Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A5 F210 I1 R1
|
4929 |
268.4 |
3907572 |
96.3% |
3762991 |
273.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,548,274 |
3 bp→CGA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,548,274 | 0 | G | C | 100.0%
| 679.4
/ NA
| 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (146/138); total (146/138) |
| * | CP042583 | 1,548,275 | 0 | C | G | 99.7%
| 667.4
/ NA
| 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (145/138); total (146/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,548,276 | 0 | T | A | 99.3%
| 671.1
/ ‑3.6
| 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (145/137); minor base C (1/1); total (146/138) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
TTACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGGCTCCAGTAAGCGGTAATACTAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAATCTTTATATGGGTGTTCAACGACACCTACGCCTGCGCCCAGGGAAAATTTACCTTCAGCGTGCGCTACGCCTGCAGACGTTGCGATAAGCACTCCAAGTGCCAGAAGTTTGAGTTTGGTCACAATTAATCATTCCTTAAACAA > CP042583/1548000‑1548549
|||
atACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGt > 1:1053396/2‑289 (MQ=255)
atACGCCATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGt > 1:25665/2‑289 (MQ=255)
cATAATAGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAAttg < 1:1349466/288‑3 (MQ=255)
taGTATTCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGTTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAGGCGGGAAttgaaagtt > 2:127667/1‑281 (MQ=255)
ttCGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATcc > 1:1340632/1‑289 (MQ=255)
cGTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGt > 2:1120523/1‑289 (MQ=255)
gTTCTGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGtt > 1:1132920/1‑289 (MQ=255)
tGGTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGt < 1:187382/289‑1 (MQ=255)
ggTTTTCGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTc > 1:911592/1‑289 (MQ=255)
cgcgGTTCCACTGCAAACCAAACCCCGGGGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCca < 2:1925622/289‑1 (MQ=255)
cGCTGTTCCACTGCACACCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCca < 2:179510/289‑1 (MQ=255)
cacaCCGAAACCCGGAGTCACGGTTAGGCAACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTAGCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAa‑cca < 2:632280/289‑1 (MQ=255)
cacaCCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAa‑cca < 2:504413/289‑1 (MQ=255)
acacCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAa‑cca < 2:1755118/288‑1 (MQ=255)
acacCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAa‑cca < 1:1857696/288‑1 (MQ=255)
cacCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATACGACAGACCAGCCATCCTGGTGCTATTACGGTCATCCAGGTGATGGATTTGGTGATCGACACTGTCTTTCGATTTTAAGTCAAGCGGCGACCAGCAAGCGGAAATTGAAAGTTTATCCGGTGCTGCATTCAACAGGTAG‑Aa‑ccatac > 2:1046948/1‑286 (MQ=255)
cacCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAa‑ccacc > 2:435923/1‑289 (MQ=255)
cacCAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAa‑ccacc > 2:1349875/1‑289 (MQ=255)
cAATACCCGGAGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAa‑ccaccac > 1:208354/1‑288 (MQ=255)
cccGGAGTCCCGGTCAGGCCACCGTTGGTGCAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTAACGCCAGCCAGGGTGGTACGCGTGTAACCGTACTGGGTCAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATTGTGCTCTTACGGGCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGACTTGCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACGAGTACGCGGGAATTGAAAGTTTTAGCGTGTGGACATTCCATAGGTAGTAA‑CCCCCACCTaaac > 2:782988/1‑287 (MQ=255)
aGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTGTCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCAt < 1:108812/257‑1 (MQ=255)
aGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAgg < 2:1664384/265‑1 (MQ=255)
aGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACgg > 2:1262878/1‑289 (MQ=255)
aGTCACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACgg > 2:861166/1‑289 (MQ=255)
cACGGTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCAc < 2:1656047/284‑1 (MQ=255)
ggTCAGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAg < 1:204647/289‑1 (MQ=255)
ggTCAGGCCACCGTTGGTGTAAAGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAg < 1:1432065/289‑1 (MQ=255)
aGGCCACCGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCAGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGt > 1:692460/1‑289 (MQ=255)
cGTTGGTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCg > 1:417253/1‑287 (MQ=255)
ggTGTAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCa < 1:1305163/289‑1 (MQ=255)
gtgtAACGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCg > 2:1604560/1‑226 (MQ=255)
aCGATACAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTg < 1:1192756/289‑1 (MQ=255)
cAACCAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCCGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGACAGTTTATCCGTGGCGTCATTCCCCAGGTACTAA‑CCACCACCTAAGCACCGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTAcc > 2:1808218/1‑289 (MQ=255)
cAGGCCATATCCCAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTa < 1:666273/289‑1 (MQ=255)
cccAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAAc < 1:1461451/289‑1 (MQ=255)
ccgACCATGCCGTTGCTGTTGTCCAGGGGATCGACAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACAt < 2:806222/287‑1 (MQ=255)
cAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACAt < 1:1503514/289‑1 (MQ=255)
cAGACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACAt < 1:1662436/289‑1 (MQ=255)
gACGATGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCg > 1:672868/1‑289 (MQ=255)
aTGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTg > 1:468337/1‑261 (MQ=255)
tGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATc > 1:1374687/1‑289 (MQ=255)
tGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATc > 2:275410/1‑289 (MQ=255)
tGCCGTTGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATc > 2:1709167/1‑289 (MQ=255)
cGTTGCTGTTAGACAGGGTATCGCACGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGTCCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTa < 2:1422958/289‑1 (MQ=255)
tGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAAt < 2:1390245/288‑1 (MQ=255)
tGCTGTTATCCAGGGTATCGCCAGCCAGGGTGGTACGCAGGTAACCGTACTGGGTAAAGTGAGCATAAGACAGACCAGCCATCATGGTGCTCTTACGGTCATCCAGGTGACGCATTTGGTGATCGCCACTGTCTTTCGCTTTGAAGTAAAGCGGCGACCAGTAAGCGGTAATTGAAAGTTTATCCGTTGCGTCATTCCACAGGTAGTAA‑CCACCACCTAAGCCACGGAACCAGAAGTTATCGCCTTCATAGTTGATTACCGGTACTGGGTAAACATCGGTATCGTAAt < 1:435923/288‑1 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
