Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A3 F50 I1 R1
|
144 |
141.8 |
4677362 |
93.6% |
4378010 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
2,730,879 |
T→C |
noncoding (279/1542 nt) |
rrsG ← |
16S ribosomal RNA of rrnG operon |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 2,730,879 | 0 | T | C | 98.7%
| 167.1
/ NA
| 78 | noncoding (279/1542 nt) | rrsG | 16S ribosomal RNA of rrnG operon |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (38/39); total (39/39) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
ACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCA > NC_000913/2730800‑2731025
|
aCTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGaa < 2:100688/151‑1 (MQ=11)
tgctccCTCCCGTAGGAGTCTGCCCCGTGTCTCAGTTCCAGTGCGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGCGCGCCGTCACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCgcgg > 1:506353/1‑147 (MQ=1)
ctgcCGCCCGTAGAAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCGTGGTGAGCCGATACCCCACCAACAAGCAAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAgg < 1:665870/149‑1 (MQ=11)
tgcCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTcc > 2:1003201/1‑151 (MQ=14)
gcCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTccc > 1:113433/1‑151 (MQ=14)
ccTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCCTCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTGCCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTcccc < 1:1125777/151‑1 (MQ=9)
tCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCct > 2:1317529/1‑151 (MQ=14)
cccGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCctc < 1:640636/151‑1 (MQ=14)
gTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCttt < 1:734062/151‑1 (MQ=14)
gTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCttt < 2:1509337/151‑1 (MQ=14)
gTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCttt < 1:804955/151‑1 (MQ=14)
tAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTg > 1:1717990/1‑151 (MQ=14)
aGGAGTCTGGCCCGTGTCCCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTTAGACCAGCTAGGGAGCGCCGCATTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCttt < 1:1400868/149‑1 (MQ=11)
aGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTgg < 1:869705/151‑1 (MQ=14)
aGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTg < 2:1674081/150‑1 (MQ=14)
aGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTg < 1:423510/150‑1 (MQ=14)
aGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTg < 1:314516/150‑1 (MQ=14)
tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCg > 1:1492113/1‑151 (MQ=14)
tGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCg > 2:1376050/1‑151 (MQ=14)
ggACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTg < 1:1170237/148‑1 (MQ=14)
ggACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCg > 3:221615/1‑150 (MQ=14)
ggACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCg < 4:340350/150‑1 (MQ=14)
ggACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCg > 2:1232617/1‑150 (MQ=14)
ggACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGa < 3:382052/151‑1 (MQ=14)
ggACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGa < 1:140315/151‑1 (MQ=14)
gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAc < 3:96857/151‑1 (MQ=14)
gACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAc > 2:257321/1‑151 (MQ=14)
aCCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGAc > 1:82171/1‑150 (MQ=14)
ccGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTTAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACAt > 2:1535749/1‑151 (MQ=18)
gtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTAt < 2:1020299/150‑1 (MQ=18)
gtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTAt < 1:1674299/150‑1 (MQ=18)
gtCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATg > 1:302598/1‑151 (MQ=18)
tctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGGGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGc > 1:193651/1‑151 (MQ=18)
ctcAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCg > 2:1485538/1‑151 (MQ=18)
ctaaGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAACGACCCCCTCTTTGGTCTCGCGACATTATGc > 1:1143046/4‑150 (MQ=255)
cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGc < 1:265832/148‑1 (MQ=18)
cAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGt < 2:1324047/151‑1 (MQ=18)
gTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTAt < 2:1570679/151‑1 (MQ=18)
gTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTAt > 1:263978/1‑151 (MQ=18)
ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTAtt > 1:1164521/1‑151 (MQ=18)
ttCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTGGCGACATTATGCGGTaa < 1:1431018/150‑2 (MQ=18)
tCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTAtt > 1:382818/1‑150 (MQ=18)
ccAGTGAGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTAtt > 1:275233/1‑149 (MQ=18)
aGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCt > 1:270095/1‑151 (MQ=18)
tgtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTAc > 2:486279/1‑151 (MQ=18)
gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTAcc > 2:273929/1‑151 (MQ=18)
gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTAc < 2:891917/150‑1 (MQ=18)
gtgGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTAc < 2:1585707/150‑1 (MQ=18)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCg < 2:583329/150‑1 (MQ=18)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCg < 2:1591762/150‑1 (MQ=18)
ggCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGt > 3:582163/1‑151 (MQ=18)
gCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGtt < 2:13887/151‑1 (MQ=18)
tGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTc > 2:1220791/1‑151 (MQ=18)
tGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTc > 1:1074022/1‑151 (MQ=18)
ggTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTcc < 2:843435/151‑1 (MQ=18)
ggTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTcc < 2:1005852/151‑1 (MQ=18)
ggTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTcc > 2:244913/1‑151 (MQ=18)
ggTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTc < 1:1139018/150‑1 (MQ=18)
tCATCCTCTCAGACCAGCTGGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTcc > 4:242779/1‑149 (MQ=18)
ctctCAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGtt > 2:1278009/1‑151 (MQ=18)
tctcAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGtt > 2:793643/1‑150 (MQ=18)
cAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTa < 1:1353984/148‑1 (MQ=18)
cAGACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGGGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATcc > 1:1181126/1‑151 (MQ=18)
gACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATcccc > 2:634014/1‑151 (MQ=18)
gACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATcccc > 1:714276/1‑151 (MQ=18)
gACCAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATcccc < 4:121318/151‑1 (MQ=18)
ccAGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCt > 2:1166213/1‑151 (MQ=18)
aGCTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTcc > 2:1026283/1‑151 (MQ=18)
cTAGGGATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCAt > 1:834478/1‑151 (MQ=18)
gggATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATc > 4:514438/1‑149 (MQ=18)
gggATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCa < 1:1420722/150‑1 (MQ=18)
gggATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAg < 2:14611/151‑1 (MQ=18)
gggATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAg < 2:1120506/151‑1 (MQ=18)
gATCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCTGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGc > 1:1430398/1‑151 (MQ=18)
aTCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGc > 2:105441/1‑150 (MQ=18)
aTCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCa < 2:47726/151‑1 (MQ=18)
aTCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCa < 2:411004/151‑1 (MQ=18)
aTCGCCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCa < 1:459355/151‑1 (MQ=18)
|
ACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTCTGGACCGTGTCTCAGTTCCAGTGTGGCTGGTCATCCTCTCAGACCAGCTAGGGATCGTCGCCTTGGTGAGCCGTTACCCCACCAACAAGCTAATCCCATCTGGGCACATCCGATGGCAAGAGGCCCGAAGGTCCCCCTCTTTGGTCTTGCGACATTATGCGGTATTAGCTACCGTTTCCAGTAGTTATCCCCCTCCATCAGGCA > NC_000913/2730800‑2731025
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
