Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A0 F0 I1 R1
|
4926 |
296.4 |
4517418 |
96.8% |
4372860 |
264.2 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
annotation |
gene |
description |
| RA |
CP042583 |
1,555,223 |
3 bp→TCA |
intergenic (–/–) |
– / – |
–/– |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | CP042583 | 1,555,223 | 0 | A | T | 99.0%
| 680.3
/ NA
| 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (126/160); minor base G (0/3); total (126/163) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.60e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,555,224 | 0 | G | C | 99.3%
| 676.4
/ NA
| 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (125/161); total (126/163) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| * | CP042583 | 1,555,225 | 0 | T | A | 99.0%
| 670.4
/ NA
| 289 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (124/161); minor base C (2/1); total (126/163) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
TTATTATTTTTTGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTAGTATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCAGTACCTTGATTCACAGCTTTCTGAACTGGAAAAGTCTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGCCGCGGGTCTGGTTAGCCTGATTGTGGGGAAACAGTAATTATTGCCGCGGGTCTGGTTTCGCACTTTGTGGGGAAACAGTAGTTAATCTCGCAATATATCGGCCTGGCGTTTGCCCCAGGCCTT > CP042583/1554944‑1555503
|||
tattTTTTTGCAAGGAAACCTCGATGTTTTATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGTGTTAGCTTCGCTGTGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGAt < 1:912083/289‑1 (MQ=255)
ttttGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGTACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCa > 1:347946/1‑289 (MQ=255)
ttttGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCa > 1:1445951/1‑289 (MQ=255)
ttGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGt < 1:1179131/289‑1 (MQ=255)
ttGGCAAGGAAACCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGt < 1:800684/289‑1 (MQ=255)
aaCCACGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGAt < 1:301959/288‑1 (MQ=255)
cGATGTTTGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGtctc < 2:407939/289‑1 (MQ=255)
gtGATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAGCACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCctggc < 1:2201622/287‑1 (MQ=255)
gATGTCACTTTGCTGATCCTGCTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATACTCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCctggctgg > 2:896163/1‑289 (MQ=255)
cTCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGAtt > 2:1182301/1‑255 (MQ=255)
tCGGGTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGGGGGCGCGGCGTGACGTTAAt > 1:1810589/1‑289 (MQ=255)
gTTAGCTGCGCTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCctggc < 2:78359/260‑1 (MQ=255)
tAGCTGCGCTTGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGcag < 1:12659/289‑1 (MQ=255)
cTGGGCTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGc > 2:1412051/1‑289 (MQ=255)
cTTTATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACt < 1:154609/288‑1 (MQ=255)
tATCAGTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTc > 1:1421996/1‑289 (MQ=255)
gTCATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCgg > 2:463436/1‑289 (MQ=255)
cATAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCg < 1:1281587/286‑1 (MQ=255)
cATAAACCCCCTGTCGCCTTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCg < 2:1465143/286‑1 (MQ=255)
tagacccacTTTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCAGTGTCCGAGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTGCCGTGGATTGAAAAAGAGGGGCTAAGTATCGGGATAAGCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGgctg < 2:2097385/284‑1 (MQ=255)
tAACACCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGgctg < 1:837213/289‑1 (MQ=255)
acacCACTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGgct > 1:1024953/1‑286 (MQ=255)
ccacTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGt < 1:2047234/289‑1 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTCGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGGTGGCGCGGCGTGCCGGTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGtcg > 2:440518/1‑287 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGCTTGTCGCCTGGCTGGGTGGGCGGGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCACCTGCTCGCCGGGCTGCGGGTAg > 2:159618/1‑289 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGtc > 2:1046234/1‑219 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGtc < 1:1046234/219‑1 (MQ=255)
acTGTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAg > 2:1313936/1‑289 (MQ=255)
gTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCa < 1:1589000/289‑1 (MQ=255)
gTCGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCa < 1:389441/289‑1 (MQ=255)
cGCCGTTTCAATTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACt < 2:632444/289‑1 (MQ=255)
gtttcaaTTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCATTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTGTCCTGGCTGGGTGGGCGCGCCGTGACGTTAATGGTCAGCCAGCGGCCACTGGCGGCCGGGCGGCTGGTAGGAACTGttt > 2:1376845/7‑289 (MQ=255)
tcaaTTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCTCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCCACGGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGcccgtgttgag > 2:1152357/4‑279 (MQ=255)
tcaaTTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCAATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAg < 2:646967/286‑1 (MQ=255)
catttCTGTTTTTATTAATTGTCCGCGTCAACCCGTTAGGAACCTTTTGTCCGTGGATTGAAAAGCAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATGCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAgg < 2:1168724/286‑1 (MQ=255)
aTTCTGGTGTTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCg < 1:1980613/289‑1 (MQ=255)
gtgtTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTg < 1:33822/181‑1 (MQ=255)
gtgtTAATCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAgc > 2:890637/1‑287 (MQ=255)
tCATTGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTcg < 2:1866574/289‑1 (MQ=255)
tGTCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCgcggc > 1:1160778/1‑289 (MQ=255)
tCCGCGTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGt > 1:1885805/1‑289 (MQ=255)
gTCACACCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCctggc < 1:1534206/187‑1 (MQ=255)
acCGTTAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTgg > 2:1649384/1‑288 (MQ=255)
ttAAGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGcc > 1:1367468/1‑287 (MQ=255)
aGCACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCGGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTTGTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGATTa > 2:1057722/1‑289 (MQ=255)
cACCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGGGGCCGTCCGGTTGGGCCGCTtttt > 2:750939/1‑289 (MQ=255)
aCCTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATGCACCGGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTTGGCGTGATTGTCTCCTGGTAGGGTGGGCGCGGCGCGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGGCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTGTTAGGCGTAGCGGTGGTTCGCGGCGTACCGGTTGGGctgatgagtg > 2:294153/1‑280 (MQ=255)
cTTTTTTCCGTGGATTGAAAAACAGGGGCTAAGTATCGGGATAATCATTCTGACGATTGGCGTTATGGCCCCCATCGCCAGCGGGACGCTACCGCCCTCAACCTTGATTCACTCGTTTCTGAACTGGAAATCACTGGTGGCGATTGCAGTAGGCGTGATTGTCTCCTGGCTGGGTGGGCGCGGCGTGACGTTAATGGGCAGCCAGCCGCAACTGGTCGCCGGGCTGCTGGTAGGCACTGTTTTAGGCGTAGCGCTGTTTCGCGGCGTACCGGTTGGGCCGCTTATTGcc > 1:114147/1‑289 (MQ=255)
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|||
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|
| Alignment Legend |
|---|
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
