Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,493,440 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,493,440 | 0 | A | T | 99.5%
| 974.8
/ NA
| 406 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (210/193); minor base G (1/1); total (212/194) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,493,441 | 0 | G | C | 99.5%
| 969.6
/ NA
| 406 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (211/192); minor base A (1/1); total (212/194) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,493,442 | 0 | T | A | 99.8%
| 972.7
/ NA
| 406 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (211/194); minor base C (1/0); total (212/194) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 406 total aligned reads displayed.
CTGCATAACGCATCTCAGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGAGTATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGG > CP042583/1493167‑1493720
|||
cTGCATAACGCATCTCAGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTgg > 1:2159447/1‑289 (MQ=255)
ctcAGTTAGGCAACATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGACTGGTTTAGGGGGGTGCATAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGACATGAGTGTTCCGCAGCTGGTCCTGTCCGTTATCCCGAACAACCCGTTCGCCGATCTTACCGGAGCCATTCCGACGTCAATTATTAGCGTGGTAATTCTTGCCg > 2:1945837/1‑288 (MQ=255)
ctcAGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGc > 2:782297/1‑289 (MQ=255)
ctcAGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGc > 1:157433/1‑289 (MQ=255)
ctcAGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGCCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGGGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCg > 2:244678/1‑288 (MQ=255)
tcAGTTAGGCAAATTCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCa < 2:2095593/289‑1 (MQ=255)
tcAGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACACTCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCa < 1:1285704/289‑1 (MQ=255)
aGTTAGGCAAAATCAGTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCAt > 2:1578584/1‑288 (MQ=255)
tgggCAAAATCCGTTTTCTGGCCGTCGGTACGCGTTTGTTTACCCCGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGATGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCt < 2:295543/287‑1 (MQ=255)
ggCAAAATCAGTTTTCTTACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACTACCCTGTCTGCTTTTACGGCTGAGAGTCTGCCTCAGCGTGGTGCAGAAACTGCTCGCCTGAACGACACTGTAAGCAACTATGTTGGTACAGTCTCTGATCTGAGCGTTCGCCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAACAAACCTTCTGCCGATCTTACCGGAATGAAGCCGAGCCAAATTATCACAGAGGTACGTTCTGCCGCATTcc > 2:1497690/1‑286 (MQ=255)
cAAAATTAGTTTTCTGACCGTCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATGGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTAACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCgg < 2:407527/288‑1 (MQ=255)
gTTTTCTGACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGc < 2:126185/289‑1 (MQ=255)
gACCATCGGTACGCTTTTGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGaaa < 1:2248033/289‑1 (MQ=255)
ttttGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGgatg < 1:1717781/288‑1 (MQ=255)
tGTTTACCACGCTGATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCTCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAACAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCAAATCCGACGTCAATTATCATCGTGGTATGTTTTGCCGCATTTCTCGTCGTAGCCTCATTGAAACTGCTGCACGatgatg > 2:752855/1‑288 (MQ=255)
gATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGaa < 2:339514/289‑1 (MQ=255)
gATTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGaa < 1:1197614/289‑1 (MQ=255)
aTTGCGGCGCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAAc > 2:619189/1‑289 (MQ=255)
ttGCGGCGTGGGTGGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAAc < 2:2208993/288‑1 (MQ=255)
ggcgCTGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTCGCTGCATTGAAACTGCTGCAGGTTGATGCGCCGAAGGGTGACcgcg > 2:1817621/1‑287 (MQ=255)
tGGTCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGTTGACGGATGATGCGCCGACAGGCGAACGCGttttgt > 2:1097025/1‑286 (MQ=255)
tGGTCGGTGGGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAg < 1:1817621/288‑1 (MQ=255)
ggtataagagacagcACCAACCTGGTTGGTTTGACGGCGTAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCTACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCg < 1:766641/275‑1 (MQ=255)
tCGGTGTGCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGAAGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCg < 1:32713/288‑1 (MQ=255)
tgtgCTGGTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTAt < 2:1928007/288‑1 (MQ=255)
tggtacccAACCTGTTTGGTTTGCCGGCTTACGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAACCTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAGCTATGTTGTTAAAGTCTCTGATCTGCGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATGATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATa < 2:698559/282‑1 (MQ=255)
gTCACCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGcc < 1:751337/276‑1 (MQ=255)
aCCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCg < 2:1204713/280‑1 (MQ=255)
aCCAACCTGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTAc > 1:2194407/1‑289 (MQ=255)
tGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCGGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTg < 2:721971/289‑1 (MQ=255)
tGTTTGGTTTGACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTg < 1:2102688/289‑1 (MQ=255)
gtttggttggACGGCTGAAGGTCTGGTTCCGGGTGGTGCAGAAACGGCACGTCCGAAAGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGTGCGTTCAGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATACCGAAAAACCCGTTGGCCGATCTTGCCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTgg < 2:165328/289‑1 (MQ=255)
tttggtttgACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTAAAAAGCTggg > 2:810345/1‑289 (MQ=255)
tttgACGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTTAGCGTTCAGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGCAAGGTGAACACGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGtgatg > 2:955576/1‑289 (MQ=255)
cGGCTGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCACTTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGaa > 1:650257/1‑286 (MQ=255)
tGAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGt < 2:1178223/288‑1 (MQ=255)
gAAGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCt > 2:489355/1‑188 (MQ=255)
aGGTCTGGTTCAGGGTGGTGCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCg < 2:2071985/288‑1 (MQ=255)
tCAGGTGGGTGCAGAAACTGCCAGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATg < 2:1300052/289‑1 (MQ=255)
ggtgCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTg < 1:501174/288‑1 (MQ=255)
gtgCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGa > 1:2130499/1‑288 (MQ=255)
tgcggtaaatGCACGTCTGAACGCACTTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTTTCTGATCTGAGCGTTCCGAAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGTTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGAc < 2:160635/279‑1 (MQ=255)
tgCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAAc > 1:1668007/1‑218 (MQ=255)
tgCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATCCCTTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTGGCCTGGTCATGCAGTTGAc > 2:1899385/1‑288 (MQ=255)
tgCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGAc > 1:1937633/1‑288 (MQ=255)
tgCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGAc > 2:438119/1‑288 (MQ=255)
tgCAGAAACTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGAc > 2:843147/1‑288 (MQ=255)
aaaCTGCACGTCTGAACGCCATTGAAAGTAACTATGTTGGTAAAGTCTCTGATCTGAGCGTTCCGCAGCTGGTCTTGTCCTTTATCCCGAAAAACCCGTTTGCCGATCTTACCGGAGCCAATCCGACGTCAATTATCAGCGTGGTAATTTTTGCCGCATTCCTCGGCGTAGCTGCATTGAAACTGCTGAAGGATGATGCCCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCta > 1:1039614/1‑287 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A