG‑CGGGGGGGGGTTGCcgcgg > 2:389731/1‑146 (MQ=255)
gTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTc < 1:228240/151‑1 (MQ=255)
tttCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑GTGggggggggtggcgccgcatt > 2:1183288/1‑135 (MQ=255)
tCTGTTGCGTCTGGTGGAGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGGGGTAAATGGGTAGCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGGG‑GTG‑GGGGCggggggggg > 1:177676/1‑133 (MQ=255)
gTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑Ca < 1:471280/151‑1 (MQ=255)
gCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCTCTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTg < 2:1019278/151‑1 (MQ=255)
cGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGGGGGGGGTGCCGCGGGCTTctcttcgccgg > 2:78986/1‑144 (MQ=255)
ggtggCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACt < 4:403148/150‑1 (MQ=255)
gttgCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTTCCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTCCTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTgg < 1:1049046/148‑1 (MQ=255)
gtggCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTgg < 2:1113160/151‑1 (MQ=255)
ggCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑GTGGGGGGGGGTTTCGCGGACTTTTCTT‑CACcggcgggggcaggg > 2:1114161/1‑143 (MQ=255)
gCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCt < 2:983867/151‑1 (MQ=255)
cGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCtt < 1:1071004/151‑1 (MQ=255)
aCTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCaa < 1:592933/150‑1 (MQ=255)
tGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGGGTGGCCCGGACTTTTCTG‑CCCcggcgggggctggggttcaa > 3:595854/1‑135 (MQ=255)
ggTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGt < 4:417563/150‑1 (MQ=255)
gTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTa < 1:770698/151‑1 (MQ=255)
ggtggctagagTGCTTTTAGGTGTGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGGGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GATC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACATCGCTG‑CACAGGCGGTACTGGGCTTCAAAGtt < 1:679938/138‑1 (MQ=255)
ggCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAAttt < 2:1547487/150‑1 (MQ=255)
ggCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAAtt < 1:1503700/149‑1 (MQ=255)
gCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGc < 1:815810/151‑1 (MQ=255)
tGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCGCTGGGTGCCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGccc < 1:378415/150‑1 (MQ=255)
cTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCccgc < 2:706300/150‑1 (MQ=255)
tttAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCccgcc < 1:943957/149‑1 (MQ=255)
ttAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCgg < 1:654536/150‑1 (MQ=255)
tAGGTATGTTGCATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGa < 1:685742/150‑1 (MQ=255)
gTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGgt < 2:498124/151‑1 (MQ=255)
aTGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGGGGGGGGTGTCGCGGGCTTTCCTGCCCCGGGGGGGGCGGGGGTTCTAAATTAAAAAATTTTCCCCCCggcggggg > 2:910179/1‑145 (MQ=255)
gTTACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTa < 1:350393/150‑1 (MQ=255)
tACATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAAc < 2:1009103/150‑1 (MQ=255)
aCATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAACa < 3:309306/150‑1 (MQ=255)
aCATATCATGCCGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAACa < 4:107483/150‑1 (MQ=255)
ccGGAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAACAATGCATTCCgg < 1:507648/151‑1 (MQ=255)
ggAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAACAATGCATTCCGGcc < 1:549690/151‑1 (MQ=255)
ggAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAACAATGCATTCCGGcc < 1:523583/151‑1 (MQ=255)
ggAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAACAATGCATTCCGGca < 1:917176/151‑2 (MQ=255)
gAGTGGTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAACAATGCATTCCGGCCt < 2:818290/151‑1 (MQ=255)
gTCACTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAACAATGCATTCCGGCCtgcagt < 1:1250426/151‑1 (MQ=255)
|
GCTTCGCTGCTTTACTGGCAGTTGCGTAAGCAGAAAATCTTTACCCCGCAACCCGGCTGGATGGCGTTTCTGTTGCGTCTGGTGGTGGCGGTACTGGTGATGTCTGGCGTGCTTTTAGGTATGTTACATATCATGCCGGAGTGGTCATTGGGTACCATGCCCTGGCGTTTACTGCGTTTAATGGC‑GGTC‑GTG‑CTGGCGGGGATTGCCGCGTACTTCGCTG‑CACTGGCGGTACTGGGCTTCAAAGTTAAAGAATTTGCCCGCCGGACGGTGTAACAATGCATTCCGGCCTGCAGT > NC_000913/1129102‑1129395
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
