Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A6 F50 I1 R1
|
11 |
62.7 |
2040825 |
94.6% |
1930620 |
149.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| JC JC |
NC_000913 |
2,628,616 |
IS2 (+) +5 bp |
coding (319‑323/2244 nt) |
yfgF ← |
cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase, anaerobic |
|
| |
seq id |
position |
reads (cov) |
reads (cov) |
score |
skew |
freq |
annotation |
gene |
product |
| * |
? |
NC_000913 |
= 2070271 | NA (NA) | 50 (0.810) |
48/298 |
0.5 |
100% |
noncoding (1/1331 nt) |
IS2 |
repeat region |
| ? | NC_000913 |
= 2628620 |
0 (0.000) | coding (319/2244 nt) |
yfgF |
cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase, anaerobic |
| * |
? |
NC_000913 |
2628616 = | 0 (0.000) | 47 (0.760) |
40/298 |
1.0 |
100% |
coding (323/2244 nt) |
yfgF |
cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase, anaerobic |
| ? | NC_000913 |
2996361 = |
NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) |
IS2 |
repeat region |
CGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2070123‑2070271
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATTTGTAGGATTACTGGCGAGCAGAGAAAATCTGG < NC_000913/2628620‑2628473
CGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAA > 1:660907/1‑150
CCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGC < 1:852827/150‑1
GTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACG < 1:574743/151‑1
TACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGT > 2:342822/1‑151
ACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTT < 1:858549/151‑1
CCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTC > 2:695202/1‑150
TGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGG > 1:471818/1‑151
CGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTG > 2:859071/1‑151
GTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGA < 1:867270/151‑1
TTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGAT < 2:531301/150‑1
GGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTT > 2:469103/1‑151
CCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAA < 1:542318/151‑1
AGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTTGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCACCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATT < 2:333804/149‑1
CATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCA < 2:843662/151‑1
CAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTCGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCG < 1:861873/151‑1
ATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTA < 2:757589/151‑1
TTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGG > 2:632281/1‑151
CTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGC > 1:254827/1‑150
CCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGC > 2:208776/1‑148
CAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGAT < 1:190569/151‑1
AATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATT < 1:641610/151‑1
GACTAGTCTAACAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGTGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTG > 1:493590/1‑151
GACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTG < 1:469093/151‑1
GACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTG > 1:402066/1‑151
ACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGT > 2:981393/1‑151
GTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCC > 2:323808/1‑151
AAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGC > 2:413140/1‑150
AAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTG < 1:930780/149‑1
AAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAA < 1:325303/151‑1
AAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCA > 2:734748/1‑150
AACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACG < 2:643559/151‑1
ATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTG < 1:615790/130‑1
ATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTG > 2:615806/1‑130
TAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCT < 1:857240/150‑1
GACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATA < 1:535941/151‑1
ACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATAC > 2:163517/1‑151
ATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTT < 1:413129/150‑1
TATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGT > 1:640044/1‑151
AAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGC < 2:5761/150‑1
GATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCAT > 2:758034/1‑151
ATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATT < 2:554837/151‑1
TGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATTTGTAGGAT > 1:347649/1‑151
TGTCTGGAGATTCAGGGAGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCATCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAATTTGCTGCATTTGTAGGA < 2:145864/150‑1
GTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATTTGTAGGATT < 1:420541/151‑1
TCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATTTGTAGGATT > 1:267906/1‑150
GGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATTTGTAGGATTA < 2:431450/148‑1
CAGGGGGCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATTTTTAGGATTACTGGCGAGC < 1:192489/150‑1
GCCAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATTTGTAGGATTACTGGCGAGCAGAGAAA < 1:214842/151‑1
CAGTCTAACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATTTGTAGGATTACTGGCGAGCAGAGAAAAT < 1:866535/151‑1
AACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATTTGTAGGATTACTGGCGAGCAGAGAAAATCTGG < 2:168003/149‑1
CGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/2070123‑2070271
‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ACTCCCCGGCGTAACAACGTTTCACATGGTGATACCCGTTTAATTTCCCAGCGTATATTCTGGCAGATTGTGTTTCCTGCAACGCTGTTTCTGATACTTTTCCAGTTTGCTGCATTTGTAGGATTACTGGCGAGCAGAGAAAATCTGG < NC_000913/2628620‑2628473
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 17 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
|---|
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |
GATK/CNVnator alignment
N/A
