Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F50 I1 R1
|
170 |
39.5 |
1266514 |
99.2% |
1256381 |
150.0 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC |
NC_000913 |
4,284,437 |
(CCA)4→3 |
coding (464‑466/1650 nt) |
actP ← |
acetate transporter |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
NC_000913 |
4284431 = | 1 (0.020) | 42 (1.110) |
39/280 |
0.1 |
97.7% |
coding (472/1650 nt) |
actP |
acetate transporter |
| ? | NC_000913 |
= 4284427 |
1 (0.030) | coding (476/1650 nt) |
actP |
acetate transporter |
TTACTCGCTGGGCTTCCTGGTGGGCTGGCCGATCATTTTGTTCCTGATTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/4284588‑4284431
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtggtggCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGTTCGGCGGCATGCTGGCGACCAC < NC_000913/4284427‑4284289
TTACTCGCTGGGCTTCCTGGTGGGCTGGCCGATCATTTTGTTCCTGATTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCT < 2:289779/150‑1
TACTCGCTGGGCTTCCTGGTGGGCTGGCCGATCATTTTGTTCCTGATTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGG > 1:350641/1‑151
TGGGCTTCCTGGTGGGCTGGCCGATCATTTTGTTCCTGATTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGC > 2:416118/1‑151
TCCTGGTGGGCTGGCCGATCATTTTGTTCCTGATTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTT > 1:129845/1‑150
CTGGCCGATCATTTTGTTCCTGATTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCC > 1:17963/1‑151
TGGCCGATCATTTTGTTCCTGATTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCC > 2:271261/1‑151
CATTTTGTTCCTGATTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTG > 1:538938/1‑151
TTCCTGATTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGC > 1:371210/1‑149
TTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACT > 2:623568/1‑151
CCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGAT > 1:96564/1‑151
CCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGAT > 1:236520/1‑151
CTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGCGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGC > 1:460774/1‑148
GCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTG < 1:207058/148‑1
AACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTG < 2:75418/151‑1
AACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTT < 1:245154/150‑1
ACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGG > 1:335616/1‑151
GGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTA < 1:288284/151‑1
GCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAAC < 2:86385/151‑1
TACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGGGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATC > 2:393244/1‑151
ACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTAT < 1:560570/149‑1
CACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCAC < 2:253019/151‑1
CCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACA < 1:299092/150‑1
TTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTAATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTG > 2:367690/1‑151
TTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATT < 2:324085/149‑1
GCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGG > 2:399133/1‑151
CGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTG < 2:248555/151‑1
GATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGG > 2:569775/1‑151
GGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTG > 1:337024/1‑151
ACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTACCTATCACATTGCGGTGGTGTTGGTCG > 2:217028/1‑147
ACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCG < 1:572440/150‑1
CCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTG < 2:225995/151‑1
ACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATG < 2:388154/151‑1
CAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATG > 1:117564/1‑150
GGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTA < 1:395510/151‑1
ATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCC > 2:458628/1‑151
CGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGT > 2:330347/1‑151
CGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGT > 1:553362/1‑151
GGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGTTCGGCGGCATG > 1:422397/1‑151
CCTGTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGTTCGGCGGCATGCT < 2:335609/151‑1
GTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGTTCGGCGGCATGCTGGC > 1:59882/1‑151
GTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGTTCGGCGGCATGCTG < 2:142535/149‑1
GTGGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGTTCGGCGGCATGCTG < 1:99385/149‑1
GGTTCTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGTTCGGCGGCATGCTGGCGA < 2:129842/151‑1
CTCTGGTGGTGGCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGTTCGGCGGCATGCTGGCGACCAC > 1:22385/1‑151
TTACTCGCTGGGCTTCCTGGTGGGCTGGCCGATCATTTTGTTCCTGATTGCCGAACGTCTGCGTAACCTGGGGCGCTACACCTTTGCCGATGTGGCCTCTTACCGTCTGAAACAAGGGCCGATTCGTATTCTTTCGGCCTGTGGTTCTCTGGTGGTGG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/4284588‑4284431
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tggtggtggCGCTTTACCTTATCGCCCAGATGGTGGGCGCAGGTAAACTGATCGAGCTGCTGTTTGGCCTTAACTATCACATTGCGGTGGTGCTGGTCGGCGTGCTGATGATGATGTACGTCCTGTTCGGCGGCATGCTGGCGACCAC < NC_000913/4284427‑4284289
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
