Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A1 F50 I2 R1
|
121 |
82.0 |
2593086 |
97.7% |
2533445 |
150.3 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
NC_000913 |
3,079,093 |
A→G |
S80P (TCT→CCT) |
cmtB ← |
putative mannitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | NC_000913 | 3,079,093 | 0 | A | G | 98.0%
| 360.1
/ ‑2.1
| 98 | S80P (TCT→CCT) | cmtB | putative mannitol‑specific enzyme IIA component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (52/44); total (53/45) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 |
GAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGA > NC_000913/3078947‑3079240
|
gAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATAGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATc > 1:291311/1‑151 (MQ=255)
tATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCg > 2:551274/1‑151 (MQ=255)
gtttCGTCTTCGCACAGTAATGGGATAAACGCCTGAATAGCGTGTATGTGCGAATCGGCGTCGGCACCTGAGAATAAAATAAGTAATTTAATTGGTTCTTCATTCCCCGGACAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCg > 1:705107/2‑150 (MQ=255)
aTTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCgg > 1:589273/1‑151 (MQ=255)
aTTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCgg > 1:597161/1‑151 (MQ=255)
aTTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCg < 1:114409/150‑1 (MQ=255)
tcttcttcGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGttt > 2:86760/1‑151 (MQ=255)
tcttcttcGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGtt < 2:750367/150‑1 (MQ=255)
ttcttcGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGtttt > 2:286050/1‑150 (MQ=255)
tcttcGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGtttt < 2:822202/149‑1 (MQ=255)
tcttcGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTa < 2:10696/150‑1 (MQ=255)
tcttcGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTa > 2:260257/1‑150 (MQ=255)
tcGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAgcg > 1:70627/1‑151 (MQ=255)
gCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGcc > 1:998976/1‑151 (MQ=255)
caGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGcccc > 2:433778/1‑150 (MQ=255)
caGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCca < 1:1086460/151‑1 (MQ=255)
aGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCcac > 2:688615/1‑151 (MQ=255)
aTTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTc > 2:1082909/1‑151 (MQ=255)
tCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCg > 1:1166985/1‑151 (MQ=255)
tCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATAcc < 1:732211/150‑1 (MQ=255)
cACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCgg < 2:303638/151‑1 (MQ=255)
aCTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCgg > 1:855389/1‑150 (MQ=255)
ttAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTcg > 2:50750/1‑151 (MQ=255)
ttAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTcg > 1:762087/1‑151 (MQ=255)
tAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAGTAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACCTTCCGGTcgc > 1:196360/1‑151 (MQ=255)
tAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACCCCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTc < 1:1276354/149‑1 (MQ=255)
tAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTcg < 2:1288567/150‑1 (MQ=255)
aaCGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTcgcg > 2:279133/1‑151 (MQ=255)
aaCGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTcgc > 2:1042757/1‑150 (MQ=255)
aCGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGGCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCgcgc > 1:642175/1‑151 (MQ=255)
tGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATg > 2:1139379/1‑149 (MQ=255)
aTAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGc > 1:354578/1‑150 (MQ=255)
gcgcCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTg > 1:1067031/1‑151 (MQ=255)
cAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCAc > 2:577600/1‑151 (MQ=255)
aTGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGc > 1:325221/1‑151 (MQ=255)
aTGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGc > 1:658987/1‑151 (MQ=255)
gtgCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACTCCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCt < 1:607586/151‑1 (MQ=255)
gtgCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCt < 2:836485/151‑1 (MQ=255)
gCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTg < 2:515986/150‑1 (MQ=255)
gAATCGGCATCCGCAGCAGAAAGTACGATGAGCAATTTAATTGGTTCGTCATTGCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAACGCCCGACATTCCGGTGCCGCATGAGGCATTGCCACGCCTgg > 1:964061/1‑149 (MQ=255)
aaTCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGc < 1:732920/151‑1 (MQ=255)
ggcatcggcaGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCg > 2:632244/1‑148 (MQ=255)
catcggcaGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAat > 2:1184834/1‑151 (MQ=255)
tcggcaGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAatat > 1:701699/1‑151 (MQ=255)
cggcaGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAatat < 2:1059191/150‑1 (MQ=255)
gcagAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATataata > 2:724820/1‑149 (MQ=255)
gcagAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATAtaataa < 1:708361/150‑1 (MQ=255)
gagagTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGc < 1:385777/151‑1 (MQ=255)
gTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCAtt < 1:276933/151‑1 (MQ=255)
ccGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTg < 1:27301/150‑1 (MQ=255)
cGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGtt < 1:182055/151‑1 (MQ=255)
gATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGtt > 2:900553/1‑150 (MQ=255)
gAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCTGAAAATAAACTCCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAAtg < 1:57861/151‑1 (MQ=255)
gAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTAGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAAt < 2:649761/150‑1 (MQ=255)
taatttaattGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAAtggt < 2:437641/150‑1 (MQ=255)
aatttaattGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAAtggtgg < 1:1164688/151‑1 (MQ=255)
atttaattGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGa < 2:855426/151‑1 (MQ=255)
atttaattGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGa < 1:1017924/151‑1 (MQ=255)
tttaattGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGa > 1:1092491/1‑150 (MQ=255)
attGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCtt < 2:988301/151‑1 (MQ=255)
attGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCtt < 2:497471/151‑1 (MQ=255)
attGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCtt > 1:952521/1‑151 (MQ=255)
tGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCttt > 1:315456/1‑150 (MQ=255)
tGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCttt > 1:782613/1‑150 (MQ=255)
cGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGc < 2:523964/151‑1 (MQ=255)
gTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGcc < 2:683870/151‑1 (MQ=255)
gTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGcc > 1:164425/1‑151 (MQ=255)
tCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCt > 1:613567/1‑151 (MQ=255)
cATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTg < 1:1262551/151‑1 (MQ=255)
aTTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGa < 2:1029146/151‑1 (MQ=255)
ttCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGa > 1:578727/1‑150 (MQ=255)
tCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAAt > 1:818496/1‑151 (MQ=255)
ccccGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCGAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAAt < 1:419023/150‑1 (MQ=255)
ccccGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATg > 2:969959/1‑151 (MQ=255)
cccGGGAAATAAACACCTTGTTCAAGAAATGTCAAAGGCATCCCGGTCTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCGACGCCTGGAGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATg > 1:90024/1‑150 (MQ=255)
gAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAAtt < 1:1226932/151‑1 (MQ=255)
aaaTAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATtct < 1:720260/151‑1 (MQ=255)
aaaTAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATtct > 1:69741/1‑151 (MQ=255)
aaTAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATtctc < 1:245438/151‑1 (MQ=255)
aaTAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATtctc < 1:577568/151‑1 (MQ=255)
aaTAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATtctc < 2:360091/151‑1 (MQ=255)
aaTAAACACCTTGTTCAAGCAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATtctc > 1:1009979/1‑151 (MQ=255)
aTAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCg > 2:1229721/1‑151 (MQ=255)
aTAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCg > 2:748160/1‑151 (MQ=255)
tAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGc > 1:745384/1‑151 (MQ=255)
aaCACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTg > 1:617738/1‑151 (MQ=255)
cacCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGat < 1:868896/151‑1 (MQ=255)
tGTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGt > 1:203470/1‑151 (MQ=255)
gTTCAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGtt < 1:286037/151‑1 (MQ=255)
cAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGttttt < 2:365321/151‑1 (MQ=255)
cAAGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGttttt < 2:680443/151‑1 (MQ=255)
aaGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGttttt > 2:170622/1‑150 (MQ=255)
aGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTAt < 2:291328/151‑1 (MQ=255)
aGTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTAt < 1:1227702/151‑1 (MQ=255)
gTAATGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATc > 2:766655/1‑151 (MQ=255)
aaTGTCAAAGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATcc > 1:361604/1‑150 (MQ=255)
aaTGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCa < 1:279414/151‑1 (MQ=255)
aaGGCATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGa < 2:86816/151‑1 (MQ=255)
|
GAGTATTTCTTCTTCGCACAGTAATTCACTTAACGCCTGAATAGCGCCAATGTGCGAATCGGCATCGGCAGCAGAGAGTCCGATGAGTAATTTAATTGGTTCGTCATTCCCCGGAAAATAAACACCTTGTTCAAGTAATGTCAAAGACATCCCGGTTTTAAGCGCCCCACATTCCGGTCGCGCATGAGGCATTGCCACGCCTGGTGCGAGAATATAATAAGGGCCATTGTTAATGGTGGAATCTTTAATTGCCTGAATGTAATTCTCGCTGATATAGTTTTTATCCAGCAATGA > NC_000913/3078947‑3079240
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
