Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,548,274 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,548,274 | 0 | G | C | 99.7%
| 747.8
/ NA
| 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (163/149); total (164/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,548,275 | 0 | C | G | 99.7%
| 738.1
/ NA
| 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (163/149); total (164/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
| * | CP042583 | 1,548,276 | 0 | T | A | 99.7%
| 742.6
/ NA
| 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (162/149); total (164/149) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
TTACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGGCT‑CCAGTAAGCGGTAATACTAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAA > CP042583/1548000‑1548549
|||
atACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGt > 1:1880653/2‑289 (MQ=255)
atACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGt > 2:1012625/2‑289 (MQ=255)
atACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGt > 1:563650/2‑289 (MQ=255)
ttCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATcc > 1:1976662/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGc > 1:73103/1‑289 (MQ=255)
tCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGATATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTCACCGTACTGGGCAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCCTGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGAACGCCACTGTCCTTCCCTTTGAAGCAAAG‑GGGCTACCAGTACGCGGTAATGGAAAGTTTATCCGTTGc > 2:1749177/1‑289 (MQ=255)
cTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGGCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCg < 2:1281974/289‑1 (MQ=255)
ggTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTc > 2:180388/1‑289 (MQ=255)
cGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGTGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCca < 2:1046480/289‑1 (MQ=255)
gCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCcac < 1:1266875/289‑1 (MQ=255)
gCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCcac < 1:255952/289‑1 (MQ=255)
ttCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGgt > 1:2050564/1‑289 (MQ=255)
acacCAAACCCCGGAGGCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAAGCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAaccac < 1:1491424/289‑1 (MQ=255)
cccGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGt < 2:1693988/236‑1 (MQ=255)
ggAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCAc > 2:1617742/1‑289 (MQ=255)
ggAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCAc < 1:992525/289‑1 (MQ=255)
aGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAg < 2:1116910/227‑1 (MQ=255)
aGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAg > 1:1116910/1‑227 (MQ=255)
aGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACgg > 1:1469671/1‑289 (MQ=255)
aCGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAacca > 2:488725/1‑270 (MQ=255)
aCGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAacca < 1:488725/270‑1 (MQ=255)
aCGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAacca > 2:2178793/1‑270 (MQ=255)
gCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGACACGGAACCAGaa > 1:419099/1‑285 (MQ=255)
gTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCGTTGAAGTAAAGCGGCGC‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAAGTAGTTACCACCACCTAATCCACGGAACCAGAAGTTACTGCCt > 2:2189082/1‑289 (MQ=255)
gtAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAg < 2:1144022/289‑1 (MQ=255)
aCGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTg < 1:1617742/289‑1 (MQ=255)
aaaggcAACCCGCCCATACCCCAGACGAGGCCGTTGCTGTTATCCAGCGTAACGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGACATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGGAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTg < 2:2075425/283‑1 (MQ=255)
aCAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTa > 1:1303790/1‑288 (MQ=255)
cAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTAt > 2:858109/1‑269 (MQ=255)
ccAGGCCATATCCCAGACGACGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGt > 2:1356790/1‑289 (MQ=255)
cAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTa < 2:716926/289‑1 (MQ=255)
gCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAATGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTg > 2:286156/1‑289 (MQ=255)
aGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATc > 2:215948/1‑289 (MQ=255)
tGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATc > 1:60285/1‑289 (MQ=255)
tGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATc > 1:1383706/1‑289 (MQ=255)
gCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg < 1:2114013/289‑1 (MQ=255)
gCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCg > 2:21005/1‑289 (MQ=255)
gCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAACCCACGGAAGCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGCTTACCGGTACTTGGTAAACATCGGTAtgg > 1:792455/1‑287 (MQ=255)
cGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGTAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGt < 1:1749177/288‑1 (MQ=255)
tGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAAt < 1:1213906/288‑1 (MQ=255)
gTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCTGTACTGGGTAAACATAGGTATAGTAATCTTta > 2:56919/1‑289 (MQ=255)
gTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTta < 1:947922/289‑1 (MQ=255)
ttATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACgg > 1:2188070/1‑222 (MQ=255)
ggTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGgtg < 2:1880653/288‑1 (MQ=255)
tCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCa > 2:1243573/1‑288 (MQ=255)
tCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGA‑CCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAACCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCa > 1:1827247/1‑288 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
