Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,517,354 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,517,354 | 0 | A | T | 99.2%
| 616.8
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (127/131); minor base G (2/0); total (129/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,517,355 | 0 | G | C | 99.6%
| 616.5
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (128/131); minor base A (1/0); total (129/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,517,356 | 0 | C | G | 99.6%
| 608.0
/ NA
| 260 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (129/130); minor base T (0/1); total (129/131) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
GTTTTTGATCACCTTTGCCAATGCGAGCCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGAGCTGGACCAGTAGCATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTAGTATACGTTTTCGCAGCTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCG > CP042583/1517074‑1517630
|||
gTTTTTGATCACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGtttttt > 1:1926494/1‑289 (MQ=255)
ttGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCGGTCGGTTATTTCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCACCTATGCTGCCGGGTTTACTTCAATCCGTTTTTGCTCGTTTTTTATCGCCCCCGTGCt > 2:1436282/1‑289 (MQ=255)
tgcgtcgcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTTTGATGCCGGTTTGACTTAACTACGTTTTCGCTAGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGTTcct > 2:791628/8‑287 (MQ=255)
gcgtcgcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAACCACACAATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTTCCGGTTTGACTTCAATCCGTTTTCGCGCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCTGt > 2:1874766/7‑289 (MQ=255)
gcgtcgcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGt > 1:1355712/7‑289 (MQ=255)
cgcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTAcc < 2:1360320/287‑1 (MQ=255)
gcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCg > 2:808839/2‑289 (MQ=255)
gtgttGGGGCGTTCGGGGGCGGCTTGGTGTCGTGGACCGGTTGGATGGCCGGCGCGGCGTTGGGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGc < 2:1165941/286‑1 (MQ=255)
cgcgTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTAtt > 1:2116506/1‑289 (MQ=255)
gcTTGCTGTCGTGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTgggc > 2:201733/1‑289 (MQ=255)
tgtcgtGGACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTgggcg < 2:1685493/279‑1 (MQ=255)
gACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTa > 1:1141290/1‑289 (MQ=255)
accagttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTa < 1:1742219/279‑1 (MQ=255)
cagttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACa > 1:2026361/8‑289 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCCACTCTTGTTTATTCCTGGGCGGGGCGCATGTTAACAgg > 2:1543367/6‑289 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTcc > 2:1106337/6‑266 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGgcagc > 2:102927/6‑278 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGgcagc < 1:102927/273‑1 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAgg > 1:1870312/6‑289 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAg > 2:386293/6‑288 (MQ=255)
ttggaTGGCCGGGCCGGGGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAgg < 2:1141290/284‑1 (MQ=255)
gacggcgggcgTGGCGCTGTGCTTTGTTATCGACAGAGTGATGGGCCGAGGAGTCGTGGACAAAATGACCGGCAAATCAGGGCTTGACAGTATGTACGTCTTTATCACTCGCTACGGGAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTTCGGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTAGTCCTGGGCGAGCAGCATGTTAACAGGCGGt < 2:1296931/286‑1 (MQ=255)
tGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAATcggcgga > 1:1669351/1‑286 (MQ=255)
tGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGt > 2:2237272/1‑287 (MQ=255)
cggcgcggcgCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTc < 2:155434/289‑1 (MQ=255)
ggcgcggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCGGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACGCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGGCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCATCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTAAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCGGGGCGGGCAGGATGTTAACAGGTGGTACtg > 2:756459/1‑285 (MQ=255)
ggcgcggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTgggcgggc > 1:413106/1‑264 (MQ=255)
ggctcttggcgtttttACAGCCGGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGTTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGtt < 2:1842396/277‑1 (MQ=255)
tgtgCTTTTTTATCGCCAGGGTGAGTGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTACCCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCa < 2:1461639/288‑1 (MQ=255)
tgCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTgggcgggc < 2:2189270/252‑1 (MQ=255)
tgCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTgggcgggc > 1:2189270/1‑252 (MQ=255)
tgCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGGTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCg > 1:500509/1‑289 (MQ=255)
tcTTTTTTTTGGCCGGATGAATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAACCCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCCCTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCgg < 2:1992217/288‑1 (MQ=255)
gCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCgg < 1:902682/289‑1 (MQ=255)
tCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGC‑TTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTAtt > 1:1438535/1‑289 (MQ=255)
gTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGt < 1:1336265/286‑1 (MQ=255)
gttGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAACCCGGGCTTGAACGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGc < 2:1926494/286‑1 (MQ=255)
aTGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATGCGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGccc > 2:510790/1‑289 (MQ=255)
ggCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGt < 1:2147762/280‑1 (MQ=255)
ggCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGt > 2:2147762/1‑280 (MQ=255)
cgcgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCg > 1:390054/1‑289 (MQ=255)
cgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGAc < 2:1076376/263‑1 (MQ=255)
cgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCgtg > 1:1753321/1‑289 (MQ=255)
cgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGGACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCgtg > 1:1265324/1‑289 (MQ=255)
gtggAAAAATTAACCTGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTTACCGTGGTGAttt > 1:537479/1‑289 (MQ=255)
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aaaaTTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATg < 1:2004356/289‑1 (MQ=255)
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ataCGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCg < 1:1565536/289‑1 (MQ=255)
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GTTTTTGATCACCTTTGCCAATGCGAGCCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGAGCTGGACCAGTAGCATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTAGTATACGTTTTCGCAGCTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCG > CP042583/1517074‑1517630
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
