Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A4 F210 I1 R1
|
4930 |
262.8 |
3829204 |
96.6% |
3699011 |
272.9 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,517,354 |
3 bp→TCG |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,517,354 | 0 | A | T | 99.6%
| 565.9
/ NA
| 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (120/119); total (121/119) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,517,355 | 0 | G | C | 100.0%
| 565.0
/ NA
| 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (121/119); total (121/119) |
| * | CP042583 | 1,517,356 | 0 | C | G | 100.0%
| 572.9
/ NA
| 240 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (121/119); total (121/119) |
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
TTTTGATCACCTTTGCCAATGCGAGCCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGAGCTG‑GACCAGTAGCATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTAGTATACGTTTTCGCAGCTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGG > CP042583/1517076‑1517634
|||
ttttGATCACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTAt < 1:737398/289‑1 (MQ=255)
tttGATCACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTa > 2:768017/1‑287 (MQ=255)
tttGATCACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATc > 1:164990/1‑289 (MQ=255)
tttGATCACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATc < 1:784838/289‑1 (MQ=255)
tCACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCAc < 2:1485945/289‑1 (MQ=255)
cACCTTTGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCAcc > 2:390421/1‑289 (MQ=255)
tttGCCAATGCGTCGCTGTTTGGCGGGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGc < 1:1742383/289‑1 (MQ=255)
atgcgtcgcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACTAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCa > 1:1780254/9‑289 (MQ=255)
gcgtcgcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGGTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCCGGCTTGGTCAGt > 1:212541/7‑289 (MQ=255)
tcgcTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTa > 1:1346980/4‑288 (MQ=255)
tGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGc < 2:1768306/289‑1 (MQ=255)
ggCGCGTTCTGGGGCGGTGTGCT‑TGCGGTGACCATTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTTTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCTAAGTGGTGGAAAAATTAACCGTCAAAACCGTTCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTa < 2:1171108/289‑1 (MQ=255)
ggCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTa < 1:1054241/289‑1 (MQ=255)
cgcgTTCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTAtt > 1:1437230/1‑289 (MQ=255)
tCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTa > 1:84628/1‑289 (MQ=255)
tCTGGGGCGGCTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTa > 1:1194355/1‑289 (MQ=255)
gcTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATTGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTAGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTgggc > 1:1010146/1‑289 (MQ=255)
cTTGCTGTCGTG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTgggcg > 2:1752071/1‑289 (MQ=255)
tgctggcgtG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAGCCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTgggcggg < 1:1029339/281‑1 (MQ=255)
tG‑GACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGt > 1:637163/1‑289 (MQ=255)
gACCAGTTCGATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGTGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTa > 1:342154/1‑289 (MQ=255)
cagttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACa > 1:956392/8‑289 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAgg > 1:1298921/6‑289 (MQ=255)
gttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAgg > 1:179809/6‑289 (MQ=255)
ttcgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAgg < 2:951068/284‑1 (MQ=255)
tggaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTGTCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTGTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCg < 1:1154127/286‑1 (MQ=255)
tcgaTGGCCGGCGCGGAGCGGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGTGGAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCg < 2:1261523/286‑1 (MQ=255)
cgaTGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCgg < 1:762766/287‑1 (MQ=255)
cggcgcggcgCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACtt > 2:443166/1‑287 (MQ=255)
ggcgcggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACtt > 2:75991/1‑286 (MQ=255)
ggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGtt < 1:1338357/288‑1 (MQ=255)
ggcgcTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGtt < 1:153321/288‑1 (MQ=255)
gCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCgg < 1:918922/289‑1 (MQ=255)
tCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTAt < 2:1614222/289‑1 (MQ=255)
tCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTAt < 1:1450411/289‑1 (MQ=255)
cAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTg < 1:391993/289‑1 (MQ=255)
agTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCCGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGttt > 2:1167350/1‑289 (MQ=255)
gATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGc < 2:1850707/288‑1 (MQ=255)
gggCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTg > 1:538784/1‑289 (MQ=255)
ggCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTg > 1:1092611/1‑288 (MQ=255)
cgAAGTGGTGGAGAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCGTGACCgtg > 2:263744/1‑289 (MQ=255)
cgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATTGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCgtg > 2:227155/1‑289 (MQ=255)
cgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCTGTACTTTCTGGTTTGTTACCCGCCGGGTTATTTTTTTTTCCCTTAcctgg > 2:1454742/1‑286 (MQ=255)
cgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCgtg > 2:89998/1‑289 (MQ=255)
cgAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCgtg > 1:271623/1‑289 (MQ=255)
aGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCgtggt < 1:610757/288‑1 (MQ=255)
gtggAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTTCAATACGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTGTTTACCGGACTGTTTCTCCTGTTTGTCTTGCCCGTGGTGtttt > 2:500614/1‑289 (MQ=255)
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gacttcaataCGTTTTCGCTCGTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTa < 1:1334361/278‑1 (MQ=255)
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TTTTGATCACCTTTGCCAATGCGAGCCTGTTTGGCGCGTTCTGGGGCGGCTTGCTGAGCTG‑GACCAGTAGCATGGCCGGCGCGGCGCTGTGCTTTTTTATCGCCAGAGTGATGGGCCGCGAAGTGGTGGAAAAATTAACCGGCAAAACCGTGCTTGACAGTATGGACGGCTTTTTCACTCGCTACGGCAAACACACCATTCTGGTCTGTCGGTTATTGCCTTTTGTCCCTTTCGATCCAATCAGCTATGCTGCCGGTTTGACTAGTATACGTTTTCGCAGCTTTTTTATCGCCACCGGGCTTGGTCAGTTACCGGCAACTATTGTTTATTCCTGGGCGGGCAGCATGTTAACAGGCGGTACTTTCTGGTTTGTCACCGGACTGTTTATTCTGTTTGCCCTGACCGTGGTGATTTTTATGGCGAAGAAAATATGGCTTGAACGCCAGAAGAGGAATGCCTGATGGGTTTACCGCCGCTTAGCAAAATTCCTTTAATTTTACGTCCACAGGCGTGGCTGCATCGTCGCCATTACGGCGAGGTGCTAAGCCCCATTCGCTGG > CP042583/1517076‑1517634
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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A